Его боевой товарищ И.И. Цапов вспоминает: «Наши пути-дороги с ним разошлись еще во время войны, но я вновь встретил его во бремя академической стажировки в 1954 году. Это было в Калининградской области на аэродроме Нивинское (близ Багратионовска). Саша проходил стажировку в должности начальника штаба полка. Я был очень рад, что мой бывший подчиненный так уверенно идет вверх. Однако в поведении его наметились и поступки, не красящие его как офицера. В выходные дни с гарнизона Нивинское мы часто ездили в г. Багратионовск. Как-то Саша при возвращении на автобусной остановке познакомился с девушками и в часть в тот день не приехал. Прошло три дня. Мы, как могли, на построении скрывали его отсутствие от вышестоящих командиров. За такой проступок он вполне мог «вылететь» и из академии и из армии. Он появился на четвертый день, и у нас с ним состоялся серьезный разговор. Я надеялся, что сказанное нами вразумит его и что он сделает правильные выводы.
В 1956 году Александр окончил BMA и продолжил службу в авиации Черноморского флота.
Потом до меня дошло известие, что с ним в 1960 году произошла нехорошая история, подробностей которой я до сих пор не знаю, но в деле фигурировала женщина. Саша бьлл осужден, лишен звания Героя. В моей же памяти он остался солдатом-Героем, внесшим достойный вклад в нашу победу».
Накануне 60-летия Победы Герой Советского Союза, генерал-лейтенант авиации в отставке Иван Иванович Цапов, который активно работает в Клубе Героев Москвы и Московской области, стал инициатором письма в адрес Главной военной прокуратуры с целью выяснить обстоятельства осуждения своего боевого товарища. В письме, в частности, говорилось:
«… Обстоятельств, приведших к осуждению… мы не знаем… Предположительно, его осудил военный трибунал Черноморского флота в сентябре 1960 года. На основании приговора военного трибунала Указом Президиума Верховного Совета от 19 января 1961 года он был лишен правительственных наград, в том числе и звания Героя Советского Союза и вскоре, по некоторым данным, умер (погиб?) в тюрьме.
…Убедительно просим Вас проверить законность приговора военного трибунала, по которому осужден Шилков АЛ и принять соответствующее решение. Просим также выяснить обстоятельства его смерти и сообщить подпадает ли Шилков АЛ под действие акта об амнистии, учитывая его заслуги перед Родиной в период Великой Отечественной войны».
Из прокуратуры пришел ответ, что это письмо отправлено в Краснодар по месту предполагаемого нахождения дела по осуждению А. Шилкова, что оно взято на контроль. Дело найти не удалось.
Однако в архиве ЦАМО РФ писателю A.A. Симонову вскоре удалось разыскать документ, из которого явствовало, что из 10 лет, на которые был осужден заключенный Шилков, он отбыл всего один год.
Скорее всего, был освобожден по амнистии в связи с 20-й годовщиной начала Великой Отечественной войны. Шилков был восстановлен в воинском звании и поселился в г. Саки в Крыму.
Список воздушных побед А.А. Шилкова
| Дата боя | Тип сбитого самолета | Район падения |
| 12.01.43 | 1 Me-109 | Горящий врезался в лес в районе вост. 3–4 км Манушкино |
| 24.01.43 | 1/3 Ме-110 | Упал на лес в 2–3 км юго-зап. г. Мга |
| 26.01.43 | S ФВ-190 | В районе Шлиссельбурга |
| 27.01.43 | 1 Ю-88 | В районе Синявино — Шестой городок |
| 15.02.43 | 1 Me-109 | Горящий упал в 3 км вост. г. Пушкин |
| 27.07.43 | 1 ФВ-190 | Остров Б. Тютерс |
| 29.07.43 | 1/3 ФВ-190 | В районе Лавансаари |
| 02.08.43 | 1 Брюстер | Остров Сейскар |
| 17.08.43 | 1. Me-109 | - |
| 31.08.43 | 1 ФВ-190 | Район острова Сейскар. Сбитие подтверждают катера |
| 14.02.44 | S Ю-87 | В районе Каннука — Тойла |
| 07.03.44 | 2 ФВ-190 | Упали в районе Крекси |
| 08.03.44 | 1 ФВ-190 | Упал на сев. окраине г. Нарвы |
| 01.04.44 | 1 ФВ-190 | Сев. Азери |
| 02.04.44 | 1 ФВ-190 | Упал горящим в 10 км юго-зап. банки Вигрунд |
| 13.05.44 | 1 ФВ-190 | Упал в районе банки Вигрунд, падение наблюдали все экипажи |
| 07.07.44 | 1 ФВ-190 | Упал в 2 км зап. пос. Вайхатюля. Падение подтверждают все экипажи |
| 07.08.44 | 1 ФВ-190 | Упал в районе банки Вигрунд. Из самолета выпрыгнул парашютист. |
| 23.11.44 | 1 ФВ-190 | Упал в 10 км юго-вост. Сяере. |
| - | 1 ФВ-190 | Упал в 12 км зап. Тамуна. Падение подтверждают все 4 экипажа. |
| 17.02.45 | 1 ФВ-190 | Район Либавы |
Всего сбитых самолетов — 19 лично и 3 в группе.