2 июня 1940 г. работы были закончены, и «Шифф-45» вошел в состав Кригсмарине как вспомогательный крейсер номер 7 (HSK-7). На следующий день он покинул Гамбург, направившись в Киль для подготовки к плаванию. 15 июня корабль посетил с проверкой гросс-адмирал Редер. Затем рейдер отправился на Балтику для проведения различного рода учений и тренировок, с базированием на Готенхафен.
3 июля в 18:30 «Комет» вышел из Готенхафена в свое, как оказалось впоследствии, очень долгое плавание. Его под завязку набитые трюмы хранили 35,6 т мяса, 30 т картофеля, 60 т муки, 32,1 т овощей, 12,3 т жиров, 6 т бобовых, 3 т кофе, 5 т сахара, 5 т мармелада, 12 000 банок молока, 10 000 яиц, 1,15 миллиона сигарет, 46 000 сигар, 100 000 литров пива, 2500 бутылок спиртных напитков, 25 ООО плиток шоколада, 6000 пачек печенья, 99 кинофильмов, 540 музыкальных пластинок, спортивное снаряжение, 569 книг, палатки, лыжи и сани для северных оленей. И это не считая топлива, двух гидросамолетов, оружия и боеприпасов, фреоновых газовых баллонов, ацетиленовых горелок, запасных обогревателей, поршневых колец и т. п. Кроме этого на борту крейсера находился легкий торпедный катер LS-2. Однако из-за того, что 450-мм торпедные аппараты для него еще не были созданы, катер предполагалось использовать в качестве минного заградителя, для чего имелось 30 мин ТМВ.
Вначале в сопровождении эскорта из тральщиков М-17 и М-18 рейдер пересек Балтику и датские проливы, затем сделал остановку в норвежском порту Кристиансанн из-за неясной обстановки в Северном море; потом перешел в Берген, где 7 июля получил топливо и пресную воду с танкера «Эссо». Через два дня после этого, замаскировавшись под советский ледокольный пароход «Дежнев», вспомогательный крейсер покинул Берген. Тогда же Айссен объявил своей команде, что он назвал корабль «Комет» («Комета»). Собственные наименования получили также гидросамолет — «Шпац» («Воробей») — и катер — «Метеорит». Крейсер шел вдоль норвежского побережья, направляясь в район Новой Земли, где его должны были ожидать советские ледоколы. Но тут начались политические игры советского руководства, которое, согласившись первоначально на проводку немецкого корабля Северным морским путем, затем начало придумывать различные причины для задержки перехода. Рейдеру предложили зайти в Мурманск. Айссен ответил на это отказом и, войдя в Баренцево море, направился в район севернее острова Колгуев, где провел около полумесяца. В этот период времени на «Комете» постоянно проводились отработки задач боевой подготовки экипажа и гидрографические исследования. Корабль, чтобы сберечь топливо, подолгу дрейфовал с остановленными машинами, постоянно меняя места якорных стоянок и не задерживаясь подолгу на одном месте. После многочисленных волнений, только 13 августа Айссен получил телеграмму из Берлина, в который ему предписывалось направляться в пролив Маточкин Шар, где его будет ожидать ледокол «Ленин».
Замаскировавшись на сей раз под немецкое судно «Донау», рейдер 14 августа вошел в пролив. Там на его борт прибыли советские лоцманы — капитан дальнего плавания Д. Н. Сергиевский и А. Г. Карельских. Продолжив плавание, корабль вышел в Карское море. Однако вскоре выяснилось, что ледокола нет и пока не предвидится. Сергиевский предложил Айссену вернуться в Маточкин Шар и там дожидаться ледокола в тихом месте. Капитану-цур-зее пришлось подчиниться.
«Комет» вошел в пролив и стал на якорь в Ягель-губе. После многочисленных препирательств с советскими лоцманами, командиру крейсера удалось добиться у них разрешения высадить команду для отдыха на берега Новой Земли. Вообще, педантичным немцам пришлось много натерпеться от постоянно менявшихся распоряжений и указаний советской стороны. Айссен в КТВ язвительно обозвал это все «советским балаганом». Только 19 августа «Комет» получил разрешение на продолжение пути. К 22 августа после изрядного шторма корабль подошел к острову Тыртова в архипелаге Норденшельда и стал на якорь. Опять начались непонятные проволочки, которые вконец задергали Айссена.
