В 1898 году вышел в свет 1-й том исторического труда Грушевского «История Украинской Руси». Своей работой профессор поверг в шок многих специалистов в области отечественной истории. Еще бы, ведь он буквально сломал сложившуюся концепцию развития государства Российского. В своих трудах профессор доказывал, что история Украины является историей отдельного народа, пусть и существовавшего рядом с великорусским.
В 1904 году австрийское Министерство народного просвещения выдало краковскому Обществу насаждения (!) малороссийской словесности, искусства и культуры значительные субсидии. Большая часть этих средств была переведена на нужды кафедры Грушевского и Ивана Франко. В 1909 году по инициативе Грушевского и ряда других ересиархов в Галичине были организованы массовые празднества и гуляния в честь гетмана Мазепы.
Не оставил свою деятельность Грушевский и в России. Здесь он сотрудничает с редакциями ряда украинофильствующих журналов, через которые проводит свои постулаты. Благодаря головотяпству и ротозейству на местах ему удается переправлять в Россию большое количество печатной продукции, содержание которой также проповедовало национальный раскол. В патриотических кругах России он получает примечательный титул «ересиарха современного украинского движения» и «современного украинских дел мастера». По информации историка И. В. Михутиной, Михаил Грушевский был членом киевской масонской ложи «Правда».
Грушевский частенько наведывался в Российскую империю. Удивляет то, с какой легкостью «борец за освобождение украинского народа» въезжал на территорию Российской империи и провозил большое количество своих агиток. И все это творилось в «тюрьме народов», какой, по утверждению мазепинцев, была Российская империя!
Вояжи Грушевского в Россию продолжались вплоть до ноября 1914 года. 28 ноября по приезде в Киев Грушевский со своим обширным багажом был арестован полицией. При обыске у профессора были изъяты интереснейшие для контрразведки документы «Союза освобождения Украины». Деятельность Грушевского подпадала под действие статьи 129-й Уголовного уложения Российской империи. Грушевского судить не стали (вот вам и «тюрьма народов»!) и направили на место жительства в Симбирск, затем в Казань. Вскоре за Грушевского вступились «передовые круги» русской интеллигенции с требованием освободить профессора из места высылки. Благодаря заступничеству академика А. А. Шахматова Грушевский в 1916 году переехал в Москву.
В 1911 году Грушевский выступил с очередной декларацией об украинстве как о политической силе, которая может ослабить национальную мощь России. Профессор призывал своих земляков «вырвать украинскую культуру из славянского мракобесия, из славянских объятий, которые стремятся задушить украинскую жизнь».
В целом украинская интеллигенция выдвинула из своих рядов когорту идеологов, проповедовавших идею «двух разных народов — украинского и русского».
В Киеве Грушевского посетила группа «профессиональных украинцев» из Австрии в составе Л. Цигельского, В. Будзиновского, террориста Юрия Скоропись-Иолтуховского и других. На совещаниях с ними Грушевским разрабатывались планы дальнейших действий против империи.
Ряд заседаний мазепинцы провели в помещении киевского клуба «Родина» на Большой Владимирской улице. Здесь также присутствовали издатель еженедельника «Рада» Е. Харлампиев-Чикаленко, Жебунев, П. Лавров и делегаты от мазепинских ячеек из Полтавы, Харькова, Екатеринослава и Одессы. На этих сборищах был основан украинский филиал СВУ — «Головная Рада СВУ» с основной задачей — пропаганды за отделение Украины и восстания против власти. На этот филиал была возложена координационная работа по согласованным акциям мазепинцев в Петрограде, Москве, Юрьеве, Варшаве и Одессе.
Когда эта Рада начала свою работу, киевские мазепинцы вызвали Грушевского в Киев для передачи ему поста руководителя Рады. Профессор в это время находился в Галиции (Австро-Венгрия), из которой выехал через Будапешт в Вену. В австрийской столице Грушевский открыто встречался с предводителями мазепинцев и представителями австрийского правительства. Здесь же Грушевский получал от австрийского правительства субсидии для «Научного товарищества им. Шевченко», являвшегося основной издательской базой мазепинцев. Из Вены Грушевский выехал в Венецию, далее через Балканы — в Киев, где и был арестован.
Органам политического сыска империи удалось получить дневники Грушевского, ознакомление с содержанием которых выявило планы профессора. Лишь одна дневниковая запись от 1914 года гласила следующее: «При будущей войне Австрия должна иметь в виду, что война будет вестись на украинской территории, поэтому она должна обещать религиозную и национальную свободу, выкуп крупной собственности и дать украинцам надежду стать главенствующей народностью. Границы Украины должны быть определены по Припяти, Днестру и Черному морю». Далее в дневниковых записях Грушевского утверждалось, что «немцы чрезвычайно интересуются украинским вопросом» и что «последний влияет и на объявление войны, а в случае победы России — уже теперь замышляют мщение, осью которого хотят сделать украинский вопрос».
После ареста своего ересиарха Рада свою деятельность не остановила. Напротив, в южные районы России были откомандированы для ведения агитации и создания филиалов ее функционеры. Л. Цегельский был направлен в Киевскую, губернию, доктор Л. Ганкевич — в Херсонскую, Н. Ганкевич — в Бессарабию и на Херсонщину. Каждый из них выехал на отведенную ему территорию не только с горой агиток, но и со своими помощниками, большинство из которых было снабжено в Вене поддельными российскими паспортами.
С 1900 года за границей и в самой Российской империи начинают появляться политические партии с революционным уклоном. Революционная украинская партия в 1902 году была инициатором крестьянских беспорядков, вспыхнувших в Полтавской губернии, и ряда других подрывных акций.
Вскоре на территории империи начинают действовать несколько политических партий, а также ряд экстремистских группировок.
В Полтавской губернии действовали филиал СВУ и отделение Украинской социал-демократической рабочей партии (УСДРП). Филиал СВУ возглавлял бывший депутат Госдумы П. И. Чижевский. Мазепинцами велась активная агитация среди молодежи и рабочих за создание независимого украинского государства под протекторатом Австро-Венгрии. Среди них распространялась также работа Д. Донцова «Современное москвофильство».
При установлении негласного наблюдения за деятельностью мазепинцев внимание полиции привлекло следующее обстоятельство. Функционеры СВУ и УСДРП Полтавщины не вели переписки с Киевским центром украинофильства, что было для тех лет совершенно обычным явлением. Агентурно-осведомительная работа установила, что у полтавских самостийников имелся альтернативный канал связи — им был «странствующий кобзарь». За этим кобзарем также было установлено наблюдение, что позволило установить все контакты полтавских сепаратистов с киевскими коллегами. Полиции также стало известно, что среди членов Полтавского филиала СВУ находится казак Гаврилко, чей брат скульптор Михаил Емельянович Гаврил ко в 1908 году был привлечен к уголовной ответственности за антигосударственную деятельность, бежал из-под стражи, нелегально перебрался в Австро-Венгрию, где стал официальным сотрудником Генерального штаба.