— 48-я отдельная 152-мм четырехорудийная батарея (Керчь, Крепость);
— 54-й отдельный зенитный артиллерийский дивизион (12 76-мм орудий);
— пулеметная рота;
— прожекторная рота;
— отдельная местная стрелковая рота;
— минная партия.
Военно-морская база Батуми включала:
— отдельный дивизион торпедных катеров (в Поти, 12 ед.);
— охрана рейдов;
— 431-я 180-мм четырехорудийная батарея;
— 52-я 203-мм четырехорудийная батарея;
— 51-я 152-мм четырехорудийная батарея;
— 716-я 130-мм трехорудийная батарея (Поти);
— 57-й отдельный зенитный артиллерийский дивизион (16 76-мм орудий);
— пулеметная рота;
— прожекторная рота;
— отдельная местная стрелковая рота;
— минная партия.
Кроме этого ВМБ были приданы эскадренные миноносцы «Фрунзе» и «Дзержинский», подводная лодка А-4.
Николаевская военно-морская база включала:
— дивизион вновь строящихся и капитально ремонтирующихся подводных лодок в составе С-35 (на стапеле), Щ-216 (на ходовых испытаниях в районе Главной базы), М-111 (на заводских испытаниях), М-112 (на заводских испытаниях), М-113 (на заводских испытаниях), М-117 (на достройке), М-118 (на достройке), М-120 (на достройке), Л-23 (на заводских испытаниях), Л-24 (на достройке), Л-25 (на достройке);
— эскадренный миноносец «Свободный» (на достройке);
— 122-й зенитный артиллерийский полк (36 76-мм орудий);
— пулеметный батальон;
— прожекторный батальон;
— рота ВНОС;
— отдельная местная стрелковая рота;
— минная партия.
Береговая оборона Главной базы включала:
— 1-й отдельный артиллерийский дивизион в составе 30-й 305-мм четырехорудийной батареи (Северная сторона, р. Бельбек), 35-й 305-мм четырехорудийной батареи (Казачья бухта), 20-й 203-мм четырехорудийной батареи (Северная сторона, р. Кача);
— 2-й отдельный артиллерийский дивизион в составе 12-й 152-мм четырехорудийной батареи (к северу от Константиновского равелина), 13-й 120-мм четырехорудийной батареи (к югу от Константиновского равелина), 2-й 100-мм четырехорудийной батареи (к северу от Константиновского равелина), 8-й 45-мм четырехорудийной батареи (к югу от 13-й батареи);
— 3-й отдельный артиллерийский дивизион в составе 18-й 152-мм четырехорудийной батареи (мыс Фиолент), 19-я 152-мм четырехорудийной батарея (при входе в Балаклавскую бухту);
— 116-й отдельный артиллерийский дивизион в составе 26-й 130-мм трехорудийной батареи (м. Чауда), 32-й 130-мм трехорудийной батареи (м. Киик-Атлама);
— 28-я отдельная 152-мм трехорудийная батарея (Ак-Мечетъ);
— местный стрелковый полк;
— саперная рота;
— химическая рота;
— рота местной ПВО.
