В первых числах июля на Ханко прибыла пулеметная рота, которая была передана в распоряжение коменданта СБО.
По мобилизационному плану на Ханко для перевода частей береговой и противовоздушной обороны на штаты военного времени должны были прибыть 1000 человек. Однако прибыли только 300. Перед оставлением Таллина на Ханко привезли 500 эстонцев, в большинстве не говорящих по-русски. Командование базы призвало на военную службу рабочих и специалистов расформированных строительных организаций.
Полное подчинение всех сил и средств базы единому командующему сделало возможным сразу правильно организовать оборону, управление войсками и тесное их тактическое взаимодействие в течение всего периода обороны. Все мероприятия командования в основном были правильны и своевременны.
Были проведены также необходимые мероприятия по эвакуации гражданского населения, подавляющее большинство которого составляли семьи военнослужащих.
22 июня на турбоэлектроходе «Иосиф Сталин» была отправлена первая партия гражданских в составе 2500 человек. Вечером 23 июня в базу прибыла из Таллина плавучая мастерская «Серп и молот» с грузом, а утром 24 июня — транспорт «Соммери». Разгрузив эти суда, на них с полуострова отправили около двух тысяч женщин и детей. Эвакуация производилась также на транспортах «Марс», «Вилсанди», ГИСУ «Сатурн», буксирах ПХ-2 и ПЛ-36. Вместе с гражданским населением на Большую землю был отправлен ненужный для строительства и обороны личный состав расформированного ОСО-3 и прочих мелких строительств.
Однако часть женщин пожелала остаться на Ханко. Они заявили, что будут вместе с краснофлотцами защищать полуостров, который стал для них родным. Женщины ухаживали за ранеными в госпитале, работали на хлебозаводе, заменяли мужчин на складах в порту, варили обеды бойцам и командирам, стирали белье бойцов, набивали пулеметные ленты патронами.
22 июня последние четыре подводные лодки покинули Ханко, уйдя на позиции или в Палдиски. На второй день войны отозвали 81-ю эскадрилью гидросамолетов МБР-2, кроме одного звена. В течение первого месяца войны ушли из базы и последние шесть торпедных катеров бригады капитана 2-го ранга B. C. Черокова. На Ханко остались только береговые базы подплава и бригады торпедных катеров.
Таким образом, на Ханко из кораблей осталось всего 7 катеров «малых охотников», гидрографические суда (ГИСУ) «Волна» и «Веха» и два десятка малых катеров охраны рейда, гидрорайона и сектора БО.
После этого военно-морская база Ханко как таковая перестала существовать и превратилась в обыкновенный гарнизон советских войск со свойственными в таких случаях задачами: не допустить захвата противником полуострова с моря, с суши и с воздуха и огнем дальнобойной артиллерии воспрепятствовать прорыву флота противника в Финский залив, то есть обычные боевые задачи, которые ставятся береговым батареям, защищающим узкости, проливы, острова и подходы с моря к военно-морским базам.
На аэродроме Ханко находилась только 4-я эскадрилья капитана Л. Г. Белоусова, хотя оставался штаб 13-го истребительного авиационного полка и 11-я отдельная авиационно-ремонтная мастерская.
Вечером 24 июня был получен приказ командующего флотом: утром 25 июня прикрыть истребителями Ханко налет большой группы бомбардировщиков ВВС флота на аэродромы Турку. К этому времени на аэродром Ханко сели шесть самолетов И-16 1-й эскадрильи 13-го ИАП под командой капитана М. Т. Леоновича. Эта эскадрилья, так же, как и 4-я, была подчинена командиру базы С. И. Кабанову.
Непосредственное руководство авиагруппой из 22 И-153 и И-16 осуществляли заместитель командира 13-го авиаполка майор А. В. Ильин и начальник штаба полка майор П. Л. Ройтберг.
В июне-июле 1941 г. ощутимую помощь защитникам Ханко оказывала авиация КБФ, базировавшаяся на аэродромах Прибалтики. Группы бомбардировщиков из 15–19 самолетов нанесли несколько ударов по финским батареям и железнодорожному мосту у Таммисари.
25 июня ВМБ Ханко начала боевые действия против Финляндии. В 02.37 было получено оповещение по флоту о начале войны с маннергеймовской Финляндией. Гарнизону Ханко разрешалось действовать по обстановке. Теперь все было ясно. Тотчас это оповещение было передано командирам боевых участков и резерва.
Еще до войны было известно, что на флангах базы финны установили наблюдательные посты. Железобетонная вышка с оптическим дальномером была сооружена на острове Моргонланд. Еще одна вышка стояла на острове Юссаре, восточнее бухты Тверминне. Множество деревянных вышек находились вдоль сухопутной границы и на островах восточнее Ханко. Таким образом, все, что происходило на Ханко и окружающей его акватории, засекалось противником.
Решено было «ослепить» врага. Командир базы приказал коменданту сектора БО открыть 25 июня в 8.00, то есть одновременно с бомбежкой Турку, артиллерийский огонь и уничтожить на островах Моргонланд и Юссаре наблюдательные вышки, с которых финские наблюдатели просматривали и фиксировали не только приход и уход каждого корабля, но и наблюдали за всем, что делается на рейдах и в порту Ханко, а также и на рейде Тверминне. Зенитным батареям участка ПВО и батареям 343-го артиллерийского полка 8-й ОСБ было приказано сбить вышки на сухопутной границе и на соседних островах, с которых контролировался каждый шаг советских войск, на перешейке и далеко за ним.
Около семи часов утра над базой прошли в направлении Турку 40 бомбардировщиков ДБ-3 и СБ 57-го бомбардировочного полка ВВС КБФ. С аэродрома Ханко поднялись две эскадрильи истребителей. Большая часть отправилась сопровождать бомбардировщики, а одно звено И-153 осталось барражировать над городом и портом. Вскоре после прохода бомбардировщиков до Ханко донесся гул бомбежки. В стороне, где находился Турку, поднялись гигантские облака пыли и дыма.
В этот день удар по 19 аэродромам Финляндии и северной Норвегии, на которых фашисты сосредоточили большие силы своей бомбардировочной авиации для налета на Ленинград, наносили одновременно бомбардировщики двух флотов — Балтийского и Северного фронта. Эта операция, в которой посильно участвовали и гангутские истребители, преследовала цель упредить, сорвать подготовленный противником массированный бомбовый удар по Ленинграду. Операцию проводили по приказу Народного комиссара обороны СССР Маршала С. К. Тимошенко. Она достигла успеха — удар по Ленинграду был сорван.
Но этот налет окончательно решил вопрос участия Финляндии в войне. Вечером 25 июня парламент Финляндии единогласно проголосовал за войну против СССР.
Одновременно с бомбежкой батареи базы нанесли запланированный артиллерийский удар. Батарея № 178 капитана В. А. Брагина из 29-го дивизиона с мыса Уддскатан открыла огонь по вышке финнов на острове Моргонланд. После третьего залпа железобетонная вышка была сбита. Одновременно раздался взрыв большой силы; как потом выяснилось, снаряд угодил в склад морских мин. Затем батарея повредила НП на острове Порсэ.
Батарея № 180 капитана Колина 30-го дивизиона на острове Хесте-Бюссе открыла огонь по вышке на острове Юссаре. Вышка рухнула и загорелась. Артиллеристы, видя, что финские солдаты пытаются растащить горящие бревна, усилили огонь и не дали погасить пожар.