Тихоокеанский флот считался в годы Великой Отечественной тыловым, так как не вел боевых действий. Потери он, однако, нес В 1942 году одна за другой бесследно исчезли во время выходов в море две «малютки». Предположительно, обе попали на наши же оборонительные минные заграждения. Затем новая трагедия. 18 июля 1942 года на стоявшей в Николаевске-на-Амуре Щ-138 прогремел мощный взрыв. Причиной его стала детонация зарядных отделений запасных торпед во 2-м отсеке. Корабль мгновенно затонул, унеся с собой жизни 35 членов экипажа.
Пострадала и стоявшая соседним бортом Щ-118. Подозрение, что на субмарине произошла диверсия, усилилось после того, как выяснили, что покончил жизнь самоубийством помощник командира лодки лейтенант П.С Егоров, находившийся в момент взрыва на берегу. Это дало основание полагать, что именно он совершил диверсию и взорвал подводную лодку. 29 сентября «щуку» подняли с помощью спасательного судна «Тельман», но, принимая во внимание большой объем разрушений, ее не восстанавливали.
31 августа 1943 года во время ночных торпедных стрельб в заливе Америка из-за грубого нарушения командиром Щ-128 правил навигации его лодка нанесла таранный удар в борт Щ-130, которая затонула на глубине 36 метров. Спустя трое суток ее подняло спасательное судно «Находка». Личный состав, за исключением двух погибших при столкновении, чудом остался цел. Корабль отремонтировали и менее чем за полгода ввели в строй.
К началу 1945 года Щ-139 входила в состав 2-го отдельного дивизиона подводных лодок ТОФ и базировалась на Владимиро-Ольтанскую ВМБ. Дивизионом командовал в этот момент не кто-нибудь, а один из самых легендарных подводников Советского Союза, капитан 1-го ранга А.В. Трипольский. Имя Трипольского прогремело на всю страну еще в 1940 году, когда за боевые дела во время советско-финской войны он был удостоен звания Героя Советского Союза. В Великую Отечественную войну опыт Трипольского был использован в полной мере. В 1942 году именно он командовал тяжелейшим переходом отряда тихоокеанских подводных лодок через Тихий и Атлантические океаны на Северный флот. До этого подобных океанских переходов наши подводники еще никогда не осуществляли. Затем на Трипольского была возложена еще одна, не менее ответственная миссия. Он руководил приемкой и переходом из Англии в Полярный переданных нам англичанами подводных лодок типа «В», а после этого успешно командовал дивизионом этих лодок, лично ходя в боевые походы, и топил вражеские корабли.
Весной 1945 года капитан 1-го ранга Трипольский совсем не случайно снова оказывается на Тихоокеанском флоте, в должности командира дивизиона «щук». Другого второго подводника с таким огромным океанским опытом в то время на нашем флоте просто не было. Кому, как ни Трипольскому, выводить наши субмарины на океанские просторы для схваток с японским флотом!
Начальником штаба 2-го отдельного дивизиона был «коренной тихоокеанец» и опытный подводник, капитан 2-го ранга М.И. Кислов. Самой Щ-139 командовал к тому времени капитан-лейтенант И.А. Придатко. Но дела на одной из самых знаменитых лодок Тихоокеанского флота обстояли уже далеко не столь блестяще, чем в ее лучшие годы. Новый командир субмарины был явно не на своем месте и служил, что называется, «спустя рукава».
Из показаний бывшего командира дивизиона капитана 2-го ранга Миронова: «Щ-319 до прихода Придатко была одна из лучших лодок в дивизионе, личный состав был спаян, дисциплина на корабле была вполне удовлетворительная, организация службы хорошая. С приходом Придатко дисциплина и организация службы на корабле заметно ухудшилась. Личный и офицерский состав был настроен против него. Воспитательной работы с личным составом не вел. Своей деятельностью на берегу подрывал авторитет офицера — посылал личный состав в колхозы "на заработки для командира". Сам ходил с подчиненными "на заработки" по колхозам. При дележе заработанного спорил с личным составом и чуть ли не вступал в драки. Распускал сплетни о вышестоящих командирах. Авторитетом у личного состава и офицерского состава как своей лодки, так и других подводных лодок не пользовался. Личная дисциплина у Придатко была низкая, за 1944 год имел 8 дисциплинарных взысканий, а многие проступки ограничивались словесным указанием и наставлением. В основном, все взыскания были за плохую организацию на корабле. Корабль содержался грязно, борьбы за чистоту корабля не было».
