Критика не могла обойти молчанием нашумевшее произведение, хотя автор его и был дотоле никому не ведом. Сам Сент-Бев печатает 4 мая в «Монитере» сочувственную рецензию, в которой хвалит «Бовари» как «целостное произведение, произведение продуманное, имеющее план, где все связано, где ничего не остается на долю творческой случайности, где писатель… от начала до конца сделал то, что хотел», говорит о мастерстве пейзажа, о бесстрастии и беспристрастности автора. Но в то же время он ставит «в упрек книге то, что положительное начало начисто отсутствует в ней». «Г-н Гюстав Флобер, отец и брат которого — врачи, владеет пером так, как иные — скальпелем. Вас, анатомы и физиологи, я узнаю во всем», — заключает свою статью Сент-Бев. Это обвинение подхватывают другие критические отзывы. Эстет Барбэ Д’Оревильи напишет, что «подражатель Бальзака и Стендаля», «неутомимый рассказчик», «невозмутимый аналитик» и «описыватель мельчайших подробностей, г-н Флобер, человек из мрамора, написал „Госпожу Бовари“ каменным пером, подобным ножу дикарей», что он чужд нравственности и безнравственности, ибо бесчувствен. Словом, Флобера, утверждавшего, что он взялся за «Бовари» «из ненависти к реализму», единогласно обвинили в слишком жестоком реализме.
Правда, Флоберу стал известен лестный отзыв Виктора Гюго о романе; Бодлер в очерке о «Романтическом искусстве» отметил смелость, с которой выражены «самые пылкие и кипучие чувства, вызванные пошлым происшествием». Гонкуры спустя три года сочувственно записали в дневник мнение эссеиста Поля де Сен-Виктора, утверждавшего, что «Бовари» за последние пятнадцать лет — одно из двух «подлинных произведений». Но писатель уже все дальше и дальше отходил от своего первого и нелюбимого детища, увлеченный новым трудом — романом о Карфагене.