Перед грубым напором со стороны проправительственных сил в рядах коммунистов возникли разногласия. Такие известные депутаты, как Г. Селезнев, Николай Губенко, возглавлявший Комитет по культуре, Светлана Горячева, председатель Комитета по делам женщин, семьи и молодежи и др. отказались подчиниться решению руководства партии, которое столь круто сокращало границы думских возможностей для политической работы. Все они были исключены 25 мая 2002 года из рядов КПРФ. Таким образом, Геннадий Селезнев потерял всякую опору и был вынужден покинуть свой пост Председателя Государственной думы. Вместо него кресло спикера временно заняла Любовь Слиска, волевая активистка «Единой России». Пройдет немного времени, и в 2003 г. В. Путин направит на пост рулевого нижней палаты преданного питерца Бориса Вячеславовича Грызлова, освободив его от хлопотных обязанностей министра внутренних дел. Пресса маленько поерничала насчет назначения «главного милиционера» на должность «главного законодателя», но быстро замолчала.
На выборах 2003 года в Государственную думу объединенные проправительственные силы в виде «Единой России», располагавшие неограниченными финансовыми ресурсами, поддержкой всего государственного аппарата и подавляющего большинства средств массовой информации одержали внушительную победу, получив 302 мандата в новом составе Думы. Располагая конституционным большинством в 2/3 голосов (всего в Думе 450 депутатов), Кремль мог теперь решать любые свои задачи путем принятия удобных законов. Никакого сопротивления (кроме словесного) никто оказать уже не мог. КПРФ — главная оппозиционная сила в стране — потерпела тяжелое поражение, ее представительство в Думе сократилось до 47 мандатов. Прозападные партии типа «Яблока» и Союза правых сил вообще не преодолели 7 % барьер и не прошли в Думу. Перед В. Путиным открылась неограниченная возможность лепить Россию по любой модели.
Опираясь на силовые структуры и полностью подконтрольную законодательную власть, В. Путин приступил к завершению строительства своей «вертикали власти» путем изменения порядка избрания глав субъектов Федерации. До сих пор руководителей республик, краев, областей и т. д. выбирали путем прямого голосования жители этих «субъектов федерации». С точки зрения чистой демократии такой порядок не вызывает нареканий. Но в условиях России достаточно быстро, за какие-нибудь 10–12 лет, прошедших после принятия Конституции 1993 года, выявились две существенные тенденции, угрожавшие единству страны. Во-первых, руководители крупных и богатых «субъектов Федерации», таких как Москва, Татарстан, Башкортостан, Екатеринбург и др., успели обрасти за эти годы плотными слоями местной мафии. Эту мафию можно называть региональной элитой, кланом, бандой и т. п., от этого ее суть и характер не изменится. Входящие в ее состав группы, семьи и отдельные лица срослись в единый административно-хозяйственный организм, нечто вроде полипа на теле субъекта Федерации. Они монополизировали власть и экономику на местах, не допускали к своей «кормушке» никаких конкурентов. Поскольку они не гнушались никакими средствами при защите своих интересов, к ним и прилипло название мафии. В нашей стране по привычке все подобные кланы называли издавна «мафиями»,
При Л. Брежневе была «днепропетровская» мафия, при Б. Ельцине «екатеринбургская», при В. Путине «питерская». Все они формировались на основе личной преданности, землячества, семейных связей и т. д. Местные мафии успели за время ельцинского безвременья нахватать много льгот. Самый влиятельный из местных князьков Минтимер Шаймиев (Татарстан) стал открывать в зарубежных государствах свои собственные посольства под названием представительств. Однажды он дошел до того, что публично заявил, что призванные на территории его республики военнослужащие не будут направляться в Чечню, и т. д. Не менее вызывающе вел себя и московский градоначальник Юрий Лужков, вступивший в конце 90-х годов в политический сговор с Шаймиевым и бросивший перчатку ельцинскому клану. Жена Ю. Лужкова Елена Батурина, используя административные возможности своего мужа, в кратчайший срок превратилась в миллиардершу в долларовом исчислении, захватила лучшую часть строительной индустрии в Москве, а затем вкупе со своими родственниками перенесла свои операции в другие регионы страны. По словам из близкого окружения Ю.Лужкова, грозный с виду и решительный на словах городской голова панически боится своей супруги и не смеет перечить ей ни в чем. Московский клан обладает наибольшими финансовыми ресурсами, потому что все центральные офисы нефтяных и газовых компаний находятся в Москве, а следовательно и налог со своих доходов платят здесь, в столице. По самым упрощенным расчетам, в белокаменном стольном граде находятся более 70 % всех российских банков и частных компаний. Московская земля безумно дорога, один ее квадратный метр стоит больше, чем 10 квадратных километров в иных регионах. Контроль над Москвой дает огромные и неоспоримые материальные и политические преимущества. Покойная демократка Галина Старовойтова, убитая за то, что везла в чемоданчике 1 млн долларов, любила повторять, что нет необходимости стараться привлечь на свою сторону российскую провинцию. Россия будет следовать примеру Москвы: «Что решат здесь, то будет законом и там!».
С такими тяжеловесами, самодостаточными и взаимосвязанными, пришлось столкнуться новой власти. Эти региональные вожди, разумеется, представляли опасность для целостности страны. Если кто-то из них и любил использовать в политической риторике тему общероссийских интересов, общегосударственных целей, то это лишь раскрывало глубину их политических амбиций и заблаговременную подготовку к возможному выдвижению своей кандидатуры на высший пост в государстве. Основным же содержанием их каждодневной работы, сердцевиной их мировоззрения, оставались все-таки заботы и философия удельных князьков.
Во-вторых, резкое ослабление центральной власти в России, а чем дальше от Москвы, тем сильнее чувствуется это ослабление, — привело к тому, что во многих регионах, даже не очень богатых, сформировались местные деловые круги. Выросшие чаще всего из теневой экономики, они решили выдвигать своих кандидатов на посты местных руководителей, чтобы проще решать свои хозяйственные вопросы и свести влияние Москвы до минимума. Особенно наглядно это проявилось в 2002 году, во время выборов губернатора Приморского края. Тогда Кремль выставил в качестве своего кандидата Г.В. Апанасенко, заместителя Полномочного представителя президента РФ по Дальнему Востоку. Местные политические и деловые круги в пику ему предложили кандидатуру Сергея Дарькина, абсолютно неизвестного в Центре предпринимателя, о котором ходили самые настораживающие слухи о его связях с теневыми дельцами и просто преступным миром. Кремль использовал все известные ему приемы избирательной политтехнологи, но все впустую. Его кандидат провалился, а победа досталась именно С. Дарькину. Пришлось признавать свое поражение и думать, что делать дальше. Чтобы не накликать еще большей беды, власть была вынуждена ладить и с С. Дарькиным, а то ведь, неровен час, и Дальний Восток может отделиться, вспомнив пример Дальневосточной республики, существовавшей в годы Гражданской войны.
Такая же опасность нависла и продолжает усиливаться в Калининградской области, где прежний губернатор Леонид Горбенко (избран в 1996 г.) настолько сросся с местной мафией, что его пришлось с немалым трудом заменять новым руководителем, на этот раз адмиралом В. Егоровым, до последнего момента командовавшим Балтийским флотом. Когда закончился срок В. Егорова, пришлось направить в Калининград московского чиновника Г. Бооса.