Из спецдонесения особого отдела НКВД по Тихоокеанскому флоту: «На корабле имелись серьезные недочеты в содержании материальной части, особенно моторных и трюмных групп, а также торпедного и артиллерийского вооружения. Точная аппаратура спиртом не протиралась 5 — 6 месяцев, в то же время, когда спирт на лодку для этих целей отпускался, то Придатко расходовал его не по назначению. Кормовые горизонтальные рули заклинивались на 15 градусов, в результате чего неоднократно были случаи недопустимого дифферента подводной лодки до 30 градусов, что помогло привести к гибели корабля. Зная об этом, Придатко никаких мер к устранению дефектов не принимал.
Свидетель Корнеев по данному вопросу показал: "Однажды помню случай, командир Придатко не отпускал спирт для протирки аккумуляторных батарей месяца полтора. Старшина Самарин вынужден был записывать об этом в аккумуляторном журнале. При проверке дивизионными специалистами было установлено, что спирт на подводной лодке командиром расходовался не по назначению".
Находясь в очередном доковом ремонте в декабре, Придатко, несмотря на требования командира БЧ-1 старшего лейтенанта Черемисина о тщательной проверке установленной "Связьмортрестом" акустической аппаратуры, тщательную проверку установки таковой не обеспечил, торопившись с уходом к семье в бухту Ракушка. Впоследствии оказалось, что "Связьмортрестом" была установлена неисправная акустическая аппаратура, показания акустиков были неверные, что явилось одной из причин столкновения подводной лодки с катером на учениях в 1944 году.
В марте 1944 года по вине Придатко произошло столкновение с катером МО, в результате которого катер и лодка вышли из строя на длительное время, а материальный ущерб государству определяется в сумме 100 000 рублей.
В октябре 1944 года Придатко, пригласив на лодку специалистов завода №202, мастера Сильченко, строителя Доренко и старшего мастера Морозова, организовал групповое пьянство в аккумуляторном отсеке лодки. Во время пьянки курили и жгли спички, что также могло привести к гибели корабля.
Свидетель Сильченко по данному вопросу, показал: "Когда мы вошли на лодку, то прошли в 3-й отсек, сели кушать. Придатко принес бидон спирта и налил нам спирта по кружке, грамм по 300. Затем спирт развели и выпили. Вскоре Придатко еще налил нам по две кружки. В процессе выпивки Придатко дал мне пачку папирос, затем вынул вторую пачку и стал нас угощать. Я, а также механик Уваров заметили Придатко, что курить на лодке нельзя, на что Придатко заявил: "Кто здесь хозяин? Раз я разрешаю — курите” Механик потом провентилировал лодку.
Придатко зажигал спички и давал нам прикурить. Курили я, Придатко, Доренко и фельдшер. Выпивка происходила часа четыре, Придатко напился до бесчувственного состояния".
3 декабря 1944 года на корабле, находящемся в подводном положении, в результате короткою замыкания вследствие нарушения изоляции возник пожар в аккумуляторном отсеке, что могло привести к гибели корабля, лишь благодаря тому, что пожар был быстро обнаружен и ликвидирован, гибель корабля была предотвращена. При расследовании этого факта установлено, что нарушение изоляции произошло в результате того, что аккумуляторы батареи были плохо закреплены, шатались, угольник изолирующей резиной касался корпуса батареи. Придатко, как командир, зная об этом, мер к устранению не принял. Возникновению пожара способствовала также систематическая течь соляра из трубопроводов в районе 3-го отсека. Для устранения течи требовалось 144 кв. см подошвенной кожи. Придатко же, несмотря на неоднократные просьбы электриков лодки, мер к устранению этой серьезной неисправности никаких не принимал в течение года. Выходили в море с неисправной системой трубопроводов, подвешивая в месте утечки соляра банку из-под консервированного мяса. Случай пожара Придатко скрыл от командования, внеочередного донесения о чрезвычайном происшествии не представил.