Все время нахождения в Печорском море экипаж «Комета» занимался гидрографическими работами и сбором плавника у острова Колгуев, официально для подкрепления трюмов и бортов (на случай сжатия корпуса корабля льдами). Тогда немцы и обнаружили, что на острове Колгуев за его многовековую историю скопились крупные запасы гуано (разложившийся в условиях сухого климата помет морских птиц, который является прекрасным азотно-фосфорным удобрением). Как выяснилось позже, тогда же они провели несколько «шуточных» десантов, а заодно проверили крутизну склонов Колгуева и южного острова Новой Земли, и прибрежные районы, где больше всего скопилось плавника (крайне необходимого для строительства будущих секретных баз на арктическом побережье). Одновременно радиослужба лже-«Дуная» занималась перехватом и обработкой радиопереговоров между кораблями и ледоколами ЭОН-10.
19 августа гитлеровский крейсер, уже как германское судно «Донау», вошел в новоземельский пролив Маточкин Шар. Именно здесь его дожидались советские полярные лоцманы Дмитрий Сергиевский и Афанасий Карельских, которые и повели его в Карское море.
Первая попытка выйти в западную Арктику оказалась неудачной. Сквозь льды «Комет» сумел пройти только до мыса Голотечный, но затем был вынужден вернуться назад. Экипаж получил новую возможность отдохнуть и перекрасить корабль. Есть информация, что нацисты пытались отыскать на берегах Маточкина Шара следы серябряно-свинцовых месторождений.
После повторного выхода в Карское море германский рейдер было уже не узнать. Это был нарядный теплоход с ослепительно белыми надстройками, черной трубой и красным поясом ватерлинии. Он совершенно не походил на боевой иностранный корабль, вход которым в Карское море был запрещен. Ведь и Карское море, и море Лаптевых издавна считались закрытыми для иностранных боевых кораблей. Да и не каждое иностранное торговое судно могло сюда зайти. Меж тем уже давно оба моря представляли особый интерес для разведки многих стран в мире.
Понимая, что поход «Комета» позволяет беспрепятственно провести техническую разведку самых закрытых районов Севморпути и немцы не упустят такую возможность, в инструкциях, полученных Сергиевским и Карельским, указывалось не только вести судно через ледовые поля, но и внимательно наблюдать, чтобы нацисты не слишком увлекались «изучением красот арктических морей и их берегов». Как показало время, это указание стало не более чем полумерой. Внешне ни капитан-цур-зее фон Эйссен, ни фрегаттен-капитан Кептель особо не интересовались советскими навигационными картами и навигационной прокладкой, которую вели наши арктические лоцманы. Однако это было лишь внешне.
Для того чтобы запомнить в том числе и малейшие детали арктического маршрута, было достаточно природной памяти старшего помощника командира рейдера корветтен-капитана Иозефа Хюшенбета, стоявшего у них за спиной и отвечавшего за обеспечение навигационной безопасности. Старший помощник Хюшенбет, оставшийся для истории «доктором Аргусом», обладал феноменальной фотографической памятью, но советские лоцманы об этом не знали.
Карское море, к удивлению германских моряков, оказалось более свободным ото льда, чем ожидалось. Лишь в 150 милях к востоку от Новой Земли появился лед, при этом заметно подтаявший.
22 августа после сильного шторма гитлеровский рейдер достиг архипелага Норденшельда. По другим данным, с 19 по 25 августа он отстаивался в проливе Матисена (архипелаг Норденшельда). Где же в действительности он находился в этот период? Это незаурядный вопрос. Ведь воды пролива Матисена омывают остров Таймыр, почти прилегающий к Берегу Харитона Лаптева. Именно отсюда до конца октября 1944 года нацистские субмарины вывозили некий груз сначала в Лиинахамари, а затем на транспортах в порты Германии. Но что они везли на борту — и сегодня осталось неизвестно.
