К вечеру Римскому-Корсакову приходилось подумывать уже об отступлении с минимальными потерями. От Готце вернулись посланные ранее к нему Римским-Корсаковым русские батальоны, а вместе с ними — и войска Бахмана, отряженные Готце в помощь русским. Французы отступили с гор, оставаясь на правом берегу Лимата. Массена направил к Римскому-Корсакову парламентёров с предложением капитулировать, которое русский генерал с жаром отверг. Римский-Корсаков получает известие о поражении австрийцев при Линте и собирает военный совет. Генерал-лейтенант барон Остен-Сакен, не уступавший Корсакову ни в звании, ни возрастом, предложил держаться до прибытия войск Суворова, который, как это было известно в Цюрихе, пробивался через Сен-Готард. Но командующий Корсаков принял решение оставить Цюрих и двигаться к берегам Рейна, сохраняя возможности маневрировать против Массены.
Ранним утром 15 сентября русские войска атаковали позиции французов на правом берегу Лимата. Им удалось оттеснить непрятеля, расчистив дорогу на Винтертур и Эглизау. Массена тем временем перестраивал свои войска для занятия Цюриха. Его войска были разобщены, и следовало опасаться прорыва главных сил Римского-Корсакова. До полудня шёл бой русских частей с войсками Удино. Римский-Корсаков начал общее отступление армии, которая ещё не была раздроблена новым наступлением французов. Отступление фланговым маршем на глазах у неприятеля было мероприятием рискованным до самонадеянности. Во главе колонн отступающего корпуса шла пехота, за ней — кавалерия, а замыкали движение обозы. Артиллерия (не менее ста орудий, по оценке Клаузевица, 60 — по оценке Милютина) двигалась параллельной колонной, прикрывая пехоту и кавалерию от настойчивых атак противника. Многие указывали на оплошность Римского-Корсакова: приняв решение об отступлении, он не отослал обоз рано утром, чем значительно облегчил задачу атакующих французов… Пожалуй, это можно объяснить только сомнениями генерал-лейтенанта, который не исключал возможности переменить решение и в случае удачного исхода сражений остаться в Цюрихе. Артиллерию, которая прикрывала отход войск, Римский-Корсаков отдал в жертву противнику, заслужив язвительный комментарий Клаузевица: «Армия, теряющая всю свою артиллерию, тем самым как бы бросает знамёна своей части в растоптанную грязь по дороге своего бегства». Будущий граф Милютин уточняет Карла фон Клаузевица: была потеряна не вся артиллерия, а 26 орудий из 60 также весь зарядный ящик, весь обоз и палатки. В любом случае приходится признать, что атаки французов весьма эффективно перерезали колонны отступавших: врезавшись в колонны, они сделали невозможным продвижение артиллерии и обозов.
Когда Римский-Корсаков с основными силами уже отступал через Бюллах на Эглиазау, французы ворвались в Цюрих. Это случилось после часа пополудни. В городе оставалось до 600 человек русских солдат — караульных и отставших. Они приняли бой — и все были перебиты либо пленены. Не менее восьми тысяч человек убитыми и ранеными потерял под Цюрихом Римский-Корсаков. Современный исследователь интересно рассказал о семи потерянных под Цюрихом знамёнах, за которые русские герои дрались не щадя живота своего: «Мушкетерские Генерал-лейтенанта Пржебышевского (Курский) и Генерал-майора Измайлова (Шлиссельбургский) полки потеряли по 1 ротному (цветному) знамени обр. 1797 г., мушкетерский Генерал-Майора Тучкова 1-го (Севский) — 2, а мушкетерский Генерал-майора Маркова 1-го (Муромский) — 1 полковое (белое) и 2 ротных (цветных) знамени обр. 1797 г. 14-го числа 1-я мушкетерская рота Муромского полка с белым полковым знаменем тщетно пыталась пробиться сквозь неприятельские ряды. Один знаменщик был убит, его сменил унтер-офицер Деликамов, но и он, тяжело раненный, вскоре свалился без чувств; знамя взял прапорщик Тихановский 1-й, который также был ранен в голову, и передал полковую святыню рядовому Емельянову; последнему удалось незаметно скрыться со знаменем в соседний лес. В пути на него, безоружного, напал французский солдат, но в то время, как враг уже занес над мушкетером штык, Емельянов ударил его древком по голове с такой силой, что француз свалился замертво. Оторвав от древка полотнище и спрятав его на груди под кафтаном, Емельянов отправился разыскивать своих, но, не зная местности и языка, он около двух недель бродил по лесам и полям, питаясь овощами и кореньями, пока не попал в руки французского патруля. Отправленный военнопленным во Францию, Емельянов более года хранил знамя у себя на груди, затем в 1801 г., по освобождении из плена, представил знамя в полк. За этот подвиг он был произведен в прапорщики. Остальные два знамени попали в плен. На следующий день знамёна потеряли прочие полки. Известны имена французских солдат, взявших в плен русские знамена: лейтенант Жан-Ноэль Кошеле из 102-й линейной полубригады и марешаль де ложи Анри Стеффен из 17-го драгунского полка».
