Летом 1942 года моряки Азовской флотилии выставили на подходах к занятым противником портам северного побережья Азовского моря 40 мин типа A.MkI/IV и 38 отечественных МИРАБ. При оставлении баз на Таманском полуострове дополнительно были использованы 14 МИРАБ и 178 A.MkI/IV. Эти заграждения причинили довольно много хлопот командованию кригсмарине. После того как с 10 по 16 августа на Азовском море было потеряно четыре судна, из состава «Sonderkommando Mausi» на юг России был переброшен первый самолет-тральщик.
Основное внимание в этот период уделялось борьбе с минной опасностью на судоходных фарватерах между Мариуполем и Ейском. По этому маршруту «мышки» ежедневно совершали 1–2 контрольных вылета. Применение самолетов-тральщиков сразу дало результат: так, в период с 2 по 18 сентября Ju-52MS (бортовой PD+KH) записал на свой боевой счет 12 уничтоженных мин.
Через месяц после начала боевой карьеры на новом театре «мауси» понесли первые потери. 19 сентября Ju-52MS (зав. 5949) потерпел катастрофу по техническим причинам, а 7 октября еще один самолет Ju-52MS (зав. 3287) погиб при взрыве неконтактной мины вместе с 4 членами экипажа.
В октябре 1942 года при создании Minensuchgruppe 1 на Черном море, в Варне, была сформирована третья эскадрилья группы. Варна оставалась базовым аэродромом для 3./MSGr1 до августа 1944 года. Непосредственно на боевое траление «мауси» летали с передовых авиабаз.
Надо отметить, что к возможностям Черноморского флота вести эффективную минную войну немцы относились все-таки довольно скептически. Достаточно сказать, что в составе вновь сформированного подразделения числился всего один Ju-52MS, а до апреля 1943 года число этих машин в эскадрилье не превышало 2–3 единиц.
Все изменилось в новом 1943 году. В начале года основные усилия миноносной авиации ЧФ были сконцентрированы на Керченском проливе, через который шло снабжение блокированной на Таманском полуострове 17-й немецкой армии. За февраль — май в проливе было поставлено 78 мин (из них половина английских неконтактных A.MkIV). В результате немцы были вынуждены отказаться от свободного плавания в проливе, перейти к движению конвоев из 2–4 быстроходных десантных барж под охраной электромагнитных тральщиков. Для борьбы с минной опасностью на коммуникации Крым — Тамань привлекли и «мышек» из 3./MSGr1. Уже 28 февраля в Керченском проливе производил траление весь наличный состав эскадрильи — 3 самолета-тральщика.
Однако, несмотря на это, корабли гибли даже на тщательно контролируемых фарватерах. Всего с 26 февраля по 15 марта 1943 года там подорвалось 6 кораблей и судов, начиная с быстроходных десантных барж и заканчивая саперным десантным катером.
В мае советская авиация перенесла свои усилия в другой район, приступив к минированию Дуная. Постепенно минная опасность распространилась на почти 500-километровый участок важнейшей коммуникации противника. На борьбе с минами кроме румынской речной флотилии и германских судов-прорывателей, естественно, были сосредоточены и усилия Ju-52MS из 3. Minensuchstaffel. Хотя мин было поставлено всего 86, но ликвидировать минную угрозу так и не удалось. До конца года на них подорвалось девять судов противника, а движение по реке несколько раз прерывалось на срок до двух недель.
Кроме Дуная объектами постановок стали Днепр (в ноябре в Днепровском лимане впервые в боевой обстановке применили донные мины АМД-500) и устье Днестра. Всего за 1943 год ВВС ЧФ выставили 171 английскую неконтактную мину и 24 отечественных типа АМД-500.
