Дело в том, что еще в 1881 году Миклухо-Маклай разработал проект создания Папуасского союза на Новой Гвинее как независимого государства, призванного противостоять колонизаторам. В планы Миклухи-Маклая входили строительство морской станции и русского поселения на северо-восточном побережье Новой Гвинеи (ныне Берег Маклая).
В 1882 году после двенадцати лет странствий Миклухо-Маклай через Суэцкий канал вернулся в Петербург, завершив, таким образом, свое многолетнее кругосветное путешествие, начатое на «Витязе» еще в 1870 году. В России он стал героем дня. Газеты и журналы сообщали о его приезде, излагали биографию, выражали восхищение его подвигами. Ученые общества Москвы и Петербурга устраивали заседания в его честь. Публичные выступления собирали громадную по тем временам аудиторию.
В ноябре 1882 года Миклухо-Маклай встречался в Гатчине с Александром Третьим. Он предложил императору программу экономических и социальных преобразований жизни островитян, но аудиенция у царя не принесла результатов. Планы учёного были отвергнуты, но ему удалось решить вопросы погашения долгов и получить финансовые средства на дальнейшие исследования и издание собственных трудов.
В начале февраля 1883 года Миклухо-Маклай отплыл из Адена на Яву. В Батавии он застал русский корвет «Скобелев» (бывший «Витязь») и убедил его командира В.В. Благодарева зайти по пути во Владивосток на Берег Маклая. 16 марта путешественник увидел пролив Изумруда, остров Кар-Кар, берега Новой Гвинеи… В июне 1883 года путешественник прибыл в Сидней. Почти три года он провел в Австралии, и это были нелегкие годы.
В феврале 1884 года 38-летний русский путешественник и ученый Николай Миклухо-Маклай женился на молодой вдове Маргарите-Эмме Робертсон, дочери сэра Джона Робертсона, крупного землевладельца, пять раз бывшего премьер-министром Нового Южного Уэльса. Семья Робертсон жила в окрестностях Уотсон-Бея, в имении Клобелли. Родители и родственники Маргариты противились этому браку, считая русского путешественника неподходящей партией для нее. В ноябре появляется на свет сын, названный в честь российского императора Александром, через год второй, которого он назвал в честь своего любимого брата Владимиром
В феврале 1886 года Миклухо-Маклай покинул Австралию и в апреле прибыл в Россию. Из Одессы он сразу же направился в Ливадию, где добился приема у Александра Третьего. Он опять предложил царю основать русское поселение на Берегу Маклая, как противодействие колонизации острова Германией. «Ваше Императорское Высочество, — писал Николай Николаевич 12 августа 1886 года, — имея высочайшее соизволение на поднятие русского флага на незанятых другими державами островах Тихого океана и получив более 1200 заявлений от лиц, желающих переселиться на эти острова, я надеюсь, что Морское министерство со своей стороны не откажет в содействии к осуществлению предположенного мною плана* так как занятые Россиею острова и основанная на них русская колония будут служить удобною военною станцией Аля русских военных судов и выгодным местом снабжения их топливом, материалами и припасами. Предположенный мною план занятия островов в Тихом океане и образования на них русской колонии необходимо осуществить немедленно, так как при существующем в последнее время стремлении европейских держав, особенно Германии и Англии, к захвату различных островов Тихого океана на долю России в скором времени не останется ни одного более или менее удобного пункта».
Пораженный готовностью русских людей ехать на край света, не имея представления о том, что их там ждет, Николай Николаевич пытался даже отговаривать особо рьяных кандидатов в переселенцы. Некоему Киселеву он, например, терпеливо втолковывал: «Полевая работа на солнце и при тропических дождях не соответствует организму европейца. Переезд туда с семейством представляется весьма неудобным и рискованным Я думаю, что для вас переселение на тропические острова — вещь совсем не подходящая». Но число энтузиастов, представлявших собой публику весьма разношерстную, не убывало и вскоре перевалило за две тысячи человек. Вот как описывает собрание будущих «колонистов» журналист «Петербургского листка»: «Были видны и армейские и флотские мундиры, франтоватые жилетки и потертые пальто, и русские шитые сорочки».
Особо рассчитывал Николай Николаевич на брата Владимира, с которым они уже давно мечтали о совместных путешествиях. По задумке старшего брата, младший должен был возглавить морской флот колонии. Владимир, разумеется, сразу дал свое согласие. Он уже давно морально готовился к тому, чтобы быть рядом со старшим братом. Ради этого, собственно, ушел с военного флота на торговый, чтобы стать настоящим океанским капитаном, изучить воды Тихого океана и в дальнейшем быть полезным старшему брату. Казалось, что все уже решено, и в истории России появиться новая глава — новогвинейская…
Александр III поручил новогвинейское дело специальной комиссии. Ознакомившись с предоставленными бумагами, комиссия отвергла проект Миклухи-Маклая из-за возможных внешнеполитических осложнений и чрезмерных финансовых затрат. Царь вынес вердикт: «Считать это дело конченным Миклухе-Маклаю отказать». Сегодня сложно сказать, что принесла бы России колонизация Новой Гвинеи. Как знать, но в свете последующих событий вполне возможно, что именно русская колония в Новой Гвинеи стала бы главным прибежищем и местом проживания послереволюционной русской эмиграции. Как знать, может быть, и до сих пор на карте мира существовала бы русская Новая Гвинея, населенная нашими соотечественниками. Увы, история не имеет сослагательного наклонения…
Неудача с организацией колонии в Новой Гвинее окончательно сломит Николая Николаевича. Слишком много сил и нервов отдано этому делу. Последние месяцы 1886 года были заполнены у Николая Николаевича работой над дневниками новогвинейских путешествий. Миклухо-Маклай продолжал эту работу урывками и в 1887 году, зарабатывая на жизнь редкими научными публикациями и страдая от «петербургского воздуха» и последствий перенесенных тропических заболеваний. Последние дни жизни Миклухо-Маклай провел в клинике Виллие при Военно-медицинской академии в Петербурге. Изношенный организм исследователя слабо сопротивлялся болезням. Не дожив и до 42 лет, Миклухо-Маклай умер на больничной постели в субботу 2 (14) апреля 1888 года
Что касается Владимира Миклухи, то вскоре после смерти брата он решает вернуться на военный флот. Миклуха едет в Петербург, пишет прошение на имя генерал-адмирала и ждет решения. Одновременно он подал прошение и об изменении фамилии, в память об ушедшем в мир иной брате. Чтобы не терять времени даром, записывается слушать курс астрономии и геодезии в Пулковскую консерваторию. Там он встречает лейтенанта Дриженко, младше двумя годами выпуска. Начинается дружба, которая продлиться всю оставшуюся жизнь Миклухи.
Впоследствии Федор Дриженко станет известным исследователем Байкала и дослужится до чина генерала гидрографии. Через Дриженко приятельствовал Миклуха в ту пору и со столь известными впоследствии людьми, как исследователь Новой Земли Андрей Вилькицкий, будущий академик океанограф Юлий Шокальский. Бывал в доме у Дриженко в те дни и композитор Римский-Корсаков (сам в недавнем прошлом флотский офицер), с удовольствием игравший молодым лейтенантам отрывки из своей последней сюиты «Шахерезада».