Захватив здание управления МВД, налетчики рассыпались на автомашинах по городу, наводя панику стрельбой по окнам домов и прохожим. Они стали врываться в дома, выволакивать мирных жителей на улицу, а потом группами сгонять в помещение городской больницы, которая была избрана в качестве концентрационного лагеря заложников. Небольшие группы террористов, следуя четко отработанному заранее плану, устроили засады на основных дорогах при въезде в город, чтобы не допустить внезапного появления российских воинских подразделений. Особое внимание было уделено ими дороге, которая вела в военный городок вертолетчиков, расположенный недалеко от города. И точно! Услышав стрельбу в городе, небольшая группа вертолетчиков на служебном автобусе рванулась на помощь жителям Буденновска, но напоролась на кинжальный огонь из засады и почти вся погибла. Несколько раненых военнослужащих попали в плен и были доставлены в ту же больницу. Другой помощи вертолетчики не могли оказать.
Только к вечеру 14 июня к Буденновску стали прибывать воинские части. На вертолетах был переброшен спецназ, который стал проводить зачистку города, потому что не было известно, сколько боевиков напило на него и где они находятся. Подошел полк Внутренних войск из Зеленокумска. На рассвете следующего дня прилетели группа "Альфа", сводный отряд СОБРа и министры-силовики. Шамиль Басаев от имени террористов выдвинул требования: прекратить все военные действия в Чечне и вывести оттуда российские войска. В случае невыполнения своих требований он угрожал расстрелять всех собранных в больнице заложников (около тысячи человек), включая пациентов лечебного центра и родильного отделения. Для демонстрации своей решимости террористы на глазах журналистов расстреляли двух пленных милиционеров и четырех вертолетчиков. Сомнений в том, что бандиты исполнят свою угрозу, ни у кого не было. В Москве полученная информация вызвала растерянность. Оставшийся "на хозяйстве" премьер-министр Черномырдин не знал, что делать, и ждал указаний от Ельцина, улетевшего за океан. Мнение силовиков, находившихся на месте трагедии, сводилось к необходимости штурмовать больницу. К этому времени она была окружена плотным кольцом частей Российской армии. Под прикрытием бронетехники можно было подойти непосредственно к стенам больницы и ворваться внутрь. При этом был риск больших потерь среди заложников. И, тем не менее, попытка штурма была предпринята, и передовым группам удалось проникнуть на первый этаж больницы, когда из Москвы поступило указание прекратить атаку. Начался многодневный марафон колебаний, переговоров, шараханий из стороны в сторону. На чечено-дагестанской границе были организованы встречи А. Куликова и В. Зорина (ФСБ) с Масхадовым, из которых ничего не вышло, затем в дело включился сам премьер Черномырдин, который вел прямые телефонные переговоры с Шамилем Басаевым, причем в это время из его кабинета шли телевизионные передачи. Наступила длительная агония российской политики в Чечне. Политически разгромленное, морально сломленное правительство Б. Ельцина - В. Черномырдина стало сдавать одну позицию за другой. Штурм был отменен, было дано согласие на безопасный уход боевиков из Буденновска - гарантией стали 150 жизней взятых заложников. Власти предоставили необходимое количество автобусов для переброски террористов обратно в чеченские горы.
Военные пытались было предложить план штурма колонны на марше, где условия для операции вполне благоприятные, но деморализованная Москва уже не была способна на это. Весь отход отряда Басаева превратился в триумфальный марш победителей, сам он стал национальным героем и с тех пор остается одним из наиболее непримиримых и жестоких врагов России.
Крутой на расправу Б. Ельцин смог сорвать свое раздражение только на собственных министрах. 30 июня были одновременно уволены министр по делам национальностей Н. Егоров, министр внутренних дел В. Ерин и директор Федеральной службы безопасности С. Степашин. Правда, всем им дали успокоительное в виде достаточно хлебных мест в государственном аппарате, чтобы они не вздумали раскрыть известную им правду о кремлевской кухне. Н. Егоров остался в Администрации президента, В. Ерин ушел на должность заместителя начальника разведки, а С. Степашин был определен в аппарат правительства. Этим приемом Б. Ельцин пользовался почти всегда и редко когда ошибался.
После буденновской катастрофы завязались бесконечные и безрезультатные для российской стороны переговоры при участии Организации по безопасности и сотрудничеству в Европе. 3 июля состоялась даже прямая встреча между Аркадием Вольским и Д. Дудаевым, в ходе которой предпринята безуспешная попытка создать некое коалиционное правительство из представителей лояльной по отношению к России временной администрации и людей из дудаевского окружения. Повсеместно шел напор побеждающих сил сепаратистов, которые чутко уловили укореняющиеся пораженческие настроения в московских правящих кругах.
30 июля 1995 г. в Грозном представители обеих сторон подписали Соглашение по мирному урегулированию ситуации в Чеченской республике. Это была своего рода репетиция Хасавюртского мира. Соглашением впервые легализовано правительство Дудаева, ибо российское руководство давало согласие на сотрудничество с ним в деле создания так называемых "отрядов самообороны", которые по замыслу должны были формироваться на паритетной основе и обеспечивать поддержание порядка и контроля за разоружением незаконных формирований и отдельных граждан. Россия взяла на себя обязательство выводить из Чечни свои воинские части и подразделения "по мере разоружения незаконных воинских формирований". Эта последняя оговорка была вписана просто для спасения лица, ибо проконтролировать факт разоружения боевиков было невозможно. Москва также дала указание своему МВД, Генпрокуратуре в двухнедельный срок рассмотреть дела об освобождении арестованных участников бандформирований. Начался процесс, который на народном сленге называется "слив воды". Вот так описывала его газета "Известия" от 8 августа 1995 г. Под фотографией, на которой виден грузовик, спускающийся с гор, до отказа набитый вооруженными людьми, был следующий текст: "Этот грузовик едет из Шали. Таких грузовиков и автобусов, переполненных вооруженными боевиками, было сорок. 5 августа в Шали прошел митинг чеченских боевиков. Потом они сели в машины, и колонна пошла. Крутые ребята с автоматами говорят, что едут по домам. На вопрос корреспондентов: "А оружие сдавать будете?" - отвечают: "Мы что, на дураков похожи!". В дурацком положении чувствуют себя российские солдаты и офицеры. На время переговоров им строжайше запрещено реагировать на вооруженных чеченцев. Чем закончатся переговоры неизвестно, а боевики снова рассредоточились по всей территории Чечни. Колонны вооруженных людей с радостными криками "Аллах акбар!" и стрельбой в воздух едут мимо федерального блокпоста. "Какое странное перемирие, - размышляют на досуге военнослужащие, нас окружают, а мы смотрим и улыбаемся". Картина, точная и многократно повторяющаяся на всех дорогах, ведущих из горных частей Чечни, куда были загнаны отряды сепаратистов, в равнинные районы. Все результаты весеннего наступления Российской армии были перечеркнуты. Ситуация в республике ухудшилась на несколько порядков. Вместо разоружения боевиков произошло самое худшее. Их отряды и группы, уже получившие боевой опыт войны с русской армией, рассыпались по всей стране, принимая кое-где форму "отрядов самообороны". Они действовали, как дрожжи на националистическое тесто. Численность их непрерывно росла.