Первые серьезные ледовые испытания начались у фашистских моряков в море Лаптевых. В этих высоких широтах лед оказался многолетним и тяжелым, и даже самому современному советскому ледоколу «Иосиф Сталин» с большим трудом удалось провести рейдер к проливу Санникова (на чистую воду). Здесь немцы отказались от сопровождения ледокольного парохода «Малыгин» и, миновав Новосибирские острова, устремились на юго-восток на максимально возможной 14-узловой скорости. Как опытный гидрограф, во избежание встречи с многолетними льдами к северу от Медвежьих островов, фон Эйссен повел судно не по рекомендованному лоциями пути, а руководствуясь показаниями эхолота. Он провел корабль между прибрежными островами, где из-за более теплых водных масс реки Колымы лед был более слабым. Расчет оказался совершенно верным, и в назначенное время «Комет» встретился с ледоколом «Лазарь Каганович», на борту которого находился начальник морских операций восточного района Арктики ледовый капитан Афанасий Мелехов.
Следующий участок пути по Восточно-Сибирскому морю стал самым опасным для рейдера, поскольку течение начало сносить ледовые поля на малые глубины, а с ними — и оба судна. Кроме того, среди торосов видимость оказалась практически нулевой. В ночь с 31 августа на 1 сентября корпус гитлеровского рейдера подвергся мощным ледовым сжатиям. Одновременно начались значительные подвижки ледовых полей, задул ураганный ветер, в условиях густых снежных зарядов видимость упала до нуля. Позже, фон Эйссен, вспоминая о переходе на этом участке Севморпути, записал: «Этой ночи мне никогда не забыть!»
1 сентября, когда отряд пришел уже в район острова Айон, от начальника ГУ СМП Ивана Папанина на имя капитана Мелехова неожиданно поступила радиограмма: «"Комет" вернуть назад!». Но капитан-цур-зее фон Эйссен, которому Мелехов сообщил о полученной радиограмме, уже опробовав свой корабль во льдах, решительно отказался от возвращения, мотивируя это отсутствием приказа из Берлина. Крейсер самостоятельно направился к Берингову проливу, куда недавний немецкий «Донау» вошел вновь как советский «Семен Дежнев». Под этой личиной он и пришел в Анадырский залив, где немецкие водолазы осмотрели винто-рулевую группу корабля. Осмотр был скоротечен и занял всего 5 часов. По неизвестной причине лже-«Семен Дежнев» стремительно покинул эту стоянку. Возможно, он спешил на встречу с другим рейдером — «Орион», прибывшим в Тихий океан южным маршрутом. В то же время он мог здесь высадить своих «пассажиров» для создания некой лаборатории в поселке Гудым.
Переход по Северному морскому пути рейдер-оборотень совершил за рекордно короткий срок — 23 суток, из них только 15 суток были ходовыми (при обычном переходе караваны кораблей и судов затрачивали по меньшей мерено 26 ходовых суток).
Войдя в тихоокеанские воды, лже-«Семен Дежнев» направился к острову Айлинглоп, где еще в 1914 году скрывалась от врага эскадра фон Шпее. Однако по приходу сюда он тут же направился к Каролинскому архипелагу. Внеплановое перенесение точки встречи было определено тем, что германский танкер «Везер», который вез топливо для заправки нацистских крейсеров из Мексики, был захвачен канадским, числящимся на английской службе, вспомогательным крейсером «Принц Роберт». И не было никаких гарантий, что английские океанские «охотники» при этом не получили информацию о предполагаемом месте встречи рейдеров.
В новой точке, у острова Ламутрек, 14 октября состоялась встреча рейдеров с судном снабжения «Кулмерланд» (в то время «Маньо-Мару»), где «Комет» получил продовольствие и топливо для продолжения крейсерства еще на 9 месяцев. Здесь же вышеупомянутый Курт Крепш перешел на корабль снабжения рейдеров «Регенсбург», который должен был обеспечивать всем необходимым тихоокеанский рейдер «Орион» («Корабль № 36»), Но ради доставки Крепша судно направилось прямо к берегам Японии.