Прямым отражением возрастания объема тральных работ стал и рост численности Ju-52MS. Если в марте 1943 года 3./MSGr1 имела в своем составе три машины, то в апреле девять, а в июне уже 12 «мауси». Всего за год на Черное море прибыло 25 машин этого типа, что позволило, несмотря на потери, удерживать численность эскадрильи на уровне 16–18 самолетов. Учитывая, что минная опасность распространилась почти на весь бассейн Черного моря и Дунай, работы самолетам — тральщикам хватало.
Иногда «мауси» на Востоке использовались и не по своему прямому назначению. С 9 сентября по 16 октября 1943 года шесть «мышек» из 2. Minensuchstaffel со снятыми тралами, как обычные транспортники, приняли участие в операции «Кримхильда» — эвакуации немецких войск с Тамани в Крым. Затем самолеты почти две недели простояли в ожидании дальнейших указаний на аэродроме в Николаеве и только после настойчивых просьб командования кригсмарине были возвращены на свои базы в Голландии.
Напряженная боевая работа не обошлась без потерь. За 1943 год они составили 6 машин. Два Ju-52MS погибли в Керченском проливе на вытраленных минах: 13 мая (зав. 3399) и 3 июля (зав. 3462) соответственно. Гибель «мауси» на вытраленных минах, возможно, связана с тем, что специально против Ju-52MS англичане выпускали мины A.MkI, имевшие взрыватель без замедлителя, которые взрывались непосредственно под самолетом. В обоих случаях экипажи (унтер-офицер Гутовски, обер-ефрейторы Гамус, Габриэль и ефрейтор Хасхард, унтер-офицеры Фрезен, Реслер соответственно), хотя и получили ранения, но были спасены.
Впрочем, от экипажа унтер-офицера Гутовски удача отвернулась уже через полгода, когда их новая «мышка» (зав. 3411) была сбита, причем даже не истребителями, а штурмовиками Ил-2 из 23-го шап при тралении в Днепро-Бугском лимане 30 ноября. На этот раз все находившиеся на борту (уже упомянутые Гутовски, ставший унтер-офицером Габриель и Гамус, плюс бортстрелок унтер-офицер Фернер) погибли. Вероятно, именно этот самолет летом 1944 года был обследован водолазами ЧФ. Однако к этому времени «мауси» уже сильно занесло илом, поэтому толком разобраться с конструкцией трала нашим специалистам не удалось. Остальные, потери, вероятно, вызваны небоевыми причинам. Так, 8 июля на аэродроме Галац приземлившемуся румынскому самолету «не хватило» полосы, в результате чего он врезался в «мауси» (зав. 3407) из З/MSGr1. Еще одна «мышка» (зав. 3406) был протаранена 3 ноября на одесском аэродроме, теперь уже взлетающим самолетом.
Хотя в 1944 году масштабы минных постановок с воздуха были увеличены (ВВС использовали 119 мин A.MkI/IV и 58 новых A.MkV, а также 158 АМД-500), успехи, по целому ряду причин, были ниже. Объем работ для «мауси» также сократился, что было следствием утраты противником значительной части побережья.
Выход из войны Румынии привел к тому, что 3./MSGr1 потеряла 10 самолетов-тральщиков, уничтоженных или захваченных советскими войсками на аэродромах. Однако к этому времени англичане начали массированные постановки на Верхнем и Среднем Дунае, куда и было брошено все, способное бороться с минами. Оставшиеся в эскадрилье самолеты Ju-52MS перебазировались на аэродром Нойзац (Neusatz).
Надо сказать, что появление у немцев такого высокопроизводительного средства борьбы с неконтактными минами, как самолеты-тральщики Ju-52MS, не ускользнуло от внимания англичан. Их ответом на «мауси» стало применение мин с двухканальным индукционно-акустическим взрывателем. Индукционная катушка магнитного взрывателя такой мины, включалась дежурным акустическим каналом только после того, как шум, создаваемый винтами корабля, достигал определенного порогового уровня. Такой взрыватель вполне эффективно защищал мину от раздельного вытраливания магнитным или акустическим тралами.