Поначалу Дориа хотел было гнаться за французами, но, предвидя по характерным местным приметам приближение серьезного шторма, предпочел укрыться в ближайшей бухте. На другой день он отправился вслед за французами, но передовая галера, на которой адмирал держал свой флаг, на полном ходу вылетела на камень. Пока ее стаскивали, пока латали дыру, ушло много времени. Однако, несмотря на все свои задержки, Дориа все же сумел догнать две отставшие французские галеры, которые после непродолжительного сопротивления были взяты им на абордаж. Ночью Дориа подошел к Генуе и, чтобы его не заприметили, рассосредоточил свои галеры вдоль побережья, с целью внезапно напасть с рассветом. Однако и французский командующий Барбесбью, явно не желая сталкиваться с Дориа в открытом морском бою, проявил на этот раз изрядное мастерство и обманул многоопытного генуэзца.
Ранним утром внезапно адмирал услышал со стороны Генуи сильную пальбу. Встревоженный, он послал узнать их причину. Доклад вернувшихся лазутчиков был неутешителен: французы, извещенные об его приходе, решили бежать, пожертвовав для этого двумя оставленными в гавани галерами. Эти отданные «на заклание» галеры и палили во всю мочь, прикрывая пальбой шум весел уходящего французского флота. Вместе с собой Барбесбью увел и все находившиеся в гавани генуэзские купеческие суда. Это был серьезный удар не только по экономическим интересам Генуи, но и по личному престижу адмирала. Ведь он упустил противника прямо с порога своего дома, да еще позволил ему вывезти из него все, что тот только пожелал. «Дориа жалел, что не знал об этом прежде, — пишет биограф адмирала. — Он не сомневался, что если бы напал на французский флот во время его замешательства, то взял бы его весь. Как уже прошло довольное время, как французы ушли, то Дориа и не рассудил за ними гнаться и жертвовать неизвестностью погони, верному освобождению своего отечества, которое было его единственным предметом».
Тем временем к Дориа на галеру прибыли депутаты республиканского сената. Требования депутатов были просты: Дориа не рекомендовалось заходить в порт, ибо в таком случае французы запрутся в цитадели и будут сражаться до конца, подвергнув город разрушениям и грабежу. Во-вторых, адмиралу, во имя спокойствия республики, предлагалось попросить прощения у французского короля и не поднимать более вопроса о порте в Савонне. Выслушав депутатов, Андре Дориа сразу заподозрил неладное. Проводив их, он немедленно послал в Геную своих лазутчиков, которые уже через несколько дней вернулись и доложили адмиралу суть событий, происходящих в городе. А смысл происходящего сводился к тому, что ненавистный Дориа лидер профранцузской партии Тривульс принудил сенат послать к Дориа депутатов, чтобы обмануть адмирала и тем самым выиграть время, необходимое для прихода французской армии, расположившейся лагерем на реке Тесине. Взбешенный этим известием, Дориа немедленно собрал своих офицеров:
— Поспешим на помощь нашему отечеству! Время дорого сейчас как никогда! Если потребуется, прольем за родную Геную последнюю каплю своей крови!
Дядюшку поддержал стоявший тут же верный племянник Филипп:
— Смело пойдем, друзья! Наше дело правое, и Бог нам помощник!
Дориа немедленно разделил свой флот на три отряда. Подойдя к окрестностям Генуи с трех сторон, отряды высадили десант. Наступление на город началось одновременно. Сборным местом всех отрядов адмирал назначил центральную площадь Замка. Все произошло столь быстро, что никакого сопротивления нигде не было встречено. А располагавшиеся в центре города полсотни швейцарских наемников сдались адмиралу без всякого сопротивления. Однако всех поразило иное — город выглядел абсолютно безлюдным, словно вымершим. Улицы Генуи были непривычно пустынны, ставни окон наглухо заперты, а на площадях горели чадные костры — вестники беды. От плененных швейцарцев Дориа узнал, что по Генуе во всю гуляет чума, занесенная из-под Неаполя, а к самому городу сейчас спешат посланные Парижем свежие войска, с наказом короля Франциска жестоко покарать отступника-адмирала.
Некоторое время Дориа, отбросив в сторону все иные дела, занимался борьбой с заразой, устраивал карантины, укреплял городские стены, собирал ополчение.
В истории Генуи этот факт отмечен следующим образом: «Дориа полюбопытствовал взглянуть на свой дом и нашел в нем только одну старуху. Чума, опустошая весь город, с некоторого времени принудила почти всех жителей удалиться по деревням. Он велел звонить в большой колокол, чтоб собрать оставшихся граждан в городе и с ними посоветоваться о том, что должно предпринять в таких тесных обстоятельствах, но он сам не смел войти в башню, куда снесли проветрить все тюфяки и имущество умерших от чумы. Тогда Дориа пошел на площадь и сказал им: „Любезные граждане, мои желания исполнятся, когда увижу между вами согласие, тогда можете не страшиться чужеземного ига. Любовь к отечеству заставит умолкнуть честолюбие, и ни один из вас не станет домогаться верховной власти, прекратится в Генуе несогласие, которое, ослабляя государство, увеличивает силу его неприятелей, тогда граждане не станут презирать одни других, своих соотчичей и возбуждать справедливый гнев этих последних“. Слушавшие его были убеждены, что Дориа руководствует не частная выгода, но одна польза отечества и они обещались следовать его советам, которые даже станут почитать законом. Они переменили тотчас правителей, избрали двенадцать человек из главнейших граждан для наблюдения над управлением республикою и поклялись забыть прежние свои раздоры… Набрали воинов из окрестных деревень, вооружили всех граждан, которые в силах были носить оружие, и избрали Филиппа Дориа губернатором города от республики».
Называя вещи своими именами, можно сказать, что Дориа пришел к верховной власти, несмотря на сложную ситуацию в городе, а может, именно благодаря ей. А к городу уже подступали наемники графа Сен-Поля, который еще не потерял надежды вернуть французской короне мятежную Геную. Основания у графа для этого были. В цитадели города еще держался запершийся с частью гарнизона и своими приверженцами сенатор Тривульс, и Дориа пока никак не мог его оттуда выковырнуть. Обстановка оставалась весьма напряженной, и взгляды генуэзцев были снова обращены на адмирала. Дориа должен был доказать им свое право на владение республикой Святого Георга. И адмирал сумел сделать это.
Действуя решительно и энергично, он перерезал наступавшим все тыловые коммуникации и этим не только избежал рискованного генерального боя, которого не слишком воинственные генуэзцы весьма боялись, но и практически бескровно заставил французов убраться восвояси. Расправившись с Сен-Полем, Дориа, не теряя времени даром, привел в повиновение все земли Легурии. Восторженные таким развитием событий, генуэзцы хотели было тут же избрать Андре Дориа своим пожизненным дожем, но он от такой чести отказался.
— Для меня славнее было заслуживать эту честь, чем ей пользоваться, — заявил он при огромном стечении народа, — я буду покоряться нашим законам, как рядовой гражданин, и принесу больше пользы, заслуживая покровительства разных государей!
Слова его, по отзывам современников, вызвали неописуемый восторг и восхищение.
— Наш Андре самый бескорыстный человек во вселенной! — говорили одни.