Противостояние президента с генеральным прокурором наглядно демонстрировало всему народу России, и даже миру, полное неуважение к закону в нашей стране. Суды меняли свои вердикты и оценки в зависимости от того, кто был их ближайшим патроном. Так, в июне 1999 г. Верховный суд России ("подчиняется" федеральным властям) принимает решение о том, что прекращение уголовного дела против Ю. Скуратова является незаконным. Тот подает жалобу в Хамовнический суд первой инстанции в Москве, который постановляет считать незаконным продление уголовного дела. Это решение подтверждает Московский городской суд ("подчиняется" московским властям). И так до бесконечности. В своих воспоминаниях Б. Ельцин рвет и мечет против Ю. Лужкова, которого считал главным кукловодом, стоявшим за ширмой всего скуратовского Дела. Ельцин полагал, что именно Лужков "мутил воду" в Совете Федерации, побуждая сенаторов на мятеж против президенту и именно московский мэр влиял на решения московских судов по делу Скуратова.
13 октября 1999 г. состоялось третье по счету заседание Совета Федерации, которое должно было решить судьбу генерального прокурора. За отставку Ю. Скуратова на этот раз проголосовали 52 сенатора, "против" - 98. Стало ясно, что президент России окончательно проиграл схватку с Советом Федерации и настаивать на смешении генерального прокурора более не имеет смысла. Он смирился с поражением, хотя и хорохорился в своих мемуарах: "Никому еще не удавалось загнать меня в угол. Не удастся и на этот раз тандему генпрокурора и мэра, несмотря на то, что история эта, конечно, обескураживает, сбивает с толку - и своим душком и грязной прилипчивостью".
Кроме жесточайшего удара по имиджу России как государства, "скуратовское дело" выявило и еще одно серьезное явление во внутриполитической жизни страны. Совет Федерации оказался таким органом, который может успешно, с использованием своих конституционных полномочий, на совершенно законных основаниях противостоять президентскому произволу. Упорное нежелание сената подчиниться диктату Кремля, по существу, превратило верхнюю палату Федерального собрания в новый центр власти и влияния. Стоило только появиться в России новой организованной политической силе - движению "Отечество" во главе с богатым и амбициозным московским мэром, как верность губернаторов Кремлю как ветром сдуло. Они стали быстренько ориентироваться на очередного нового хозяина. Нельзя исключать, что из этой ситуации и стали впоследствии вырастать планы реформы Совета Федерации для того, чтобы избежать появления параллельного центра власти. Заканчивая историю Скуратова, скажем, что он пережил на своем посту самого Ельцина, сохраняя свой нелепый статус уволенного, но не отставленного прокурора. Завершил он свой бесславный путь в мае 2000 г., когда получил официальную отставку от Совета Федерации и сел писать свои "мемуары" в оправдание своих грехов.
Как в сказке о "Золотом петушке", напасти стали надвигаться на ослабевшего президента со всех сторон. В принципе это был закономерный эпилог его политической карьеры. В апреле 1998 г. в Государственной думе состоялись слушания на тему "Кризис власти и кризис нации". Они проводились в виде заседаний "круглого стола". Тон на заседании задавали представители оппозиции, среди которых выделялись генерал Лев Рохлин и бывший прокурорский работник Виктор Илюхин. Уже тогда был поставлен вопрос о начале сбора подписей под инициативой об отрешении Б. Ельцина от власти в соответствии с конституционными нормами. Это стало началом не известной еще в России процедуры "импичмента", т. е. суда над президентом. Достойно сожаления, что такой процедуре был подвергнут уже первый президент, избранный демократическим путем.
В качестве первого шага было подготовлено инициативное письмо, подписанное 177 депутатами, в котором кратко сформулированы основные обвинения, выдвигаемые против Б. Ельцина, и поставлен вопрос о создании специальной парламентской комиссии, которая должна была бы оценить правильность соблюдения процедурных порядков и фактической обоснованности обвинений, выдвигавшихся против президента Российской Федерации.
19 июня 1998 г. на пленарном заседании Государственной думы подавляющим большинством голосов - "за" - 300, "против" всего три, остальные не приняли участия в голосовании - была образована такая комиссия в составе 15 человек. В нее вошли представители всех фракций. Во главе стал Вадим Донатович Филимонов, кадровый правовед, окончивший в 1953 г. юридический факультет Томского университета, возглавлявший долгое время кафедру уголовного права в том же университете, а затем ставший первым проректором ТГУ. Доктор юридических наук, профессор, автор целого ряда монографий, он занимал в Государственной думе пост председателя подкомитета по законодательству в сфере уголовного, уголовно-процессуального и уголовно-исправительного права Комитета Государственной думы по безопасности. Хотя он был избран депутатом думы от коммунистической партии, он никогда не занимал в партии руководящих постов и был широко известен прежде всего как выдающийся профессионал-правовед. Всякие попытки авторов из числа бывшей ельцинской челяди представить работу комиссии как некий акт политической мести коммунистов за их фиаско в 1991 г. выглядят, скорее, жалко, чем неубедительно.
На первых порах администрация президента и его представитель в Думе А. Котенков отнеслись к созданию комиссии как к мышиной возне, затеянной исключительно из популистских побуждений. А. Котенков с первых шагов стал настаивать на том, чтобы для работы комиссии были поставлены ограничения по времени, но его требования были проигнорированы Думой, которая сочла вопрос чрезвычайно серьезным и требующим обстоятельной проработки.
Тем не менее правительство с первого дня стало ставить рогатки на пути работы комиссии. С явной подсказки Кремля ни один из бывших министров или высокопоставленных сотрудников администрации не явился, чтобы дать свои показания комиссии. А вызывались многие, прямо причастные к обвинениям лица, среди них В. Черномырдин, А. Козырев, С. Шахрай, Г. Бурбулис, О. Лобов, П. Грачев и др. Демонстративное игнорирование парламента публично прикрывалось якобы "нежеланием вступать в идеологическую полемику с коммунистами (хотя, повторяем, в состав комиссии входили представители всех парламентских фракций). Такая позиция в который уже раз доказывала, что российская исполнительная власть считала себя самодостаточной, ни перед кем не подотчетной и бесконтрольной. Просто так она понимала "демократию".
Комиссия, тем не менее, упорно продолжала свою работу, неизменно привлекая внимание журналистов - своих и зарубежных. 27 июля 1998 г. в Государственной думе состоялись уже открытые слушания депутатской комиссии. На них выступили В. Илюхин - председатель Комитета по безопасности и А. Лукьянов - председатель Комитета по законодательству. На повестке дня стоял один вопрос: о правомерности подписания Б. Ельциным Беловежских соглашений 8 декабря 1991 г., в результате которых был ликвидирован СССР. Оба докладчика квалифицировали действия Б. Ельцина как незаконные, но четырехчасовая дискуссия по этой теме не дала однозначного заключения. Было решено продолжить работу по юридическому обоснованию этого ставшего первым пункта обвинения.