Сам А.А.Васильев, после 1917 года прочно обосновавшийся в Висконсинском университете в США и специализировавшийся по истории Византии, не сомневался, как и подавляющее большинство русских и зарубежных исследователей, исключая советских официозных историков и философов, в историчности Иисуса Христа. В примечании к своему переводу хроники Агапия он указал, что данное место восходит к сочинению Иосифа Флавия, однако, похоже, более об этом своем открытии нигде не упоминал. В широкий научный оборот текст Агапия Манбиджского вошел только в 1971 году, когда бельгийский исследователь Ш.Пине, основываясь на васильевской публикации, еще раз сделал вывод о том, что сообщение арабского историка восходит к неискаженной версии «Иудейских древностей». Однако нельзя исключить, что с открытием Васильева по роду своей специальности были знакомы профессора Киевской Духовной академии, сохранявшие связи с семьей Булгаковых и после смерти отца писателя, А.И.Булгакова. Возможно, от них и сам автор «Мастера и Маргариты» узнал о подтверждении подлинности сообщения Иосифа Флавия об Иисусе и специально заставил Берлиоза исказить содержание «Иудейских древностей». Показательно, что Булгаков ничего не говорит о том, что слова об Иисусе — позднейшая вставка редакторов-христиан. Вероятно, писатель был уверен в неосновательности такого предположения и вынудил Берлиоза сказать заведомую неправду об отсутствии у Иосифа Флавия каких-либо упоминаний о Христе.
Примечательно, что в книге английского историка и богослова, англиканского епископа Фредерика В.Фаррара «Жизнь Иисуса Христа» был полностью приведен вызывавший спор текст Иосифа Флавия, причем, что интересно, все сомнительные места, и как раз те, которые читались иначе или отсутствовали в обнаруженной А.А.Васильевым хронике Агапия Манбиджского, были заключены в скобки: «Вот это знаменитое место (Древн. XVII, 3, 3): „В то время был Иисус, мудрый человек (если только позволительно его называть человеком), ибо Он был совершитель чудесных дел (учитель людей, с удовольствием приемлющих истину) и привлек к себе многих как из иудеев, так и из эллинов. (Он был Христос.) И когда Пилат, по настоянию вождей наших, осудил Его на крест, те, которые прежде любили Его, не оставили Его. (Ибо Он явился им на третий день опять живым, как и божественные пророчества изрекли о Нем касательно этого и множества других чудесных дел.) Поколение христиан, так названных по нему, не исчезло еще и теперь“».
Фаррар, весьма критически и неприязненно относившийся к Флавию из-за его иудейства и распущенного, по христианским меркам, образа жизни, считал и то место «Иудейских древностей» (Древн. XX, 9, 1), где говорится об Иакове, «брате Иисуса, называемого Христом», «также сомнительной подлинности» (поскольку правоверный иудей не мог назвать Иисуса Христом). Интересно, что в русском переводе фарраровской «Жизни Иисуса Христа», выполненном в 1904 году М.П.Фивейским и вышедшем как приложение к журналу «Русский паломник», редакция купировала несколько десятков строк, «с которыми не может мириться чувство православного христианина», в том числе и обширную цитату из «Иудейских древностей» Флавия. Осталось лишь указание на вероятную подложность этого свидетельства, которое в лучшем случае «представляет вставку в текст его книги», а также утверждение Фаррара о том, что со стороны автора «Иудейских древностей» «молчание о таком явлении, как христианство, не только было намеренным, но и недобросовестным». Именно из перевода М.П.Фивейского сохранились многочисленные выписки в булгаковском архиве. Однако писатель наверняка был знаком и с опубликованным в 1893 году переводом А.П.Лопухина, так как с приведенной там цитатой из Флавия есть отчетливые параллели как в словах Воланда о Банге, разделяющем с Понтием Пилатом наказание бессмертием («…Тот, кто любит, должен разделять участь того, кого он любит»), так и в последнем обращении Маргариты к Мастеру («Я знаю, что вечером к тебе придут те, кого ты любишь…»). Воланд выполняет просьбу Иешуа Га-Ноцри взять вместе с Мастером в последний приют «ту, которая любила и страдала из-за него».
Берлиоз утверждает, что «то место в пятнадцатой книге, в главе 44-й знаменитых Тацитовых „Анналов“, где говорится о казни Иисуса, — есть не что иное, как позднейшая вставка». Здесь в изложении аргументов сторонников мифологической школы председатель МАССОЛИТа точен, однако сама эта аргументация автора «Мастера и Маргариты» отнюдь не убедила. Писатель также изучил вопрос о подлинности сообщения римского историка Тацита. В связи с пожаром Рима в 64 году в царствование императора Нерона, который, чтобы отвести от себя подозрения в поджоге, обвинил во всем христиан, автор «Анналов» указал, что основатель учения по имени Христ был казнен в царствование Тиберия правителем Иудеи Понтием Пилатом. В булгаковском архиве сохранилась выписка латинского текста сообщения Тацита (возможно, из статьи «Пилат» словаря Брокгауза и Ефрона) и его французского перевода из принадлежавшего писателю издания «Анналов».
Четверичный же архетип у Булгакова связан с фигурой Иешуа. Его распинают не на кресте, как гласила евангельская традиция, а на столбе с перекладиной. Писатель учел сообщения источников, что именно такой способ распятия практиковался в Древнем Риме. Поэтому собственно крест образует само тело Га-Ноцри, которому, в сущности, и поклоняются верующие, когда возносят крестное знамение. Булгаков почувствовал и учел глубинную связь четверичного архетипа с человеческим телом.
Булгаковский Мастер свою свободную творческую волю реализует в романе о Понтии Пилате. Для спасения творца гениального произведения Воланду приходится развести личность и характер: сначала отравить Мастера и Маргариту, с тем чтобы, отделив их бессмертные, субстанциональные сущности, поместить эти сущности в последний приют. Также члены свиты сатаны — это как бы материализовавшиеся злые воли людей, и не случайно они провоцируют современных персонажей романа на выявление дурных черт характера, мешающих освобождению и спасению личности. В «Мастере и Маргарите», по всей вероятности, отразилась и цветовая символика, принятая в католической церкви и приведенная в «Столпе и утверждении истины». Здесь белый цвет «знаменует невинность, радость и простоту», голубой — небесное созерцание, красный «провозглашает любовь, страдание, могущество, справедливость», кристаллически-прозрачный олицетворяет беспорочную чистоту, зеленый — надежду, нетленную юность, а также созерцательную жизнь, желтый «означает испытание страданием», серый — смирение, золотой — небесную славу, черный — скорбь, смерть или покой, фиолетовый — молчание, а пурпурный символизирует королевский или епископский сан.
Нетрудно убедиться, что у Булгакова цвета имеют сходные значения. Например, Иешуа Га-Ноцри одет в голубой хитон, а на голове у него белая повязка. Такой наряд подчеркивает невинность и простодушие героя, равно как и его сопричастность миру неба, Коровьев-Фагот в последнем полете превращается в молчаливого фиолетового рыцаря. Записанные Левием Матвеем слова Иешуа о том, что «человечество будет смотреть на солнце сквозь прозрачный кристалл», выражают идею беспорочной чистоты, а серый больничный халат Мастера символизирует покорность героя судьбе. Золото ершалаимского храма олицетворяет небесную славу. Багряная мантия, в которую как бы наряжают Маргариту перед Великим балом у сатаны, купая в крови, — это символ ее королевского сана на этом балу. Красный цвет в «Мастере и Маргарите» напоминает о страдании и невинно пролитой крови, как, например, кровавый подбой на плаще у Понтия Пилата.