Отставка Э. Шеварднадзе стала сенсацией как для российских, так и для западных СМИ. Было очевидно, что М. Горбачев заранее ничего не знал и что решение Э. Шеварднадзе являлось спонтанным. Позднее сам Шеварднадзе говорил, что он советовался только со своими родственниками. «Перестройка теряет своих прорабов», «Отставка Шеварднадзе: по ком звонит колокол?», «Бомба Шеварднадзе», «Шеварднадзе уходит, военно-промышленный комплекс остается. Какой выбор сделает Горбачев?», «Загадка отставки» – это были заголовки в российских газетах. Огромное количество самых различных версий высказывалось и в зарубежной печати.
Четвертый съезд принял Закон о всенародном голосовании (референдум СССР) и утвердил общую концепцию нового Союзного Договора. Работа съезда завершилась 27 декабря, но перемены в окружении М. Горбачева продолжались и в январе 1991 г. В первую очередь речь шла о составе Кабинета министров СССР. В конце декабря 1990 г. Н. Рыжков проходил курс интенсивного лечения. Однако он был готов вернуться в правительство уже в конце января и внимательно изучал в своей больничной палате проекты плана и бюджета на 1991 г. – по отдельным отраслям и сферам управления. Обязанности премьера временно исполнял первый заместитель Н. Рыжкова академик Леонид Абалкин. Однако Михаил Горбачев уже решил поменять и премьера. По свидетельству советника президента Вадима Медведева, Горбачев обсуждал со своими советниками и помощниками несколько кандидатур. Когда отпала кандидатура Н. Назарбаева, появились кандидатуры Юрия Маслюкова, Олега Бакланова, Владимира Щербакова. Не отводилась и кандидатура Л. Абалкина. Тем не менее Горбачев остановился на кандидатуре министра финансов Валентина Павлова, которая даже среди советников президента вызывала возражения. Указ о назначении B.C. Павлова на пост премьер-министра был обнародован 14 января 1991 г. Вскоре было объявлено, что «в связи с изменением структуры высших органов государственного управления» Н.И. Рыжков отправлен на пенсию. Рыжков ушел и из состава Политбюро ЦК КПСС. 15 января было объявлено о назначении на пост министра иностранных дел СССР кадрового дипломата А.А. Бессмертных. Ушел в отставку «по собственному желанию» и Л. Абалкин. Верховный Совет СССР утвердил все эти новые назначения без серьезных возражений. Мы отклонили только кандидатуру Валерия Болдина при утверждении состава Совета Безопасности СССР. Не помогло и второе голосование, на котором настаивал Горбачев. Давний советник и помощник Горбачева, заведующий Общим отделом ЦК КПСС и руководитель личной канцелярии президента В. Болдин был для Верховного Совета СССР совершенно неизвестной фигурой, и он держался на трибуне не лучшим образом. К концу января 1991 г. из людей, с которыми Горбачев начинал в 1985 г. «перестройку», в его окружении остался только Анатолий Лукьянов, который занимал пост Председателя Верховного Совета СССР и был также членом Политбюро. Как спикер советского парламента, он руководил работой Верховного Совета СССР гораздо более спокойно и уверенно, чем это начал делать в 1989 г. Михаил Горбачев. Среди советников и помощников Горбачева продолжал работать и маршал Сергей Ахромеев, который долгое время занимал пост начальника Генерального штаба и активно участвовал в проведении всех переговоров по разоружению. Однако в начале 1991 г. Горбачев не приглашал к себе С. Ахромеева ни для каких консультаций.
В 1990 г. политическая обстановка во всех республиках Прибалтики развивалась по крайне неблагоприятному для М.С. Горбачева и всего союзного Центра сценарию. Наиболее острая и противоречивая ситуация складывалась в Латвии, где в новогоднюю ночь прозвучало несколько взрывов рядом с армейскими подразделениями и партийными комитетами. Однако первый крупный кризис произошел в Литве.
