По окончании высадки весь состав АВФ переключился на переправу. Первоначально руководство осуществлял рабочий аппарат штаба АВФ.
6 ноября была создана временная штатная структура — Переправа, назначен начальник, штаб, тыл и техотдел. Все плавсредства разбиты на 5 отрядов, выделены отряд прикрытия и отряд траления. Не удалось встретить ни одного упоминания этих отрядов в документах — видимо, разделение было формальным. Большинство плавсредств находилось в неудовлетворительном техническом состоянии. В процессе работы создана ремонтная база — сначала в Сенной, затем в Кордоне.
Немецкие БДБ представляли некоторую опасность для переправы лишь в первую неделю. Но в узком проливе рядом с косой, буквально уставленной батареями, они ничего серьезного сделать не смогли. Авиация противника атаковала пристани часто, но зенитная артиллерия и истребительная авиация редко допускали прицельное бомбометание. Самой серьезной угрозой оставались артиллерийские батареи. Для уменьшения этой угрозы в светлое время суток катера прикрывали переправу дымзавесами. Затем была разработана система задымления. Ее осуществлял 64-й отдельный отряд дымомаскировки и дегазации АВФ. В среднем в сутки расходовались 8 тонн дымсмеси и 32 дымовые шашки. Система оказалась эффективной, ущерб от артогня был минимальным. Наибольшие потери причинили мины. Борьба с ними началась с большой задержкой, так как все тральщики использовались в роли буксиров.
К 11 ноября на переправе сосредоточены 10 БКА, 1 СКА, 5 КАТЩ, 7 КЭМТЩ, 2 ЭМТЩ, 13 тендеров, 19 сейнеров, 2 несамоходные баржи, один 60-тонный паром, один 100-тонный паром, 3 парома по 10 тонн — всего 64 единицы. Число вроде бы внушительное, но заметная часть постоянно находилась в ремонте. Бронекатера, которые интенсивно использовались на перевозках, один за другим быстро вышли из строя. На ходу остались только БКА-75 и БКА-305. Из 16 бронекатеров, побывавших к тому времени на переправе (11 дошли до пролива в десантных отрядах в ночь на 3 ноября, еще пять [70] прибыли к вечеру 3 ноября), пять [71] ушли в 3-ю группу высадки в Тамань, БКА-81 погиб, БКА-121, БКА-132 и БКА-301 стояли неисправные у Чушки, БКА-322 — неисправный в Темрюке, БКА-112 и БКА-134 — неисправные в Сенной, БКА-33 и БКА-424 — на мели в районе Глейки. Уже к 11 ноября остро ощущалась нехватка мореходных буксиров и барж.
В документах ОПА встречаются другие данные, но к ним приходится относиться с осторожностью. Так, по донесению штаба армии в оперуправление Генштаба от 1 декабря названы находящимися в строю на 29 ноября 1 СКА, 2 БКА, 2 ТКА, 3 КАТЩ, 6 РТЩ, 18 тендеров, 10 мотоботов, 1 сейнер, 5 моторных катеров, 3 буксирных катера, 1 пароход, I мотодуб, 4 дуба, 4 баржи, 3 60-тонных, 5 40-тонных и 1 16-тонный паромы, 11 бочечных плотов, а всего 81 единица, «остальные в ремонте и на мели» [72] . Между тем, в период 22 ноября — 3 декабря в перевозках в сутки участвовали максимум 32 единицы (в среднем — гораздо меньше). Очевидно, примерно две трети перечисленных плавсредств простаивали из-за неисправностей, но не числились в ремонте. Одни катера просто еще не успели отправить в перегруженные ремонтные базы, на других личный состав устранял поломки на месте собственными силами.
В документах несколько отличаются между собой и данные об объеме перевозок. Учитывая беспорядок, царивший на переправе и в учете перевозок в первые дни, точные цифры установить невозможно. В «Боевой летописи ВМФ 1943» приведены следующие данные: с 3 ноября по 11 декабря 1943 года Азовская флотилия переправила в Крым 84 235 человек, 3295 лошадей, 702 орудия, 191 миномет, 175 установок PC, 155 танков и САУ, 11 бронетранспортеров, 1016 автомобилей, 155 тракторов, 1170 повозок, 173 передка, 197 полевых кухонь, 10 916 тонн боеприпасов, 5103 тонны продовольствия, более 2160 тонн других грузов. Эти цифры (как и приводимые в документах АВФ), особенно по людям и грузам, кажутся завышенными. В целом, несмотря на трудности, флотилия переправила армию через пролив и обеспечила ее снабжение. Правда, плановые сроки соблюдены не были.
Часть снабжения шла по воздуху. Сброс грузов штурмовиками потребовался, к счастью, только один раз — 6 ноября. После расширения плацдарма были созданы две взлетно-посадочные площадки — у поселка Маяк и между Жуковкой и Опасной. Основной объем перевозок осуществлял 9-й авиаполк ГВФ. Легкие самолеты 2-й, 3-й и 4-й авиаэскадрилий (У-2, У-2с, СП) летали с площадки возле Фонталовской на площадку у Маяка, а Ли-2 — с аэродрома Ахтанизовская на площадку у Жуковки. Кроме того, на полуостров летали 5-я отдельная санэскадрилья (на 1 ноября 14 самолетов — три С-2, четыре С-3, пять С-4 и два Як-6) и эскадрильи связи. На плацдарм доставлялись командированные офицеры и медицинский персонал, медицинское оборудование и медикаменты, консервированная кровь, имущество связи, а также срочно необходимые виды боеприпасов. Обратными рейсами забирались тяжелораненые и командированные. Для использования этих площадок и полетов через пролив были разработаны жесткие инструкции. Благодаря их исполнению в течение операции потерь транспортных самолетов над проливом и на площадках не было, несмотря на большое число полетов [73] .
Морская блокада наших плацдармов была организована следующим образом. Адмирал Черного моря на основании анализа обстановки ежедневно отдавал начальнику морской обороны Кавказа приказ, в котором содержались наряд сил на ночь (БДБ и раумботы), время выхода, районы патрулирования и т. д. 1-й флотилией торпедных катеров Адмирал Черного моря распоряжался напрямую. Командир флотилии получал аналогичный приказ. Кроме того, у командира 1-го авиакорпуса обычно запрашивалось истребительное прикрытие для легких сил, которые выходили из Феодосии и Киик-Атламы засветло, чтобы к ночи успеть в район блокады, и также в светлое время возвращались назад. Но эти просьбы удовлетворялись далеко не всегда.
Из Камыш-Буруна и Керчи баржи выходили с наступлением темноты. Из-за кардинальных отличий в обстановке в северной и южной частях пролива блокадные силы действовали по-разному. Проникнуть на переправу между косой Чушка и Еникальским полуостровом можно было только по узкому фарватеру. Сам пролив между Чушкой и Еникале имел ширину чуть более 4 км. На косе стояли батареи с прожекторами, позднее батареи появились и на западном берегу пролива. В таких условиях дневной прорыв немецких БДБ на переправу исключался. Ночные выходы были возможны, но весьма рискованны. Оставались еще авиация и артиллерия. Но с удалением линии фронта от берега эффективность артогня снижалась, сказывалось и искусственное задымление переправы. Авиация же разрывалась между разными целями, к тому же нужно учесть и большое число нелетных дней. Кроме того, ПВО переправы постепенно усиливалась и ко второй половине ноября превратилась в серьезную проблему для люфтваффе.