Направление прошлой деятельности Путина в КГБ также было причиной для насмешек. Путин работал в ГДР, куда посылали троечников от разведки. Первый эшелон сотрудников направлялся, конечно же, в капиталистические страны, прежде всего в США и Западную Европу. Если бы к Путину как к специалисту в КГБ относились серьезно, он работал бы в Западной Германии, а не в Восточной.
Следует отдать должное Путину: он показал старшему офицерскому составу ФСБ, кто в доме хозяин, причем сделал это достаточно иезуитским способом. Он вывел за штат, т. е. уволил, примерно две тысячи офицеров ФСБ, включая всех сотрудников двух экономических отделов и руководителей-генералов из Коллегии ФСБ. На освободившиеся вакансии в Коллегии он назначил выходцев из Санкт-Петербурга, бывших сослуживцев по КГБ, генералов Виктора Черкесова, Сергея Иванова и Александра Григорьева. В октябре 1998 г. своим заместителем в ФСБ он сделал Патрушева. В Москву были также переведены коллеги Путина по ленинградскому КГБ Владимир Проничев (ставший начальником Департамента по борьбе с терроризмом) и Виктор Иванов (начальник департамента Собственной безопасности ФСБ — внутренняя контрразведка). Личным помощником и доверенным лицом Путина в ФСБ стал капитан Игорь Сечин, меньше чем за полгода дослужившийся до подполковника.
Премьер Е. Примаков этими назначениями был явно раздосадован, но Б. Ельцин их утвердил, поскольку работой Путина был очень доволен.
Что же касается непосредственной работы Путина на посту руководителя органов госбезопасности, то ее следует признать проваленной. В период директорства Путина в ФСБ в России было совершено свыше 40 крупных преступлений, в том числе такие, как убийство в Санкт-Петербурге Галины Старовойтовой (28 ноября 1998 г.); похищение в Грозном полномочного представителя МВД России генерала Геннадия Шпигуна (5 марта 1999 г.); взрыв на рынке во Владикавказе, более 60 человек убиты, свыше 100 ранено (19 марта 1999 г.); дважды совершались покушения на муфтия Чечни Ахмад-Хаджи Кадырова (26 октября 1998 г. и конец мая 1999 г.). Эти и многие, так называемые, «резонансные» преступления, не раскрыты по сегодняшний день.
Лишь одну операцию Путин провел успешно: по снятию со своего поста генерального прокурора России Юрия Скуратова. Почему коррумпированный генеральный прокурор России решил бороться с коррупцией в Управлении делами президента и самим Ельциным, сказать трудно. Скорее всего, он действовал под давлением Евгения Примакова, являвшегося тогда премьер-министром, крайне негативно относившимся к Ельцину, и к его окружению, часто называемому «семьей», в том числе и к управделами президента Павлу Бородину. Уж в чем точно нельзя было заподозрить ни Скуратова, ни всех следующих генпрокуроров России, это в искреннем желании бороться с коррупцией в верхних эшелонах власти, что, в общем-то, генпрокуроры обязаны делать по должности.
8 октября 1998 г. Скуратов возбудил уголовное дело по фактам коррупции в Управлении делами президента. Совместно со швейцарскими коллегами российские следователи выявили ряд злоупотреблений при подписании и осуществлении контрактов по реставрации Кремля и обновлении салона самолета президента, в том числе счета с многомиллионными вкладами на имя Павла Бородина, его дочери и зятя. Расследования Скуратова буквально пошатнули трон Ельцина. Все чаще и чаще в Думе звучало слово «импичмент».
Однако спустя шесть месяцев после начала расследования было возбуждено уголовное дело в отношении самого Скуратова, который обвинялся в поступках, несовместимых с его должностью и званием. Дело в том, что в распоряжении ФСБ в марте 1999 г. оказались видеозаписи, на которых «человек похожий на Скуратова» в абсолютно голом виде занимался любовью с двумя столь же голыми «девушками по вызову». В ночь с 1 на 2 апреля 1999 г. заместитель прокурора города Москвы возбудил в отношении Скуратова уголовное дело. Поспешность в возбуждении уголовного дела объяснялась просто — швейцарские следователи быстро продвигались в расследовании незаконной деятельности швейцарских фирм, осуществлявших работы по выполнению контрактов с Кремлем, и необходимо было как можно быстрее прекратить расследование. Сделать это можно было лишь сменив генерального прокурора, отставку которого по закону должна была утвердить верхняя палата российского парламента — Совет Федерации. Процедура была сложная и долгая.
В отличие от российских коллег швейцарские следователи довели расследование до конца. Итогом его явился получивший широкий международный резонанс арест в США Павла Бородина, прибывшего туда на процедуру инаугурации президента Джорджа Буша, с последующей его экстрадицией в Швейцарию. В ходе следствия и судебного разбирательства была вскрыта коррупционная схема, используемая Бородиным и его швейцарскими подельниками. Бородин по решению швейцарского суда был оштрафован на примерно 375 тысяч долларов, но вины своей не признал и от уплаты наложенного штрафа отказался. Отказалась вносить штраф за Бородина и Россия. Деньги являвшиеся залогом для освобождения Бородина из швейцарской тюрьмы, были внесены одним из его швейцарских партнеров. В конце концов, дело закончилось фарсом.
В операции по дискредитации и снятию Скуратова главная роль была отведена Путину. Именно его агенты сняли и оплатили квартиру, в которую приехал Скуратов для встречи с девушками. Именно его агенты произвели запись развлечений генерального прокурора. Именно в распоряжении Путина оказалась пленка, на которой «человек, похожий на генерального прокурора», как писала, в соответствии с законом российская пресса, не имевшая права утверждать, что на пленках запечатлен именно Скуратов, находился в компании двух проституток. И именно Путин публично озвучил требование президента Ельцина к Скуратову добровольно уйти в отставку во избежание скандала.
После отказа Скуратова покинуть свой пост, запись сексуальных развлечений «человека, похожего на генпрокурора» была продемонстрирована по государственному телеканалу РТР. Видеозапись руководителю РТР Михаилу Швыдкову предоставил лично «человек, похожий на директора ФСБ» Путина. Несколько позже пленка была также продемонстрирована по каналу ОРТ, в программе Сергея Доренко.
7 апреля 1999 г. директор ФСБ Путин сообщил в своем выступлении на телевидении, что предварительная оценка экспертов ФСБ и МВД, признала видеозапись сексуальных развлечений генпрокурора подлинной, и вновь высказался за добровольную отставку Скуратова. Он также заявил, что «мероприятие», зафиксированное на видеопленке, оплачивалось «лицами, проходившими по уголовным делам», расследуемым генпрокуратурой, и потребовал «объединить» материалы двух уголовных дел: дела по ст. 285 УК РФ («злоупотребление служебным положением») против Скуратова и дела по ст. 137 («вмешательство в частную жизнь») — против лиц, незаконно следивших за генпрокурором. В конечном итоге, лица, сделавшие скандальную видеозапись, оказались официально неизвестными. А идентичность Скуратова и «человека, похожего на генерального прокурора», не была установлена юридически. Тем не менее, Скуратов вынужден был уйти в отставку. Его сменил Владимир Устинов.
Все эти события сыграли свою роль, когда Б. Ельцин задумал в очередной раз сменить председателя правительства России, т. е. произвести очередную «рокировочку». В своей книге Б. Ельцин пишет: «Путин не торопился в большую политику. Но чувствовал опасность более чутко и остро, чем другие, всегда предупреждал меня о ней…