Еще в начале марта 1990 г. на выборах в Верховный Совет Литовской ССР победила не Коммунистическая партия Литвы, а националистическое движение «Саюдис», возглавляемое профессором Вильнюсской государственной консерватории Витаутасом Ландсбергисом. Именно Ландсбергис был избран Председателем Верховного Совета Литовской ССР. 11 марта 1990 г., по предложению своего председателя, литовский парламент принял большинством голосов декларацию «О восстановлении независимости Литовского государства». Литовская ССР, согласно данной декларации, была переименована в Литовскую республику, а действие советских конституций на территории Литвы приостанавливалось. Как Президент СССР, так и Верховный Совет СССР отменили эти решения литовского парламента, однако новое литовское руководство заявило, что решения Москвы для нее теперь не имеют юридической силы. Началось длительное и мучительное противостояние. Особенно трудная ситуация сложилась вокруг расположенных на территории Литвы воинских частей, а также в органах МВД и КГБ, которые были построены по принципам централизации и подчинялись союзным структурам в Москве. Союзное руководство прибегало не только к политическому давлению, но и к экономическим санкциям, но это только разжигало эмоции. Литовские депутаты были отозваны из Верховного Совета. Литва объявила о восстановлении на ее территории Конституции 1938 г. и о создании собственных вооруженных сил. Все советские законы о всеобщей воинской обязанности объявлялись недействительными на литовской территории. Коммунистическая партия Литвы в этих условиях раскололась. Большая часть Компартии Литвы во главе с Альгирдас-Миколасом Бразаускасом и Казимирой Прунскене сохранила лояльность новому руководству страны. Прунскене стала премьер-министром Литвы, а Бразаускас – вице-премьером. Меньшая часть КПЛ фактически перешла на подпольное положение.
Инциденты между лояльными Союзу гражданами и организациями и новыми республиканскими властями множились, обостряя ситуацию. Многие работники литовских органов КГБ и МВД, и активистов литовской компартии, и военных приезжали в Москву с разного рода требованиями и жалобами. Их принимали в КГБ СССР, в Министерстве обороны СССР, в МВД, в аппарате ЦК КПСС, даже в канцелярии Президента СССР у В. Болдина. Им сочувствовали, их поддерживали, им что-то обещали, но никаких решений при этом не принималось. Конечно же, о ситуации в Литве докладывали и Горбачеву. Он выслушивал членов Политбюро, министров, командующих родами войск, но также не принимал никаких решений. Он просто не знал, что делать. Он уже объездил год назад почти всю Литву, пытаясь уговорить литовцев повременить со своими решениями и действиями до конца «перестройки». Он также обещал не применять силу, хотя и небезоговорочно. Нерешительность Горбачева поощряла и лидеров Литвы, и руководителей Латвии и Эстонии идти все дальше и дальше. Шла своеобразная политическая разведка: до какой линии можно дойти, не опасаясь ответных и более решительных действий Москвы? 4 октября 1990 г. в Литве был принят закон о государственной измене. По этому закону гражданин Литовской республики, который сознательно принимает участие в деятельности «другого государства» или «иностранной организации», направленной на нарушение суверенитета Литвы, должен наказываться лишением свободы на срок до 15 лет или смертной казнью с конфискацией имущества. «Другим государством», естественно, был в первую очередь Советский Союз. Но как раз в это осеннее время по всей Прибалтике начался очередной призыв молодежи на военную службу. Многих молодых людей, уклонившихся от военной службы, приводили в военкоматы по всей Прибалтике принудительно. 20 ноября 1990 г. парламент Литвы принял закон о создании департамента по охране края, на который возлагались функции министерства обороны республики. Начали формироваться и первые подразделения литовской армии. Положение становилось взрывоопасным. Между тем в Литве ухудшалось экономическое положение, магазины были пусты, но обращаться за помощью к Москве оказалось теперь невозможно. Правительство К. Прунскене было вынуждено идти на повышение цен. В Москве реформа цен также готовилась, но ее можно было отложить на несколько месяцев. Но Литва откладывать такое решение уже не могла. Решение о крупном повышении цен на продовольственные товары было принято в Вильнюсе вечером 6 января 1991 г., а уже утром 7 января в Вильнюсе начались митинги протеста. Объявили забастовку и некоторые крупные предприятия города. Это стихийное массовое недовольство и решила использовать наиболее радикальная часть литовской компартии. Версии последующих событий весьма противоречивы, но основные факты мало кто оспаривает.