Перед полётом дирижабль «Граф Цеппелин» довольно основательно модифицировали в Ленинграде, чтобы подготовить его к работе в условиях Арктики. С дирижабля сняли часть оборудования, но зато для возможности его посадки на воду дно гондолы сделали водонепроницаемым и установили дополнительные поплавки, как на гидросамолётах. Кроме того, добавили научную аппаратуру и фотоаппараты для перспективной и вертикальной аэрофотосъёмки и установили дополнительное радионавигационное оборудование, без которого в то время в арктических условиях просто нечего было делать.
Наконец, все работы завершились и «Граф Цеппелин» взял курс через Баренцево море к Земле Франца-Иосифа, где в бухте Тихой прибытия дирижабля уже ожидал ледокол «Малыгин» для обмена почтой — тогда это служило самым надёжным способом связи в бескрайних арктических просторах. Путь от Ленинграда до Земли Франца-Иосифа занял у дирижабля около полутора суток. В бухте Тихая он совершил посадку на воду на очень короткое время. Потом вновь поднялся и продолжил полёт по заранее обусловленному маршруту: на всякий случай советские власти и органы госбезопасности твёрдо настаивали на жёстком соблюдении заранее согласованного и проложенного маршрута.
Позднее профессор Самойлович, говорил и писал, что почти за пять суток полёта на дирижабле «Граф Цеппелин» удалось проделать такую научную работу и добиться таких результатов, на получение которых в обычных условиях потребовалось бы проводить экспедиции на ледоколах в течение нескольких лет.
Внизу, под дирижаблем, лежали покрытые нетающим снегом совершенно неизученные районы Арктики, и члены экспедиции непрерывно вели аэрофотосъёмку побережья, аэрологические и метеорологические наблюдения, делали замеры геомагнитных аномалий, что очень важно для навигации, изучали закономерности перемещения льдов. На карту наносились заброшенные в безлюдных просторах ранее совершенно неизвестные острова. По завершении экспедиции без каких-либо происшествий дирижабль прибыл в Берлин.
Тогда существовало «Международное общество по исследованию Арктики». От имени этой международной организации немцы вскоре опубликовали научный отчёт о воздушной экспедиции, богато иллюстрировав его множеством фотоснимков. В стране социализма результаты исследований совместной с немцами научной экспедиции в Арктику практически не освещались ни в широкой печати, ни в научных публикациях.
Теперь трудно неопровержимо доказать, что затеянная Эккенером экспедиция совершенно не являлась сугубо научной и не была инспирирована немецким Генеральным штабом. Однако с большой долей вероятности можно предположить, что среди прибывших в Ленинград из Берлина сорока с лишним членов экипажа дирижабля «Граф Цеппелин» наверняка находились сугубо военные специалисты и разведчики, крайне заинтересованные в получении сведений об арктических территориях СССР. Это подтверждается тем, что германский Генеральный штаб, военно-морские силы и, в частности, адмирал Карл Дёниц, в 1939 году назначенный командующим подводным флотом Германии, не преминули воспользоваться результатами немецко-советской арктической «научной» экспедиции при разработке планов военных операций на северных коммуникациях.
Здесь необходимо отдать должное советской разведке — пусть не во всех подробностях, однако о разработках Генерального штаба вермахта и военно-морских сил Германии, а также об источниках их сведений стало известно Центру. Помешать немцам уже не оставалось никакой возможности, и за «экспедицию» перед чекистами ответил профессор Самойлович: его репрессировали как шпиона немцев и «врага народа».
Тем временем адмирал Дёниц разработал оригинальную, смелую и подробную доктрину действий подводного флота в северных морях. Надо отметить, что среди высших офицеров военно-морского флота Германии Карл Дёниц являлся единственным убеждённым национал-социалистом, верным фюреру до фанатизма и пользовавшимся его полным доверием: не зря в 1945 году, перед гибелью, Гитлер назначил своим преемником именно гросс-адмирала Карла Дёница.
Ещё адмирал неутомимо наращивал подводный флот. В 1935 году Германия имела только одиннадцать небольших подводных лодок, и сторонники «большого» надводного флота с определённой долей презрения и недоверия относились к субмаринам. Но упрямый Дёниц видел в них великое будущее и, как показало время, оказался полностью прав. Он доложил лично Адольфу Гитлеру о своих доктринах и получил его одобрение и деньги. К началу Второй мировой Германия имела в строю уже пятьдесят семь прекрасно вооружённых субмарин, а за годы войны немцы сумели построить тысячу сто пятьдесят три подводные лодки, потопившие три тысячи судов союзников и двести боевых кораблей.
По настоянию Дёница строились специальные подлодки для войны в условиях Арктики и плавания в северных морях вблизи берега — там есть свои специфические особенности навигации. Вполне естественно, эти лодки нуждались в специальных надёжных базах для дозаправки топливом, отдыха экипажей, ремонта ходовой части и корпуса, а также пополнения боезапаса и обеспечения устойчивой связи с командованием и обмена почтой. В конце концов, даже при значительном — более восьми тысяч миль! — радиусе действия немецких субмарин, они всё равно не могли находиться в плавании бесконечно.
Дёниц выдвинул крайне смелую идею, основанную на результатах «научной» экспедиции Эккенера-Самойловича в Арктику: создать секретные базы для немецких подлодок на пустынных островах в устьях рек советской северной территории. В то время она была практически необитаема и граница государства там фактически не охранялась — от кого охранять огромные, покрытые вечным льдом безлюдные пространства, страшно далёкие от других держав?
Дерзкая идея адмирала стала весьма актуальной, когда в Мурманск пошли конвои союзников, а перед гитлеровцами встала задача во что бы то ни стало перерезать эту артерию, снабжавшую воюющую Россию военной техникой, продовольствием и стратегическими материалами. Конвои подвергались постоянным воздушным атакам, их караулили немецкие рейдеры и… прятавшиеся на секретных арктических базах субмарины, ставившие пытавшихся уничтожить их морских охотников в тупик. Подводные лодки исчезали, и никто не мог тогда понять — куда?
Адмиралы Дёниц и Редер полностью уверились, что секретные базы подлодок не будут обнаружены советской авиацией и моряками, а от разведки противника их должен надёжно прикрыть абвер. Строительство необходимых сооружений, — зарытых в лёд или даже в вечную мерзлоту, — осуществляло ведомство Тодта. В 1942 году Дёниц перенёс свой штаб в Париж и оттуда руководил работами в Арктике. Понятно, что одной суперсекретной базой немецкие подводники обойтись не могли, требовалось несколько таких объектов, которые в случае внезапного обнаружения и уничтожения одного или нескольких из них могли дублировать друг друга. Строители доставлялись на место работ на подводных лодках, как и необходимые для обустройства объектов материалы. А достаточный опыт стройки в снегах и льдах у немцев уже имелся — в период Первой мировой войны немецкие, итальянские и австрийские войска вели войну во льдах в Альпах, строя в ледниках тоннели, бункеры и прорубая длинные ходы-галереи.
Обнаружение таких секретных баз подлодок действительно являлось делом очень сложным — в Третьем рейхе умели надёжно хранить свои сокровенные тайны, а в военный период советские самолёты над отдалёнными районами Арктики практически не летали. Горючее было в дефиците, всё шло для фронта и для победы, да и чего делать самолётам там, где не проходили судоходные трассы и не стояло никакого жилья?