Первые попытки перетянуть на свою сторону спецслужбы СНГ начались только в 1995 году. Так, 31 мая 1995 года в Тбилиси был подписан договор о сотрудничестве между спецслужбами стран СНГ. Но дальше проведения встреч в рамках СРОБ (совета руководителей органов безопасности) сотрудничество не двигалось. Лишь в 1996 году Россия решила пойти дальше протокольных встреч и выдвинула идею о создании Объединенного банка данных (ОБД) по борьбе с оргпреступностью. В том же году было подписано соглашение, по которому в проекте ОБД приняли участие спецслужбы России, Украины, Азербайджана, Армении, Белоруссии, Грузии, Казахстана, Киргизии, Молдавии, Таджикистана, Туркмении и Узбекистана. В 1997 году была запущена первая очередь ОБД: в столице каждого государства — участника проекта были установлены терминалы, а в Москве заработало центральное звено.
В целом, в 90-е годы присутствие российских спецслужб в СНГ было связано прежде всего с нежеланием терять разведывательные центры и военные базы, расположенные на территории этих стран, поэтому первую скрипку играла военная разведка.
…
Именно так действовали российские спецслужбы в Таджикистане. Российская армия поддерживала Рахмонова во время гражданской войны, опираясь на дислоцированную в республике 201-ю дивизию. В гражданской войне были задействованы и силы ГРУ: в 1992–1993 гг. там воевали, по крайней мере, два отряда спецназа и офицерская группа спецназначения. К примеру, в поселке Гипрозем под Душанбе дислоцировался отдельный батальон разведки и радиоэлектронной борьбы 201-й мотострелковой дивизии. Были разведывательные подразделения в составе Оперативной пограничной группы ФСБ России (ОПГ). В ее функции входило в том числе «оперативное обеспечение охраны госграниц Российской Федерации и Республики Таджикистан», то есть фактически разведка. В том же 1993 году было подписано Соглашение о взаимодействии в области военной разведки между РФ и Таджикистаном.
Кроме того, в Таджикистане с 1998 года по 2003 год действовал так называемый аппарат главного военного советника РФ, чьи специалисты занимают должности инструкторов в вооруженных силах страны, в том числе в бригаде спецназа МВД.
Служба внешней разведки не имела права заниматься шпионажем на территории Грузии, так как подписала в 1992 году соглашение о взаимном неведении разведдеятельности стран СНГ. И сотрудников СВР, действительно, в Грузии ни разу не ловили. В то же время, за разведдеятельность на территории СНГ отвечает не Служба внешней разведки, а ФСБ. Для этих целей в ФСБ были созданы соответствующие подразделения, прежде всего Управление координации оперативной информации (УКОИ) в составе Службы оперативной информации и международных связей (СОИМС). УКОИ долгое время возглавлял генерал Вячеслав Ушаков, а СОИМС руководил Виктор Комогоров. Оба некоторое время работали в Абхазии: Комогоров входил в состав госкомиссии по проекту договора о дружбе с Грузией, и оба участвовали в переговорах с кандидатами в президенты Багапшем и Хаджим-бой во время скандальных выборов в Абхазии.
…
Ушаков Вячеслав Николаевич. Родился в 1951 году в Самаре. В 1975 году после недолгого пребывания на посту секретаря комитета комсомола молодежной бригады арматурщиков, попал на работу в КГБ. До 1994 года служил в Киргизии, занимаясь главным образом контрразведывательным обеспечением народнохозяйственных объектов. Участвовал в боевых действиях в Афганистане и Таджикистане.
В 1994–1997 гг. возглавлял службу безопасности Беломоро-Онежского пароходства, фигурировал в ряде публикаций об убийстве главы питерского концерна «Орими» Дмитрия Варварина, который был казначеем и спонсором политического блока Юрия Болдырева. Кстати, после смерти Варварина этот блок теряет силу.
В 1997– 1 998 гг. Ушаков работает в центральном аппарате ФСБ РФ. С сентября 2002 года, после четырехлетнего пребывания на посту представителя президента в Республике Карелия, возглавил управление ФСБ по координации оперативной информации департамента анализа, прогноза и стратегического планирования. Основная задача структуры — спецоперации на территории экс-СССР. В июле 2003 назначен заместителем Директора ФСБ РФ. Член Политсовета «Единства».
