Без отрыва от основной работы, при поддержке командира бригады Е. Птухина Новиков освоил самостоятельные полеты на самолетах У-2, Р-5. Осенью 1935 г. перевелся на командно-строевую службу с понижением — командиром 42-й легкобомбардировочной эскадрильи. Эскадрилья состояла из четырех отрядов по десять самолетов Р-5. Стать лучшим и наиболее подготовленным летчиком — такую задачу поставил он перед собой. По итогам года его эскадрилья вышла в число передовых. Вылеты эскадрильи во время осенних маневров 1936 г. были оценены высшим баллом.
Весной 1937 г. у него начались большие неприятности на службе. В гарнизоне каждую ночь шли аресты «врагов народа». Светлана, дочь Новикова, вспоминала, как ночью услышала отчаянный крик соседского мальчишки: «Не отдам! Не отдам! Эту шашку папе подарил дядя Миша Фрунзе!» Светлана бросилась к отцу. Он прижал ее к себе, и она ощутила его слезы у себя на плече. Ее бабушка как-то отнесла по доброте душевной продавцу газеты со статьями троцкистов, которые были коммунистом Новиковым по указанию сверху отложены на «сожжение». Мать тут же обвинили в распространении троцкизма! В школе дочь из упрямства заявила, что Ленина не любит, потому что его не знает. Как-то вышел вечером на балкон покурить. Разговорился с гостем соседей, который приехал в командировку. Познакомились. И гость посетовал, что вот надо ехать на вокзал, а машины почему-то не дали. Новиков предложил вызвать свою машину. На другой день его вызвали в органы. Гость оказался «врагом народа», и его прямо в поезде «схватили». «Какие у вас связи? О чем договорились?».
Срочно созывается партийное собрание. Увольнение из рядов партии — это неминуемый арест. Несмотря на это, коммунисты эскадрильи отстояли своего комэска, не дали согласия на исключение. И все же его отстраняют от должности и увольняют из армии. Он дома. Дочь Светлана этому рада. А у него под подушкой пистолет, и он ждет ареста. Как-то ночью дочери приснился страшный сон, и она закричала от ужаса и проснулась. Отец ее успокоил, а много позже, говорил уже взрослой: «В ту ночь ты меня спасла. Удержала…»
Новиков понял, что пока есть хоть один шанс из тысячи, надо держаться. Еще одно партийное собрание. 2 марта 1937 г. ему был объявлен строгий выговор с предупреждением и занесением в учетную карточку.
Новиков обратился с жалобой на несправедливость к члену Военного совета Белорусского ВО комиссару 2-го ранга А.И. Мезису. Тот немедленно приказал восстановить его в звании и должности.
Так что Новиков находился в запасе всего пять дней. 20 марта 1938 г. с него был снят и строгий выговор с предупреждением.
В феврале 1938 г. эскадрилья заняла в 116-й авиабригаде первое место по всем показателям. Находясь в командировке в Москве, Новиков случайно встретил Е.С. Птухина, только что получившего назначение на должность начальника ВВС Ленинградского военного округа. Тот предложил пойти к нему начальником штаба округа.
Во время советско-финляндской войны Новиков явился инициатором создания ледовых аэродромов. Его заслуги в той войне были отмечены орденом Ленина. Когда Е. Птухин получил новое назначение, на его место по предложению Сталина был назначен А. Новиков.
Великая Отечественная война застала генерал-майора авиации А. Новикова в сборах к новому месту службы в Киев — командующим BSC Киевского Особого военного округа. Фактически он уже не командовал авиацией Ленинградского округа, свои дела сдал своему заместителю. В кармане у него был билет на поезд «Красная стрела» на 22 июня. Но ночью 22-го он был вызван в штаб округа, остался и стал принимать решения. «Вернувшись к себе в штаб, я по телефону обзвонил командиров всех авиасоединений, приказал немедленно поднять все части по сигналу боевой тревоги и рассредоточить их по полевым аэродромам, — вспоминал A.A. Новиков, — и добавил, чтобы для дежурства на каждой точке базирования истребительной авиации выделили по одной эскадрилье, готовой к вылету по сигналу ракеты, а для бомбардировщиков подготовили боекомплект для нанесения ударов по живой силе и аэродромам противника».
На четвертый день Великой Отечественной войны Новиков организовал несколько блестящих воздушных операций. Силами ВВС Северного фронта, КБФ и СФ в течение шести дней нанес бомбоштурмовые удары почти по двадцати аэродромам противника. В дальнейшем такие удары наносились неоднократно. Противник был вынужден оттянуть свою авиацию на тыловые базы, в результате чего в значительной мере была ликвидирована угроза налетов на Ленинград. Первым из военачальников высокого ранга, он по достоинству оценил воздушные тараны, которые совершили ленинградские летчики. Нескольким из них, первым в начавшейся войне, было присвоено звание Героя Советского Союза. Он управлял большой авиагруппой в интересах Северного и Северо-Западных фронтов. 10 июля 1941 г. Новиков стал начальником ВВС Северо-Западного направления. Он убрал все лишние, промежуточные звенья управления, умело организовал боевые действия авиации. Александр Александрович стал одним из разработчиков единого плана боевых действий ленинградской авиации — новой формы управления ВВС. У него выработалось умение найти в лавине событий войны тот способ действия, который ведет к успеху, к победе. Он обладал способностью объединить общей целью усилия коллектива, на который он опирался, которым руководил.
22 августа A.A. Новиков был назначен командующим ВВС Ленинградского фронта. Под его началом активно внедрялось применение радиолокации, телевидения, системы управления истребителями по радио с земли. Боевая работа авиации под Ленинградом являлась образцом организованности, правильного использования всех ее родов в тактическом и оперативном масштабах. Некоторое время в осажденном Ленинграде Новиков работал под руководством Г.К. Жукова [62] , и тот его хорошо запомнил. Когда потребовалось заменить Жигарева, тогдашнего командующего ВВС, то Жуков назвал Сталину фамилию Новикова.
С 3 февраля 1942 г. Новиков назначается заместителем командующего ВВС. В этот день он прилетает из Ленинграда в Москву. На 19.00 вызов в Кремль — первая встреча со Сталиным. Тот в его присутствии кроет отборным русским матом двух генералов ВВС.
«Ну и влип! — подумал Новиков про себя. — Как otce я буду с ним работать? Как решать вопросы в такой обстановке?»
В тот день разговор с Верховным так и не состоялся. На другой день Сталин вновь вызвал его, был вежлив, внимательно слушал, смотрел изучающе.
До этого у него уже была стычка с Ворошиловым, который хотел его снять, но по сравнению со Сталиным Ворошилов казался теленком.
Вскоре Новиков был назначен заместителем наркома обороны СССР по авиации. С апреля 1942 г. и до конца войны командовал ВВС Красной Армии. По его инициативе 5 мая 1942 г. принято решение о создании 1-й воздушной армии, а в ноябре 1942 г. их уже будет 17. Под руководством Новикова 31 мая — 4 июня 1942 г. силами ВВС Брянского, Юго-Западного и Южного фронтов проведена воздушная операция с целью ослабления авиационной группировки врага.