Сфатул цэрий 2(15) декабря 1917 года провозгласил образование Молдавской Демократической Республики. Было создано правительство — Совет генеральных директоров во главе с Пантелемоном Ерханом. Оно было признано Советом народных комиссаров в Петрограде.
Между тем в ночь на 5(18) декабря войска, верные Центральной раде, по приказу Щербачева заняли все штабы корпусов, дивизий и полков, а затем вместе с румынами приступили к разоружению тех полков, где было сильно большевистское влияние. Был убит большевистский комиссар Румынского фронта С. Г. Рошаль. Разоруженных солдат отправляли за Днестр на территорию Украины. С согласия Щербачева румынские войска заняли основные стратегические пункты Бессарабии для поддержания порядка и спокойствия в тылу Румынского фронта. А 10/23 января 1918 года Совет генеральных директоров от имени Сфатул цэрий призвал в Бессарабию румынские войска «для борьбы с анархией». В тот же день советское правительство разорвало дипломатические отношения с Румынией, секвестировало румынский золотой запас и арестовало членов румынской дипмиссии. Начались боевые действия между румынскими войсками и теми русскими войсками Румынского фронта, которые признали советскую власть.
В Одессе 12/25 декабря 1917 года был созван второй съезд Румчерода, на котором он перешел под контроль большевиков. Однако его влияние распространялось только на русские части, молдавские и украинские части ему не подчинялись. Фронтовой отдел Румчерода, руководивший военной работой, расположился в Кишиневе, в здании гимназии имени Дадиани, по Киевской улице. Котовскому довелось там частенько бывать.
Расскажем здесь кратко, чем закончилась история Сфатул цэрий. 12/25 января Центральная рада провозгласила полную независимость Украинской Народной Республики. 24 января (6 февраля) 1918 года вслед за Центральной радой Сфатул цэрий единогласно принял декларацию о независимости Молдавской Демократической Республики, а 27 марта (9 апреля) 1918 года 86 голосами «за» при 3 «против» и 36 воздержавшихся был принял акт о присоединении Бессарабии к Румынии на правах автономии. Там говорилось, что «Молдавская Демократическая Республика (Бессарабия) в своих исторических границах между Прутом, Днестром, Дунаем, Черным морем, старой австрийской границей объединяется с Румынией». Одновременно в Бессарабии была принята более радикальная аграрная реформа, чем в остальной Румынии. 9/22 апреля решение об объединении было ратифицировано декретом короля и правительства Румынии в Яссах.
Двадцать шестого ноября (9 декабря) 1918 года, после присоединения Трансильвании к Румынии, под давлением румынских властей Сфатул цэрий отказался от автономии, согласившись на безусловное присоединение Бессарабии к Румынии. На Бессарабию формально была распространена менее радикальная румынская аграрная реформа, но на практике в Бессарабии она все равно была осуществлена более радикально, чем в старой Румынии. Крупное помещичье землевладение было ликвидировано, и фактически помещики компенсации за отчужденные у них земли не получили. Предел землевладения был установлен в 150 гектаров на хозяйство. Аграрная реформа в Бессарабии начала осуществляться в марте 1920 года, тогда как в Старом королевстве и в Трансильвании — только в июле 1921 года. Бессарабия также отказалась от особого административного устройства и от властных полномочий Сфатул цэрий. Отметим также, что в апреле 1919 года в Бессарабии и в Старом королевстве был введен григорианский календарь (новый стиль), после чего все события в Бессарабии как в советских, так и в румынских документах датируются только по новому стилю.
А что же происходило с нашим героем, пока его родная земля меняла государственную принадлежность? 26 ноября 1917 года в Галаце Котовский, по его утверждению, был делегатом 2-го съезда Советов и комитетов 6-й армии. К началу съезда от эсеров был 341 делегат, от меньшевиков — 78, а от большевиков — 231. Однако в ходе съезда левые эсеры и часть меньшевиков поддержали большевиков, у которых в результате оказалось большинство.
На съезде Котовского, как он уверял, избрали членом армейского комитета. Однако присутствовавший на этом съезде в качестве делегата от 458-го Суджанского пехотного полка Г. П. Софронов, избранный в президиум армейского комитета 6-й армии, об этом даже не упоминает, хотя в его мемуарах Григорий Иванович фигурирует. А учитывая колоритную внешность Котовского, его трудно было не запомнить.
И еще одна характерная деталь. В 1924 году Котовский, ходатайствуя о восстановлении ему партстажа с 25 ноября 1917 года, писал: «Официально числясь членом РКП с апреля 1920 года, я фактически примкнул к партии и являюсь ее активным членом с 25 ноября 1917 года, когда на съезде 6 армии Румфронта выделилась фракция большевиков, в которой я состоял. Ежедневное пребывание в условиях ежедневных боев не дало возможности официально себя зарегистрировать в партийной организации до 1920 года.
Сейчас возбуждаю ходатайство через ЦК о восстановлении стажа с 25 ноября 1917 года. Могу по первому требованию указать ответственных товарищей, могущих подтвердить настоящее заявление». Однако в восстановлении партстажа ему было отказано, что косвенно свидетельствует о том, что в армейский комитет 6-й армии он не избирался и в тамошней фракции большевиков не состоял.
В дни съезда комитетов 6-й армии по городам Бессарабии прокатились еврейские погромы. Член армейского комитета 6-й армии Л. С. Дегтярев, который председательствовал на съезде комитетов этой армии в Галаце, а позже стал ее командующим, вспоминал, что Котовский прибыл в Болград в самый разгар еврейского погрома. Поручик из штаба армии, пытавшийся остановить погром, был убит. Кто-то вывел отряд солдат, но они отказались стрелять в народ и сами бросились грабить. Вдруг появился Котовский на грузовике с группой в семь человек.
— Остановись! — скомандовал он. — Товарищи! Слушай мою команду!
— А ты кто такой выискался? — ехидно спросил кто-то.
— Я — Котовский! Именем армейского комитета приказываю немедленно разойтись!
В ответ прозвучало несколько выстрелов.
— Пальба взводом! Взвод… — скомандовал Котовский. Щелкнули затворы. Толпа притихла, но залпа не последовало. Громким голосом Котовский приказал:
— Вот этого арестовать и этого. Остальным немедленно разойтись!
И люди покорились Котовскому и мирно разошлись.
Советская власть была установлена в Кишиневе 1/14 января 1918 года. Однако продержалась она недолго. 13/26 января в Кишинев вошли румынские войска. В отличие от русских они не разложились, и русским частям Румынского фронта трудно было им противостоять. Русские солдаты в массе своей хотели разойтись по домам. Большинству же румынских солдат идти было некуда, так как почти вся территория Румынии, за исключением Северной Молдовы, была оккупирована войсками Центральных держав. Обороняли Бессарабию в основном те части, где было много уроженцев Бессарабии из нерумынского населения — украинцев, русских, евреев, болгар.
Котовский по поручению военной секции эвакуировавшегося из города Кишиневского совета начал формировать добровольческий отряд, ставший частью большого Тираспольского отряда. Ему несколько раз приходилось усмирять еврейские погромы.