Кремль запомнил позицию Гусинского на выборах в Госдуму и стал мстить. Еще до выборов «Внешэкономбанк» потребовал у «Медиа-Моста» и телекомпании «НТВ-Плюс» немедленного возврата двух кредитов общей суммой в 62,2 миллиона долларов США. Позицию Кремля озвучил тогдашний глава Администрации президента Волошин, заявивший, что «Медиа-Мост» получал государственных кредитов больше, чем остальные СМИ, и что нужно платить. Евгений Кисилев обвинил главу Администрации во лжи, а в газете «Сегодня» "Внешэкономбанк" был назван «конторой по выполнению специальных поручений Администрации президента». 14 декабря 1999 года последовало судебное решение: выплатить. «Мост-Банк» вынужден был согласиться выплатить. Одновременно «Мост-Банк» был обвинен в невыплате Государственному таможенному комитету (ГТК) 650 миллионов рублей. «Плановые» и неплановые проверки документации структур «Мост-Банка» и «Медиа-Моста» следовали одна за другой.
После выборов улучшения отношений между «Медиа-Мостом» и Кремлем не произошло. Кремль не устраивало не только то, что в феврале 2000 года Гусинский заявил, что НТВ не станет поддерживать кандидатуру Путина на президентских выборах 26 марта 2000 года. Кремль не устраивала и информационная политика НТВ по освещению чеченской кампании. Позиция входящих в «Медиа-Мост» СМИ разительно отличалась от официальной трактовки второй чеченской войны, а для Гусинского в тот момент это была единственная возможность наносить удар за ударом по Кремлю и персонально Владимиру Путину, чей рейтинг во многом зависел от успехов войны в Чечне.
Противостояние Гусинского группе Путина не могло закончиться в его пользу. 13 июня 2000 года Гусинский был арестован и препровожден в следственный изолятор «Бутырка». Формальным основанием для ареста послужило заведенное еще в 1998 году уголовное дело по статье «мошенничество». Владельца НТВ обвинили в мошенничестве и отмывании средств, якобы добытых незаконным путем, на сумму два миллиарда рублей. На третий день Генеральный прокурор успокоил общественность следующим заявлением: «Соседями по камере Владимира Гусинского являются интеллигентные люди. Оба с высшим образованием». Прокурор также сообщил, что дело возбуждено по нарушениям в приватизации питерского ООО "Русское Видео — 11 телеканал". По версии прокурора, Гусинский еще в 1996 году «вступил в преступный сговор с главой "Русского Видео" Рождественским. В результате он получил права на чужое имущество путем обмана и злоупотребления доверием, группой лиц по предварительному сговору, с использованием служебного положения, в крупном размере».
Это был первый арест крупнейшего бизнесмена, владельца крупнейшего телеканала, медиа-магната, и он вызвал шок во всем мире. Неожиданно через две недели Генпрокуратура отпустила Гусинского, разрешив ему выехать за границу. По словам самого Гусинского, находясь в следственном изоляторе, он под давлением подписал соглашение о продаже акций «Медиа-Моста». Как известно, медиа-магнат тогда выехал в Испанию, но по новому запросу Генеральной прокуратуры РФ его арестовала 12 декабря 2000 года испанская полиция. Почему такой крутой поворот: выпустили, а потом потребовали арестовать? Потому что Гусинский отказался выполнить требования соглашения о продаже акций. В апреле 2001 года испанский суд отказал Генпрокуратуре РФ в экстрадиции Гусинского, посчитав доводы российских следователей неубедительными. Тогда Генпрокуратура выдвинула против Гусинского новые обвинения и, желая оказать давление на него, арестовала финансового директора «Моста» Антона Титова. Когда в апреле 2001 года я «заехал» в Лефортовскую тюрьму, — следственный изолятор ФСБ, — там уже сидел и Антон Титов. Ему инкриминировали сговор с Гусинским о «хищении мошенническим путем более пяти миллиардов рублей». По версии следствия, Титов по личному указанию Гусинского разработал схему по выводу за рубеж кредитов РАО «Газпром» в 1998–1999 годах. Дело Титова выделили в отдельное производство.
