В 2000–2004 годах Бежуашвили занимал пост заместителя министра обороны Грузии, а с февраля 2004 года по июнь того же года — министра обороны. В июне 2004 года стал секретарем Совета национальной безопасности. 19 октября 2005 года Бежуашвили был назначен министром иностранных дел Грузии. При этом дополнительно к чину действительного государственного советника получил дипломатический ранг чрезвычайного и полномочного посла. По данным СМИ, Бежуашвили стал главой МИД во многом потому, что являлся близким другом президента Грузии Михаила Саакашвили, готовым во всем поддержать его внешнеполитическую линию и не склонным проявлять самостоятельность.
25 июля 2006 года Бежуашвили, в связи с заявлением бывшего полпреда президента Грузии в Кодорском ущелье Эмзара Квициани о неподчинении центральным властям, сообщил журналистам, что в Кодори будет проведена полицейская операция. При этом Бежуашвили особо подчеркнул, что операция будет именно полицейская, а не военная. Кроме того, он сообщил, что Тбилиси категорически исключает возможность проведение любой — полицейской или военной — операции на территории Абхазии.
24 января 2008 года исполняющий обязанности премьер-министра Грузии Владимир Гургенидзе представил новый состав правительства. Бежуашвили в состав правительства не вошел, заявив о намерении уйти в частный бизнес. Вместо него внешнеполитическое ведомство возглавил экс-госминистр по урегулированию конфликтов Давид Бакрадзе. СМИ отмечали неожиданность этой замены.
По некоторым данным, Бежуашвили на пост руководителя грузинской разведки лоббировали американцы. Перед ним была поставлена задача коренным образом и в кратчайшие сроки реформировать эту организацию, по существу приспособив ее к требованиям и задачам ЦРУ. По мнению западных экспертов, советникам из Лэнгли в достаточной степени удалось сконцентрировать усилия грузинских «рыцарей плаща и кинжала» на разработке первоочередных объектов их разведывательного интереса. Речь идет о мятежных автономиях — Абхазии и Южной Осетии, а также южных районах России. Прежде всего, естественно, уделяется внимание размещенным там элементам военной инфраструктуры, энергетическим и транспортным коммуникациям.
Разведчики США активно работают в Грузии с момента развала Советского Союза. Ибо уже тогда Вашингтон задался целью застолбить на Кавказе свои военно-стратегические и экономические позиции, до предела минимизировать, а лучше и вовсе свести к нулю роль и влияние России в этом регионе. Именно США формируют и обучают по натовским образцам вооруженные силы Грузии, направляют наемников и инструкторов, оплачивают поставки современной боевой техники и оружия. Финансовые расходы на силовые ведомства страны со времени захвата власти группировкой Саакашвили растут самыми высокими темпами в мире. При этом немалая часть денежных средств тратится на развитие и укрепление спецслужб, осуществление диверсионных операций. Теперь американцы не просто «работают» в республике — они стали ее теневыми «начальниками»: ведь без их санкции или молчаливого одобрения «розовое» руководство не отважилось бы на военную авантюру в Южной Осетии.
* * *
Кроме внешней разведки в Грузии существует еще Департамент разведки (J-2), Департамент военной разведки и Департамент военной полиции. Департамент разведки является высшим органом военно-стратегической разведки. Он занят преимущественно сбором, анализом и предоставлением в высшие инстанции информации о военном потенциале, дислокации и вооружении Абхазии, Южной Осетии и Российской армии.
До последнего времени департамент разведки возглавлял майор Ираклий Курасбедиани. Человек с большим опытом работы именно по российско-абхазскому направлению: пару лет назад, еще служа в контрразведке, он задерживал российских миротворцев якобы за контрабанду в Зугдиди, а позднее выступил уже в должности начальника криминальной полиции «Верхней Абхазии» (так Саакашвили переименовал верхнее Кодорское ущелье), участвуя в вытеснении отрядов Квициани.
Основные задачи военной разведки заключаются в определение потребности высшего военно-политического руководства страны в информации по тем или иным странам; осуществление руководства над деятельностью разведслужб видов вооруженных сил; анализ и обобщение информации, поступающей от разведслужб видов вооруженных сил; осуществление руководства над деятельностью военных атташе за рубежом; поддержание связи и обмена информацией с разведслужбами США (ЦРУ, РУМО, АНБ, Разведка Госдепа) и НАТО.
В Грузии действительно созданы и натренированы серьезные диверсионные подразделения: прежде всего Коджорская бригада специального назначения. Реально существующий и наиболее боеспособный спецназ. Обладает быстрой скоростью развертывания. В основном из его личного состава и формируются диверсионные группы у Цхинвала. Отдельные подразделения бригады проходили службу и в Верхнем Кодорском ущелье, так что грузинский спецназ имеет опыт работы и по абхазскому направлению.
Личный состав бригады в полном составе прошел «обкатку» в Ираке, а также побывал в зоне грузино-осетинского конфликта в качестве «миротворцев», реально занимался рекогносцировкой будущего театра военных действий. Кроме этого личный состав бригады активно привлекается для проведения спецоперации на территории Южной Осетии и приграничных территориях: они проникают на приграничные территории и ведут активную разведку расположения (позиций): артиллерии, огневых средств, состав сил и средств, характера инженерных сооружений, коммуникаций расположенных вдоль границы. Кроме этого, подразделения коджорской бригады также занимаются минированием дорог в зоне конфликта и проводят острые акции (провокации), такие, как нападения на посты правоохранительных органов РЮО (своеобразная разведка боем или прощупывание обороны осетин), обстрелы Цхинвала, осетинских сел и постов правоохранительных органов РЮО, засады на сотрудников правоохранительных органов РЮО, похищения людей. Также есть основания полагать, что они причастны к убийству секретаря Совбеза РЮО Олега Алборова и покушению на депутата парламента Южной Осетии, командира роты горного спецназа МО РЮО майора Бала Бестаева.
В новом министерстве обороны Грузии очень много выходцев из пропрезидентского МВД, зато оттуда ушли люди, учившиеся и служившие в бывшем СССР и республиках СНГ. Подтверждением этой тенденции является и замена военных в генеральном штабе выходцами из МВД. Саакашвили не очень верит в преданность бывших советских офицеров.
* * *
Система органов государственной безопасности любого современного государства представляет собой продукт его истории и определенный этап в его развитии. Она призвана защищать установленный порядок от действий враждебных сил. В Грузии придают большое значение службам разведки и контрразведки. Поскольку это два важных элемента системы национальной безопасности. И грузинское руководство возлагает на них большие надежды в борьбе с внешним и внутренним врагом. Бремя секретности пока скрывает действия грузинских спецслужб, которые, тем не менее, очень разнообразны: шпионаж, политические убийства, диверсии. В общем, все то, что руководство Грузии предпочитает осуществлять в тайне, а не на виду у общества. Все грузинские президенты принимали программы секретных операций, направленные на оказания тайного влияния на ход событий. Все старались сохранить возможность их использования. Никто из них не поставил под сомнение правильность и полезность этого инструмента во внешней и внутренней политике.