Морской устав предписывал судовым священникам вести и серьезную агитационную работу по приобщению некрещеных матросов к православной вере: «Имеющихся на кораблях басурманов, яко татар, мордву, чуваш и черемис приказать иеромонахам увещевать по правилам и в соединение в православную греческого исповедания веру скланивать всякими удобными мерами, дабы от того басурманства были отлучены и соединены к восточной кафолической церкви».
Из воспоминаний художника-мариниста А.П. Боголюбова: «Как и всегда, на корабль назначались в плавание монахи. Конечно, настоятели посылали на флот народ негожий, пьющий, почти что для наказания. Но дело оказывалось иначе. Флот наш тогда весь бойко пил, а потому ссыльные попадали в некотором роде в вертоград винный и пили горькую в кают-компании не хуже монастырской. Был на «Прохоре» иеромонах из валаамского скита Алексей — человек Божий, мой тезка. Я ему понравился, хотя делал с ним разные гадости, то есть пускал в бороду связанных за ножки ниткой двух больших мух, которых он, желая освободиться, давил на своей власянице. Наливал иногда в клобук воды на донышко, так что, вдруг, набросив себе его на голову, он невольно обольется, а притом другой резвый офицер или гардемарин крикнет: «Батюшка, капитан зовет!», затем раздается общий хохот. Но зато я ему разрисовал псалтырь водяными красками и очень старательно, и мы всегда жили ладно. По воскресеньям адмирал И. Епанчин приглашал к себе второго капитана, доктора и двух-трех офицеров обедать, а попа постоянно, над которым тоже любил трунить и подпаивал его. Как видно, тоже для шутки, был сладким блюдом подан пылающий ромом пудинг с серебряной ложкой. «Батюшке, батюшке первому!» — заорал Епанчин. Батюшке поднесли блюдо. Взялся он за ложку — горяча, другой рукой — тоже не берет, стал дуть сильнее, выдул спиртуозную влагу себе на бороду, она загорелась. Затушив рукой пожар, он благословил блюдо крестным знамением, сказав вполголоса: «А ну тебя… к… матери». Адмирал чуть не умер от смеха и удовольствия и накатал батюшку до положения риз».
Историк флота Д.Н. Федоров-Уайт в своей работе «Русские флотские офицеры начала XIX века» писал: «С назначением духовных лиц на суда плавающего флота в конце XVIII и начале XIX века дело обстояло далеко не благополучно. Как пишет Штейнгель: «В это время… на флот посылали духовных… большею частью пьяных и развратных в наказание». В результате этого отбора худших: «К священникам не было никакого уважения, и не редко молодые офицеры и гардемарины строили над ними разные насмешки и пакости». Временами все же попадали на суда духовные лица иного типа, умевшие поддержать достоинство своего сана. Тот же Штейнгель говорит, что на «Изяславе», на котором он тогда плавал, был «иеромонах очень скромный, трезвый и дело свое знающий». Два мичмана, Давыдов и Богданов, позволили себе богохульство в присутствии этого иеромонаха. Тот немедленно же пожаловался на них командиру, который велел прочесть перед виновными «артикул, повелевающий за богохульство прожигать язык каленым железом». В результате, виновные «с искренними слезами раскаяния принуждены были просить священника простить их». Завалишин рассказывает, как офицеры фрегата «Крейсер», на кагором он совершал кругосветное плавание, не хотел в походе исповедоваться у судового иеромонаха, а говели по прибытии в Ситку, где исповедовались у известного миссионера о. Иоанна Вениаминова, впоследствии митрополита Иннокентия.
Несмотря на все недостатки судового духовенства, религиозное чувство, по-видимому, все же было сильно среди флотских офицеров. Свиньин приводит инструкцию капитан-командора Игнатьева, изданную в походе из Кронштадта в Средиземное море: «На корабле вашем строго наблюдать, чтобы христианский долг свято и ненарушимо был сохраняем, и имел отправление молитв и службы Божьей во все праздничные и воскресные дни. Строжайше запрещается, чтобы во время отправления молитвы никто не дерзал заниматься чем-либо другим и чтобы при соблюдении совершенной тишины и благоговения поступаемо было с должным благочестием». В Бока-ди-Катаро тот же Игнатьев, «как добрый христианин, отслужил благодарственный молебен Спасителю».