9 июля 2002 года Гусинский сдался: он окончательно избавился от своей медиа-империи в России, вынужден был сдаться. Мы (я, СМИ, общество) не располагаем сведениями, что стало последней каплей, заставившей его продать активы его медиа-холдинга. Но факт остается фактом: 9 июля 2002 года медиа-активы Гусинского приобрел холдинг «Газпром-медиа». "Газпром" получил блокирующие пакеты акций всех крупных структур бывшей медиа-империи Гусинского. Стоимость сделки была объявлена коммерческой тайной, но по единодушным оценкам, «Газпром» заплатил за акции значительно меньше их реальной рыночной стоимости. Глава «Газпрома» Алексей Миллер (вы помните его, он был с 1991 года членом Комитета по внешним связям ленинградской мэрии, председателем Комитета был Владимир Путин) тогда заявил, что это «приобретение повышает инвестиционную привлекательность активов «Газпром-медиа» и создает более благоприятные условия для дальнейших переговоров с потенциальными инвесторами». Но с тех пор ни одно из этих СМИ не перешло в частные руки. Интересно, что 24 декабря 2002 года Черемушкинский суд Москвы приговорил Антона Титова к трем годам лишения свободы, тут же амнистировав и освободив в зале суда. Видимо, его освобождение было условием продажи Гусинским активов своей медиа-империи. С момента передачи НТВ «Газпрому» от былого величия осталось мало следов. Последовал кризис команды НТВ: ушел Евгений Киселев с большой группой журналистов. Часть журналистов осталась и продолжала более или менее сносно выполнять свою информационную работу. Хотя, безусловно, НТВ заняла новую скорректированную позицию по освещению войны в Чечне, и деятельность оппозиции стала освещаться куда меньше. Но и такой канал недолго устраивал Кремль. В самом конце 2004 года НТВ была окончательно разгромлена. Были закрыты одна за другой передачи "Свобода Слова" и «Намедни», в очередной раз сменено руководство каналом. Отныне НТВ ничем по сути не отличается от давно попавших в руки Кремля государственных каналов «Россия» (РТР) и ОРТ — 1-й канал.
Мстительный Кремль (то есть мстительный президент Путин) однако не оставил бывшего медиа-магната Гусинского в покое. В августе 2003 года его вновь арестовали, теперь в Афинах, по представлению, разумеется Генеральной прокуратуры РФ. 29 августа афинский суд выпустил его под залог, а чуть позже принял решение, идентичное принятому мадридским судом: нет убедительных оснований для экстрадиции.
Подытожить рассказ о том, как отнимали НТВ, можно напоминанием о том, что Путин и его группа вовсе не боролись против теле-олигарха, но уничтожалась множественность мнений, взглядов на нашу действительность, а это и есть свобода слова. Государственный олигарх, соратник Путина Миллер купил для Путина нашу с вами свободу слова. Теперь он ею владеет.
2. Как Кремль получил ОРТ
Уже упоминалось о борьбе медиа-империй Гусинского и Березовского накануне парламентских выборов 1999 года, о теле-киллере Сергее Доренко, о том, что битву тогда выиграла ОРТ, о том, что в руках Березовского скопилась своя медиа-империя. Собирать ее Березовский начал в 1993 году. Именно в конце 1993 года Березовский создал свое рекламное агентство «ЛогоВАЗ-Пресс», а контакты с тогдашним руководителем телекомпании А. Яковлевым помогли ему организовать эфирное время. В апреле 1994 года Березовский высказал инициативу создания "народного телевидения", очевидно, он при этом ориентировался на инициативу своего вечного недруга-друга Гусинского, зарегистрировавшего НТВ в июле 1993 года. В ноябре 1994 года Березовский «пробил» соответствующий Указ президента РФ о создании АО "Общественное российское телевидение" — ОРТ. При этом он сосредоточил в своих руках управление финансовой стороной деятельности АО.