Немецкое наступление, хотя и сдерживаемое общими усилиями, но все-таки продолжалось. 16 августа был захвачен Новгород.
23 августа из Северо-Западного выделены два фронта: Карельский и Ленинградский. Командующим Ленинградским фронтом назначен генерал-лейтенант Попов.
24 августа — немцы захватили ст. Чудово, перерезав железнодорожную линию Москва — Ленинград, 25 августа — Любань и Гатчину, 27 августа — Тосно, 30 августа — станцию Мга, выйдя к берегам Невы. 8 сентября немцы захватили Шлиссельбург. Началась блокада Ленинграда.
10 сентября в Ленинград в качестве командующего Ленинградским фронтом прибыл Жуков Г.К. с твердым намерением отстоять город.
В связи с недостаточной пропускной способностью железных дорог (эвакуированные люди и грузы поступали в Ленинград из Прибалтики, Псковщины, Белоруссии, а вывозились только по полутора железнодорожным веткам — двухколейной на Москву и одноколейной на Вологду) к началу блокады в Ленинграде оставался громадный промышленный потенциал. 30 августа 1941 года на железнодорожных путях Ленинградского железнодорожного узла находилось 2200 железнодорожных вагонов, загруженных оборудованием заводов. Когда железнодорожная связь с Большой землей была прервана, все равно продолжалась эвакуация по Ладожскому озеру, а также «внутренняя эвакуация» — перемещение материальных ценностей, запасов сырья и ресурсов внутри города, из угрожаемых районов в более безопасные.
В сентябре, когда немцы вплотную подошли к Ленинграду, не было уверенности в том, что город сумеет устоять. И уже тогда Управление НКВД стало готовить мероприятия, в последующем получившие название «плана „Д“». Это была составная часть советского мобилизационного плана, преследовавшего стратегическую цель — материальные ресурсы нашей страны не должны быть использованы противником для наращивания своего военного потенциала. Согласно известному принципу «Надейся на лучшее, а готовься к худшему», когда замкнулось кольцо блокады и появилась угроза падения Ленинграда, заводы, а также электростанции и прочие системы жизнеобеспечения города начали готовить к уничтожению.
13 сентября в Ленинград прилетел заместитель наркома внутренних дел, бывший недавно наркомом ГБ, В.Н. Меркулов. Он имел мандат Государственного Комитета Обороны № 670 на разработку совместно с членом Военного совета Ленинградского фронта, секретарем горкома ВКП (б) Кузнецовым мероприятий на случай вынужденной сдачи города.
Согласно «плану „Д“», при каждом райкоме ВКП (б) создавались тройки в составе первого секретаря райкома, начальника райотдела НКВД и представителя инженерных частей РККА, назначенного Военным Советом фронта. Эти тройки определяли перечень находившихся на территории района предприятий, подлежащих уничтожению в случае отхода наших войск. На каждом предприятии также создавались тройки. В них входили: директор, секретарь партийного комитета и начальник режимно-секретного отдела.
Эти тройки составляли детальный план спецмероприятий, включавший очередность уничтожения оборудования и запасов, способы уничтожения (подрыв, механическое уничтожение, поджог, затопление и т. д.), поименный список работников, ответственных за выполнение спецмероприятий. В плане указывались необходимое количество взрывчатки, а в случае выведения из строя узлов и агрегатов механическим путем — кувалд и топоров, расчет времени, способы оповещения исполнителей о начале действий.
На УНКВД были возложены функции контроля за выполнением спецмероприятий. С этой целью за всеми предприятиями были закреплены оперативные сотрудники районных отделов.
