Когда началась Отечественная война, Маленков, к удивлению многих, вошел в первый же состав Государственного Комитета Обороны, хотя он не был еще в то время полноправным членом Политбюро. В первые два года войны Маленкову приходилось выезжать во главе специальных комиссий на участки фронта, где создавалась угрожающая ситуация. В августе 1941 года он находился в Ленинграде, осенью того же года – на фронте под Москвой, в августе 1942 года как член ГКО прибыл в Сталинград – помочь в организации обороны города. Но постепенно Маленков перестал принимать участие в решении чисто военных вопросов и сосредоточился на отдельных проблемах военно-оборонного производства. Его главной задачей стало оснащение Красной армии самолетами. Как известно, после огромных потерь советской авиации в первые недели войны германская армия имела превосходство в воздухе до конца 1942 года. Однако соотношение сил стало меняться в 1943 году. Советская промышленность сумела обеспечить отечественные ВВС большим количеством современных машин, и уже к моменту сражения на Курской дуге превосходство в воздухе стало переходить к Красной армии. Определенные заслуги в налаживании производства самолетов были и у Маленкова, в связи с чем ему было присвоено в сентябре 1943 года звание Героя Социалистического Труда. Осенью того же года Маленков возглавил Комитет при СНК СССР по восстановлению хозяйства в районах, освобожденных от оккупации.
В 1944 году, когда победа СССР над Германией вполне определилась, в ЦК ВКП(б) было проведено под руководством Маленкова специальное идеологическое совещание. На этом совещании ставился вопрос о пересмотре отношения к немецкому классическому наследию. Было, в частности, принято решение «О недостатках и ошибках в освещении истории немецкой философии конца XVIII – начала XIX вв.». Совещание продолжалось несколько дней. Как раз тогда Сталин и высказал свою многозначительную по форме, но нелепую по содержанию мысль о том, что немецкая классическая идеалистическая философия была консервативной реакцией на французскую революцию. Сталин добавил также, что для немецких философов были характерны апологетика прусской монархии и третирование славянских народов. Было решено сохранить присужденную ранее Сталинскую премию только за первыми двумя томами «Истории философии» и изъять третий том, посвященный немецкой классической философии.
Осенью того же 1944 года Сталин созвал в Кремле расширенное совещание, на которое были приглашены члены Политбюро и Секретариата ЦК, первые секретари республиканских и областных комитетов партии, руководители оборонной промышленности, армии и государственной безопасности. Речь шла о «еврейской проблеме». В своем вступительном слове Сталин – правда, с некоторыми оговорками – высказался за «более осторожное» назначение евреев на руководящие должности в государственных и партийных органах. Каждый из участников совещания понял, однако, что речь идет о постепенном вытеснении лиц еврейской национальности с ответственных постов. Наиболее подробным на этом совещании было выступление Маленкова, который обосновывал необходимость «повышения бдительности» по отношению к еврейским кадрам. Вскоре после совещания в ЦК ВКП(б) партийные комитеты различных уровней получили подписанное Маленковым директивное письмо, которое тогда в партийных кругах называли «маленковским циркуляром». В нем перечислялись должности, на которые назначение людей еврейской национальности было нежелательно. Одновременно вводились и некоторые ограничения при приеме евреев в высшие учебные заведения.
Сразу же после войны Маленков возглавия Комитет по демонтажу немецкой промышленности. Его работа на этом посту была нелегкой и подвергалась критике, так как многие влиятельные ведомства боролись, чтобы получить как можно больше оборудования. В этот период возникли споры и ухудшились личные отношения между Маленковым и председателем Госплана Н. А. Вознесенским. Для рассмотрения конфликтов была создана комиссия во главе с Микояном. Она вынесла неожиданное решение – прекратить вообще демонтаж немецкой промышленности и наладить производство товаров для СССР в Германии в качестве репарации. Это решение было утверждено на Политбюро, несмотря на возражения Кагановича и Берии.
Репрессии 30-х годов привели к гибели сотен тысяч опытных руководителей и к выдвижению на высокие посты сотен тысяч новых людей, не обладавших достаточным опытом руководящей работы. Однако начавшаяся вскоре Отечественная война принесла не только громадные людские и материальные потери. Война выдвинула новых государственных деятелей, талантливых полководцев, хозяйственников, заслуги и достижения которых нельзя было игнорировать даже Сталину. Одну из таких групп составляли бывшие партийные и хозяйственные работники Ленинграда, им покровительствовал также А. А. Жданов, влияние которого на Сталина, особенно в области идеологии и руководства коммунистическим движением, явно возросло.
После войны Маленков – полноправный член Политбюро. Стал членом Политбюро и Берия, с которым у Маленкова установились вполне доверительные и близкие к политическому союзу отношения. Но среди новых членов Политбюро был и Н. А. Вознесенский, игравший в руководстве экономикой теперь бульшую роль, чем Каганович, Микоян или Маленков. Секретарем ЦК ВКП(б) был избран и А. А. Кузнецов, который не только возглавил Управление кадров, но и стал курировать органы МВД и МГБ. Это ослабило позиции Маленкова в аппарате ЦК. Жданов и Вознесенский явно доминировали теперь в области идеологии и общественных наук, где ни Берия, ни Маленков никогда не чувствовали себя особенно сильными. Между тем Сталин уже во второй половине 1948 года стал часто болеть, в 1949 году он перенес, по-видимому, первое кровоизлияние в мозг. Все это усилило борьбу за власть среди ближайшего сталинского окружения. На короткое время, еще до болезни Сталина, жертвой этой борьбы стал и сам Маленков. Не без участия сына Сталина Василия было создано провокационное дело о низком уровне советской авиационной промышленности. В результате были арестованы командующий ВВС Красной армии Главный маршал авиации А. А. Новиков, член ЦК ВКП(б) А. И. Шахурин, работавший в годы войны наркомом авиационной промышленности СССР, а также многие другие работники авиапромышленности и военные авиаторы. Все эти аресты отразились и на Маленкове. Он был освобожден от работы в аппарате ЦК и направлен в Ташкент. Эта «ссылка» длилась, однако, недолго. Особенно большие усилия для полной реабилитации и возвращения в Москву Маленкова приложил Берия.
Берия в это время вел сложную интригу, направленную на компрометацию Жданова, Вознесенского и их ближайшего окружения. Маленков стал помогать Берии. Между Ждановым и Маленковым давно уже существовали крайне неприязненные отношения. Жданов и его ближайшие друзья считали Маленкова неграмотным выдвиженцем и в своем кругу называли его Маланьей – это был намек на женоподобный внешний облик тучного Маленкова. Берии и Маленкову удалось убедить Сталина, которого и без того раздражали теоретические претензии Жданова и Вознесенского, в «сепаратизме» Ленинградской партийной организации и выдвиженцев из Ленинграда. Так возникло «ленинградское дело», жертвой которого стали все руководители Ленинградской партийной организации во главе с П. С. Попковым. Репрессии распространились потом вниз и охватили сотни и тысячи партийных и комсомольских работников Ленинграда, ученых, тружеников народного хозяйства. Они двинулись и вверх, приведя к аресту и гибели Н. А. Вознесенского, А. А. Кузнецова, М. И. Родионова и других ответственных работников партийного и советского аппарата. Маленков взял на себя разгром Ленинградской партийной организации, для чего выехал в Ленинград. Берия руководил репрессиями в Москве. Жданов, который недавно сам возглавлял погромные идеологические кампании, фактически был отстранен от руководства и умер у себя на даче в возрасте 52 лет при не вполне выясненных обстоятельствах.