Полное вовлечение «Вервольфа» в боевые действия имело один негативный для нацистского руководства эффект — оно потеряло контроль над партизанским движением. В «Бюро Прюцмана» чувствовали себя весьма не комфортно, так как были лишены какой-либо возможности поддерживать тесные связи с партизанскими группами. Отдел разведки в «бюро» пробовал доказать свою компетентность, а потому дважды в месяц делалось некое подобие отчетов для заинтересованных ведомств. Но работники этого отдела не имели никакого отношения к непосредственному развертыванию групп «вервольфов», сведения же, поступавшие к ним, были отрывочными. Заместитель Зибеля полковник Залль жаловался в апреле 1945 года одному из местных организаторов «Вервольфа», что деятельность «Бюро Прюцмана» была фактически парализована. Оно было больше не в состоянии контролировать партизанские группы. Хотя в качестве причины подобной плачевной ситуации он называл разрушенную сеть коммуникаций, а отнюдь не бюрократическую раздробленность партизанского движения. Впрочем, доля истины в его словах была. Уйдя за линию фронта, партизанские группы нацистов весьма неохотно выходили в эфир, так как опасались пеленгации. Таким образом, мы видим, что после февраля 1945 года Прюцман сохранял лишь номинальное руководство партизанским движением в Германии. Непосредственное руководство в большинстве случаев осуществляли конкретные воинские офицеры, как правило служившие в армейской разведке.
Новый режим руководства «Вервольфом» привел к тому, что стал меняться сам характер деятельности партизанских групп. Верховное командование настаивало на том, чтобы «вервольфы» преимущественно использовались для ведения разведки. Таким образом, отряды, первоначально сформированные для саботажа и диверсионных вылазок, постепенно превращались из собственно партизанских в разведывательные группы. Французская контрразведка в марте 1945 года отмечала, что «вервольфы» не были больше разрозненными группами, они были сконцентрированы. Армейское руководство всячески пыталось целенаправленно использовать их для выполнения новых задач. Советские источники этого же периода сообщали, что в тылу Красной Армии наблюдалась небывалая концентрация немецких саботажников, чего не было за все предыдущие годы войны. По статистике, только весной 1945 года в советский тыл было заброшено агентов и диверсантов в полтора раза больше, чем за весь период 1941–1944 годов. Объяснение подобному находилось только одно — «вервольфы» перешли под армейское руководство, а потому они обслуживали исключительно интересы вермахта.
Одним из инициаторов превращения партизанских групп в разведывательные отряды был генерал-майор Рейнхардт Гелен. Осенью 1940 года он был назначен руководителем группы в Оперативном отделе Генштаба сухопутных войск. 1 апреля 1942 года Гелен был назначен начальником 12-го отдела Генерального штаба «Иностранные армии Востока». В его ведении находилась оперативная разведка на советско-германском фронте. Гелен видел свою главную задачу в том, чтобы создать новую разведывательную сеть на Восточном фронте. Стремительное наступление Красной Армии в 1944–1945 годах привело к тому, что армейская разведка потеряла большинство своих контактов. Например, армейская группа «Центр» настолько быстро покинула Силезию, что не имела даже возможности оставить на этой территории своих агентов. Кроме того, молниеносный бросок Красной Армии на время парализовал деятельность «вервольфов» на Восточном фронте. Срочная эвакуация правительственных и административных ведомств, поток беженцев — все это на время отвлекло внимание нацистских властей от движения «Вервольф». Воспользовавшись подобной «передышкой», НКВД ликвидировал большинство групп «вервольфов», заброшенных в советский тыл. Неудивительно, что в это время в немецких документах нельзя было найти сведений о крупномасштабных акциях партизан на Восточном фронте. Подобная неэффективность привела к тому, что военные решили взять дело в свои руки.
Гелен очень быстро понял, что в той критической ситуации, в которой оказались Германия и ее союзники, единственным мотивом для партизанского движения в советском тылу мог быть антикоммунизм. Как следствие разыгрывания антикоммунистической карты, можно было создать оперативную разведывательную сеть. Германия могла добиться какого-то успеха, только играя активную роль в «национальном освобождении» территорий, оказавшихся под контролем Красной Армии. Ведомство Гелена еще в 1944 году начало тесное сотрудничество с СС в деле изучения теории и практики партизанской войны. Поначалу это сотрудничество ограничивалось изучением тактики отдельных групп антифашистского сопротивления. В декабре 1944 года был сделан еще один шаг навстречу друг другу — был осуществлен перевод советской классической работы «Партизанская война и саботаж», изданной в 1931 году Дразовым. В начале 1945 года Гелен начал подготовку к полномасштабному изучению проблемы строительства антисоветского подполья. В качестве структурной модели он избрал польскую Армию Крайову. Для этого был найден весьма удачный повод. Отделение армейской разведки в Бреслау было обвинено в пособничестве Варшавскому восстанию. Все архивы генерала Бор-Ко-моровского со специальным курьером были переданы Р. Гелену. Непосредственно их изучением занялся капитан Фридрих Поппенбергер, немец румынского происхождения, который уже на протяжении многих лет занимался подготовкой русских и польских агентов, которые должны были стать базой для антисоветского подполья.
9 февраля 1945 года Поппенбергер подготовил документ, в котором предлагалось при помощи шестидесяти ключевых фигур создать так называемое «восточное подполье». Большинство групп «восточного подполья» должны были укрываться в секретных убежищах, выполняя, по сути, традиционные для «Вервольфа» функции: диверсии, саботаж, террор. По правде говоря, этот план предполагал очередную стадию реорганизации всего движения «вервольфов». Однако Гелен решил, что подобной деятельности должно было предшествовать создание чисто разведывательной организации, которая бы собирала сведения в советском тылу. Для воплощения в жизнь этой затеи требовались тысячи добровольцев из вермахта. Кроме этого Гелен просил передать под его контроль ряд подразделений армейской разведки.
Документ, составленный Поппенбергером, вызвал у армейских чинов смешанную реакцию. Сам Гелен продолжал оценивать партизанскую войну как непредвиденное, но все-таки необходимое обстоятельство ведения боевых действий на Восточном фронте. Он планировал вести долгосрочную партизанскую борьбу. Но его планам не было суждено сбыться. Рейнхардт Гелен был освобожден от командования отделом «Иностранные армии Востока». Поводом для этого послужили его смелые высказывания. Он поставил под сомнение военный талант фюрера, который руководствовался лишь интуицией. Гелен напрямую заявлял, что Гитлер неверно оценивал силу Красной Армии. Действительно, сведения, собранные этим разведчиком, были куда более точными, нежели интуитивные прозрения фюрера. Гелен оказался виноват в том, что поставлял «ко двору» плохие вести. В итоге в его услугах больше не нуждались. Принимая во внимание эти события, Гелен прекрасно понимал, что планирование деятельности «Вервольфа» было удобным поводом для того, чтобы избежать попадания в мясорубку боев на передовой. Кроме этого, он предвидел бесславный конец Третьего рейха. Именно в эти дни он стал вынашивать план микрофильмирования архивов 12-го отдела, после чего намеревался передать их западным державам. Предугадав, что мир между Союзниками будет недолгим, в этих документах, в итоге попавших в руки американцам, он делал упор на необходимость существования в восточноевропейских странах антисоветского подполья.