Внешняя разведка и ФСБ всегда поддерживали с Грузией нормальные отношения. Когда в ноябре 2001 года министром госбезопасности Грузии был назначен 37-летний Валерий Хабурдзания, не успевший послужить в КГБ, и он начал активно налаживать связи как с западными, так и с российскими коллегами, постоянно выезжал в Москву для встреч с тогдашним директором ФСБ Патрушевым. При нем МГБ Грузии впервые направило на обучение своих курсантов в Академию ФСБ. А российские спецслужбы оказывали техническую помощь МГБ Грузии, поставляя спецснаряжение оперативного назначения. В отличие от своих предшественников Хабурдзания на самом деле пытался бороться с чеченскими террористами. Тогда говорили даже о совместной операции российских и грузинских спецслужб в Панкисском ущелье. Однако после «революции роз» говорить о сотрудничестве органов госбезопасности пока не приходится.
У ГРУ в Грузии, напротив, имидж сложился демонический. Обычно функции военной разведки — добывать военные секреты, и здесь задачи ГРУ вроде бы должны быть очевидны: любая страна бывшего СССР, которая начала тесно контактировать с НАТО, интересна. В Грузии ГРУ тоже постоянно обвиняют, но не только в добывании натовских секретов. Еще с начала 90-х сложилось мнение, что именно офицеры ГРУ «курировали» от России грузино-абхазский конфликт. Российская военная разведка даже обучала Шамиля Басаева в его абхазский период. Судя по заявлениям главы МВД Грузии, российскую военную разведку подозревают и в причастности к самому громкому скандалу — заговору Игоря Гиоргадзе. На диверсантов ГРУ возложили ответственность в организации теракта в Гори в феврале 2005 года, а также в диверсии — подрыв пяти ЛЭП в январе 2006-го. Бывший руководитель грузинских спецслужб Ираклий Батиашвили утверждал что события в Галльском районе Абхазии в 1998 году были заранее (за несколько месяцев) известны сотрудникам ГРУ России и они предприняли опережающие действия. Более того, по данным грузинских спецслужб считали, что бывший представитель Главы государства в Шида Картли (Южная Осетия) Хачапуридзе Важа являлся доверенным лицом полковника ГРУ России Е. Марусина и вместе с ним готовил проекты документов для грузинского правительства.
Первый крупный шпионский скандал с сотрудниками ГРУ произошел в сентябре 2006 году. Тогда грузинскими контрразведчиками на территории Грузии были задержаны четверо российских офицеров, это были полковник Александр Сава, который якобы является руководителем разведгруппы, подполковник Дмитрий Казанцев, полковник Александр Завгородцев и майор Александр Баранцев. Грузинские спецслужбы обвиняют их в ведении разведывательной деятельности. По данным грузинских спецслужб, арестованные российские военные являются сотрудниками ГРУ. Они вели разведывательную деятельность на территории Грузии и планировали осуществить некие провокации. Для этой цели российские военные завербовали около 11 граждан Грузии.
Более того, после сообщений об аресте офицеров грузинские спецслужбы оцепили штаб Группы российских войск в Закавказье. Полицейские, у которых не было оружия, проверяли документы у всех, кто покидал здание штаба. Грузинские спецслужбы искали российского офицера полковника ГРУ Константина Пичугина. Он, по информации департамента контрразведки МВД Грузии, так же занимался разведдеятельностью на территории Грузии. Тем временем в Батуми, Тбилиси, Лагодехи и других городах страны были задержаны также 11 граждан Грузии, которые, по утверждению Тбилиси, «были завербованы российскими военнослужащими». Это Арташес Балаян, Виктор Орехов, Александр Зелинян, Виктор Запрудин, Юрий Запрудин, Годердзи Зулиашвили, Георгий Какауридзе, Азиз Азламенян, Карен Абоян, Петре Абраминян и Бесо Габаидзе. Все они обвиняются «в ведении разведывательной деятельности и планировании провокаций». Грузинские спецслужбы давно следили за этой группой и накопили огромное количество материалов. По данным контрразведчиков Грузии, арестованные люди интересовались военными объектами, обороноспособностью Грузии, программами интеграции в НАТО, энергобезопасностью, оппозиционными партиями и неправительственными организациями, военными закупками и портами.