Военно-воздушные силы флота:
— 63-я авиационная бомбардировочная бригада в составе 40-го авиационного полка (Сарабуз, пять эскадрилий — 58 машин СБ), 2-го авиационного полка (Сарабуз и Карагоз, пять эскадрилий — 70 машин ДБ-3);
— 62-я истребительная авиационная бригада в составе 32-го истребительного авиационного полка (Евпатория и Бельбек, пять эскадрилий, МиГ-3 —12, И-16 — 50, И-153 — 31, И-15 бис — 3), 8-го истребительного авиационного полка (Евпатория, пять эскадрилий, МиГ-1 — 3, И-16 — 41, И-153 — 22, И-15бис—19), 9-го истребительного авиационного полка (Очаков, пять эскадрилий, И-16 — 40, И-153 — 16, И-15бис — 17);
— 119-й авиационный полк (Каборга, три эскадрильи — 30 МБР-2);
— авиационная группа (Севастополь, 60-я, 80-я эскадрильи и отряд корабельной авиации, ГСТ — И, МБР-2 — 26, КОР-1 — 5, КР-1 — 2);
— 16-я эскадрилья (Поти, МБР-2 — 19);
— 45-я эскадрилья (Керчь, МБР-2 — 17);
— 70-я эскадрилья (Одесса, учебная, СБ — 6);
— 78-я эскадрилья (Кульбакино, СБ — 10);
— 82-я эскадрилья (Гаджибеевский лиман, МБР-2 — 10);
— 83-я эскадрилья (Геленджик, МБР-2 — 9);
— 87-я эскадрилья (Водопой под Николаевым, И-153, И-16)
— 93-я эскадрилья (Керчь, И-15 — 15, И-16 — 1);
— 96-я эскадрилья (Измаил, И-153 — 3, И-15 — 13);
— 98-й отдельный отряд (Очаков, МБР-2 — 4).
Всего с учетом учебных и резервных подразделений на 1 июня 1941 г. в составе ВВС флота числилось:
— бомбардировщиков 143 (СБ — 70 и ДБ-3 — 37);
— торпедоносцев 36 (ДБ-Зф);
— истребителей 314 (МиГ-3 —16, И-153 — 74, И-16 — 144, И-15 бис — 76, И-5 — 4);
— гидросамолетов 162 (МБР-2 — 142, ГСТ — 11, КОР-1 — 5, КР-1 — 4);
— транспортных и учебных 172 (ТБ-3 — 5, Р-6 — 2, Р-5 — 2, У-2 — 78, УТ-1 — 32, УТ-2 — 22, УТМ-4 — 19, МП-1 — 3, ПС-84 — 3, С-2 — 6).
Кроме этого в состав ВВС флота входил Крымский участок ПВО:
— 61-й зенитно-артиллерийский полк в составе 4 дивизионов (район Севастополя, 44 76-мм орудия и 18 37-мм зенитных автоматов);
— 26-й отдельный зенитно-артиллерийский дивизион (Евпатория, 8 76-мм орудий);
— 56-й отдельный зенитно-артиллерийский дивизион (Феодосия, 8 76-мм орудий)
— зенитно-пулеметный батальон (М-4 — 12, М-1 — 18);
— прожекторный батальон;
— 11-й батальон ВНОС;
— отдельная радиорота ВНОС.
В районе Севастополя были развернуты по две радиолокационные станции воздушного обнаружения РУС-1 и РУС-2. Кроме этого на крейсере «Молотов» имелась единственная в стране корабельная РЛС воздушного обнаружения «Редут-К», аналог РУС-2.
Дунайская военная флотилия включала:
— дивизион мониторов («Ударный», «Мартынов», «Ростовцев», «Железняков», «Жемчужин»);
— дивизион бронекатеров (22 единицы пр. 1125);
— отряд катеров-тральщиков (типа Р — 5 ед., деревянных — 2 ед.);
— отряд полуглиссеров (6 ед.);
— минный заградитель «Колхозник»;
— штабной корабль «Буг»;
— плавучая мастерская ПМ-10;
— госпитальное судно «Советская Буковина»;
— два колесных буксира, а также 12 различных катеров и шхун;
— 96-ю истребительную авиаэскадрилью (Измаил, 3 И-153, 13 И-15);
— Дунайский сектор береговой обороны в составе 725-й подвижной 152-мм четырехорудийной батареи (Измаил), 724-й подвижной 152-мм четырехорудийной батареи (Джурджулешты), 717-й 130-мм трехорудийной батареи (Жебрияны), 7-й 75-мм четырехорудийной батареи (Вилково), 65-й 45-мм четырехорудийной батареи (Килия);