Общее руководство мероприятиями по плану «Д» и работой районных троек возлагалось на секретаря ГК ВКП(б) Кузнецова и начальника УНКВД ЛO Кубаткина. Распоряжение о приведении плана в исполнение должно было даваться Военным Советом Ленинградского фронта. Стоит ли говорить, какая колоссальная ответственность лежала на нем и какой требовался ювелирный расчет ситуации, чтобы не ошибиться ни в ту, ни в другую сторону: не оставить врагу ленинградские заводы и не взорвать их напрасно. Еще большая ответственность лежала на Меркулове как на контролирующей инстанции — именно он, обладатель мандата ГКО, должен был сказать последнее слово.
Получив распоряжение Военного Совета, непосредственный сигнал секретарям райкомов должен был дать Кузнецов — по телефону или письменно. Параллельно такой же приказ по своей линии отдавал и Кубаткин. Только в случае получения приказа по обеим линиям план подлежал реализации.
Согласно «плану „Д“», следовало подготовить к уничтожению около 380 предприятий, из них к первоочередным было отнесено около 250. План был подготовлен под руководством Кузнецова, тщательно проверен Меркуловым и утвержден Военным Советом Ленинградского фронта 15 сентября 1941 г. Контроль за ходом подготовки к проведению спецмероприятий проводился специальной бригадой НКВД СССР и районными отделами НКВД, которых на тот период насчитывалось 15 (Василеостровский, Володарский, Выборгский, Дзержинский, Кировский, Красногвардейский, Куйбышевский, Ленинский, Московский, Октябрьский, Петроградский, Приморский, Свердловский, Смольнинский, Фрунзенский).
После утверждения плана работа по нему неукоснительно продолжалась, и 23–25 сентября 1941 г. все начальники райотделов УНКВД представили Меркулову специальные сообщения о ходе ее выполнения. Тем не менее он потребовал к 30 сентября дать в письменной форме ответы на ряд вопросов касательно подробностей реализации плана: о степени готовности отдельных мероприятий, в частности, о выделении инструкторов и проведении с ними инструктажей по использованию взрывчатых веществ, о наличии взрывчатки, готовности связных и т. д. Особое внимание уделялось необходимости налаживания взаимодействия с предприятиями энергетического блока, связи и водопровода.
Как всегда в подобного рода случаях, остро стоял вопрос конспирации, а также готовности органов внутренних дел к пресечению любых попыток сопротивления со стороны рабочих и персонала предприятий. Это было связано с работой вражеской пропаганды: немцы в своих листовках призывали население города не допустить уничтожения ленинградских заводов, подчеркивая, что тем самым уничтожаются «средства, необходимые для восстановления вашей родины». В одной из листовок немецкие пропагандисты призывали ленинградцев «собраться с силами и занимать свои фабрики и заводы» и сопротивляться «преступным поджигателям и взрывателям».
В докладных записках начальников райотделов УНКВД указывалось, что подготовку к проведению спецмероприятий удалось в целом провести скрытно от населения, хотя очень маловероятно, что такую масштабную операцию удалось полностью законспирировать. По крайней мере партийный актив и специалисты наверняка о ней не просто догадывались, но и знали.
Материалы немецкой разведки свидетельствуют о том, что и противник был осведомлен о проводившихся в городе мероприятиях, о чем свидетельствуют, например, уже упоминавшиеся листовки. Тем более что речь шла об уничтожении не только важных оборонных и промышленных предприятий, но и соединяющих районы города мостов — эта часть плана обеспечивалась воинскими частями по указанию Военного Совета Ленинградского фронта. Так, в донесении военной разведки штаба 18-й армии о положении в городе в период с 25 сентября по 3 октября 1941 г. говорилось о том, что «предприятия, мосты, а также, по-видимому, водопровод заминированы и подготовлены к взрыву представителями центральных органов». Впрочем, никаких разведданных в данном случае не требовалось: едва ли хотя бы один военный мог сомневаться в том, что в случае оставления города мосты будут взорваны. Кстати, немецкая разведка в 1942 году, направляя своих разведчиков в Ленинград, ставила перед ними задачу выяснить, какие объекты продолжают оставаться заминированными.