Правда, среди некоторых выдающихся офицеров взгляд на религию, по-видимому, был близок к английскому деизму XVIII века. А некоторые шли дальше по тому же пути. Так, о знаменитом Лазареве Завалишин говорит, что по его понятиям, «религия — была только необходимое политическое орудие для невежественного народа». По словам Завалишина, даже высказывал взгляд, «что, кто хочет быть хорошим морским офицером и даже вообще военным человеком, тот не должен быть христианином, и что наоборот, христианин не может быть хорошим офицером».
Вразрез с этими мнениями Лазарева идут взгляды большинства морских мемуаристов того времени. Так, Коробка говорит: «По себе судя, не верю, чтобы мореходец… мог быть вольнодумцем. Не верю, чтобы… Вольтер, Спиноза и Дидерот, претерпев бурю или кораблекрушение, могли остаться атеистами и посмели острить язык над святою верою. Кто на воде не бывал, тот до сыта Богу не маливался: справедливо гласит наша пословица». А.П. Беляев говорит, что среди кадет Морского корпуса, в его время обучения там, было много религиозно настроенных. Эти кадеты вели по временам беседы на религиозные темы и читали книги духовного содержания. В числе этих книг была Библия издания Библейского общества, беседы митрополита Михаила и краткие жития некоторых святых. Беляев пишет: «Нравственное учение вне религии преподаваемое, во имя чего может быть обязательно для внутреннего убеждения?»
Временное увлечение Вольтером не помешало Беляеву снова вернуться к православной вере. Как он говорит: «Мы с братом были верующими христианами по своему образу мысли. Как Завалишин, так и мы считали чистую нравственность непременным условием при устремлениях к такой высокой цели. Мы с ним были даже несколько фанатиками, вроде пуритан Кромвеля». Стоя на Сенатской площади в рядах каре восставших войск, Беляев, по его словам, «вспомнил слова Спасителя, кто не оставит матери, сестер, имений ради Меня… тот не достоин Меня». В каземате Петропавловской крепости он «молился Богу, громко пел «Коль славен наш Господь в Сионе».
Адмирал Шишков был человеком глубоко религиозным. Об Отечественной войне он говорит, что десница Божия «во всю сию войну… многократно являлась, творя сии чудеса; и надпись на медали справедливо гласит — не нам, не нам, — но имени Твоему!» При этой религиозности Шишков был чужд крайности мистицизма, которому отдавало такую дань русское общество конца царствования Александра I. После свидания с госпожой Крюденер «скоро приметил я, — говорит адмирал, — что она возносясь иногда выше пределов ума, терялась в высокопарных умствованиях и вместо смиренномудрия тщеславилась показать себя вдохновенною». Завалишин, тоже человек глубоко религиозный, пишет в своих «Записках»: «Только одна истинная религия может установить безусловные обязанности — все же человеческие доказательства не могут ничего измыслить, кроме относительного права», — мысль, имеющая интерес и в настоящее время. Другой декабрист-моряк с осуждением пишет об убеждениях провинциального чиновничества: «Между этими полуцивилизованными чиновниками царствует общее нашей интеллигенции равнодушие к вере. Эти великие философы считают равными все веры, потому что сами не имеют никакой».
Коробка, далеко не сочувствовавший Ватикану и с осуждением относившийся «к чрезмерному суеверию всемощному в Европе в Средние века», все же ходил в Италии поклониться гробу св. Розалии, «находящемуся на горе Пелегрино», а в одно из воскресений, в бытность свою в заграничном плавании, он посетил три церкви. Коробка полагал, что «человек, способный погасить в себе угрызения совести и страх Божий, едва ли будет мыслить о будущем, вечности».