Рядом с позором и трагедией живут и подвиги. Массена в реляции указывал, что русские в этом сражении проявили изумительную стойкость. По свидетельству Петрушевского, офицеры говаривали тогда, что «их побил не неприятель, а собственный генерал». Мужественный генерал-лейтенант Остен-Сакен с пулевым ранением в голову попал в плен, но разве можно бросить камень в генерала за такое пленение? Полковник Павел Энгельгардт прорвался со своим полком из окружения и, один из немногих, заслужил за Цюрих награду — очередной чин генерал-майора. С оставшимися десятью тысячами войск Римскому-Корсакову удалось отступить, с боями пробиваясь сквозь французские войска, и занять новые позиции у Шафгаузена. Контролировать его дальнейшие действия Массена поручил корпусу Удино, а сам с дивизиями Мортьё и Клейна (мало потрёпанными в боях при Цюрихе) двинулся навстречу Суворову.
Против утомлённой боями и переходами суворовской армии французы бросили несколько формирований: в Альтдорфе стояла усиленная свежими силами дивизия Лекурба, в Клентале, на пути к Гларису — бригада Молитора. У Швица выход из долины преграждала дивизия Мортьё, которую удалось быстро привести в порядок после действий под Цюрихом.
Донесение генерала Линкена о поражениях союзных войск Суворов получил 18 сентября. Самые пессимистические сведения, поступавшие от местных обывателей, подтвердились, а слухи о победе генерала Линкена развеялись как дым перегорелого костра. Линкена бодро теснили войска Молитора. На военном совете Суворов был как никогда резок, открыто назвав австрийскую политику предательской. Роковой и злонамеренной оплошностью Вены Суворов считал пятидневную задержку войск в Таверне. Именно эта задержка помешала Суворову вовремя прибыть к Швицу и выручить Римского-Корсакова.
Суворов изначально опасался, что его блестящий план наступательной операции в Швейцарии не будет реализован из-за австрийских перестраховщиков. Но к такому удару он вряд ли был готов. Армия Суворова оставалась непобедимой, но обстоятельства не давали ей завершить кампанию решительной и полной победой. Теперь Суворов был убеждён, что у Швица Массена встретит его армию превосходящими силами, и это предположение оказалось верным.
Речь Суворова на том военном совете была записана «старым воином» Я.М. Старковым со слов генерала Багратиона. Это уникальный, хотя и не вполне достоверный источник. Вполне вероятно, что Суворов говорил в тот вечер что-то подобное: «Корсаков разбит и прогнан за Цюрих! Готц пропал без вести, и корпус его рассеян. Прочие австрийские войска… шедшие для соединения с нами, опрокинуты от Глариса и прогнаны. Итак, весь операционный план для изгнания французов из Швейцарии исчез!.. Теперь идти нам вперёд на Швиц невозможно. У Массены свыше 60 тысяч, а у нас нет полных и 20-ти. Идти назад стыд! Это значило бы отступать, а русские и я никогда не отступали!.. Мы окружены горами; мы в горах! У нас осталось мало сухарей на пищу; а менее того боевых артиллерийских зарядов и ружейных патронов. Мы будем окружены врагом сильным, возгордившимся победою… победою, устроенной коварною изменою!.. Помощи теперь нам ожидать не от кого; одна надежда на Бога, другая — на величайшую храбрость и величайшее самоотвержение войск, вами предводимых. Это одно остаётся нам. Нам предстоят труды величайшие, небывалые в мире! Мы на краю пропасти!.. Но мы русские!» [7] . Эти слова трудно позабыть. Они сохранились в легендах.