Наконец, 25 августа следуя в кильватер ледокола «Ленин», рейдер продолжил путь, пройдя пролив Вилькицкого и выйдя в море Лаптевых. Там его встретил ледокол «Иосиф Сталин». Командир «Комета» был приглашен на борт советского ледокола, где к своему удивлению в шесть часов утра обнаружил сервированный стол с закусками и выпивкой в виде водки и зубровки. Ошарашенный капитан-цур-зее вначале отказался от такого угощения, но переводчик уговорил его с «волками жить, по волчьи выть». Немцам пришлось пить по-русски и обмениваться протокольными тостами. Оказалось, что на «Комете» до сих пор придерживались центрально-европейского времени, а русские — местного. 26 августа уже за ледоколом «Иосиф Сталин» рейдер двинулся дальше. На следующий день, пройдя тяжелые льды, ледокол оставил немецкий корабль, и тот двинулся по проливу Санникова один. В расчетное время 30 августа «Комет» встретил ледокол «Лазарь Каганович», который продолжил его проводку по Восточно-Сибирскому морю. Ночь с 31 августа на 1 сентября из-за ледовых подвижек и мощных снежных зарядов при ураганном ветре стала самой тяжелой за все время пути, даже десятилетия спустя Айссен всегда вспоминал о ней. В эту ночь из-за сильного сжатия льдами на «Комете» обломком льда защемило баллер руля и вывело рулевую машину из строя. Начал неуправляемый дрейф, но к счастью поломку удалось исправить за четыре часа.
После выхода на чистую воду «Комет» ожидали уже политические напасти. 1 сентября, когда до Берингова пролива оставалось 400 миль, Айссена вызвали на советский ледокол и предложили вернуться назад из-за присутствия неизвестных военных кораблей в районе Берингова пролива. Капитан-цур-зее ответил резким отказом. После продолжительной дискуссии, удалось достигнуть соглашения, что ледокол будет еще сутки сопровождать германский рейдер. 2 сентября опять начались волокита и препирательства. В итоге, разъяренный Айссен вручил начальнику морских операций восточного района Арктики А. П. Мелехову меморандум, в котором сообщал, что не имеет претензий к советской стороне, но не собирается выполнять ее требование о возврате на запад, а будет самостоятельно продолжать путь к Беринговому проливу.
3 сентября после получения разрешения «Комет» расстался с «Лазарем Кагановичем» и самостоятельно двинулся на восток. 5 сентября, уже под японским флагом, немцы миновали Берингов пролив. Айссен сделал запись в КТВ:
«Я прошел через Берингов пролив между 2.00 и 2.30 этим утром. Этого путешествия для меня достаточно; я не сделал бы этого добровольно во второй раз».
Затем рейдер вновь замаскировался под советский пароход «Дежнев» и зашел для кратковременного осмотра и ремонта в бухту Анадырь. Там водолазы исправили повреждения руля, нанесенные льдами. Через пять часов «Комет» навсегда покинул Страну Советов. 10 сентября HSK-7 вышел на бескрайние просторы Тихого океана, сразу же попав в сильный шторм, а еще через несколько дней — в тайфун. «Комет» совершил уникальный для того времени переход, пройдя Северным морским путем с запада на восток 3300 миль всего за 22 дня. Советский Союз оценил свои услуги в 950 тысяч рейхсмарок (около 80 тыс. фунтов стерлингов по курсу того времени), которые затем учли во взаимных расчетах.
После выхода в Тихий океан рейдер направился к Каролинским островам, которых достиг 30 сентября, встретив по пути только несколько японских судов. Во время этого перехода Айссен несколько раз отправлял в полет «Шпац». Однако уже 2 октября гидросамолет разбился и утонул. Первоначально, 15–20 октября у атолла Аилинглапалап предполагалась встреча с «Орионом». Однако, из-за захвата канадским вспомогательным крейсером «Принс Роберт» немецкого судна снабжения «Везер», шедшего туда же из мексиканского порта Мансанильо, точку рандеву перенесли к атоллу Ламотрек. Туда же должен был прийти снабженец «Кульмерланд», вышедший 4 октября из Кобэ. У Айссена оставался еще запас времени, и от Аилинглапалапа он направился на юго-восток. Рейдер, маскировавшийся под японское судно, вошел в воды Соломонова моря, надеясь перехватить суда, ходившие по торговым маршрутам между Австралией, Новой Зеландией и странами Дальнего Востока, но после безуспешного поиска повернул обратно на север.