Поражение восстания в Литве было в значительной степени связано с тем, что его организаторы не опирались на широкие крестьянские массы. В своих политических программах они даже не ставили задачу решения крестьянского вопроса. Между тем трудности крестьянства в Литве в 20–30-е годы возросли в связи с ухудшением условий хлебного рынка. Помещики пытались переориентировать свои хозяйства на другие отрасли (овцеводство, свеклосахарное производство). Расширение помещичьего производства сопровождалось обезземеливанием крестьян. Между тем повторявшиеся из года в год неурожаи ставили их на грань голодной смерти.
Проявлением невозможности крестьян сводить концы с концами стал их уход на заработки. Многие литовские крестьяне уходили в города России и становились рабочими. Началась и массовая эмиграция литовцев за пределы России. Другими свидетельствами отчаянного положения литовских крестьян стали восстания 1830, 1831, 1838, 1842, 1843, 1847 годов.
Новой причиной для волнений стала подготовка крестьянской реформы. 20 ноября 1857 года в царском рескрипте генерал-губернатору трех западных провинций В.Н. Назимову было разрешено помещикам Витебской, Гродненской и Ковненской губерний образовать дворянские губернские комитеты для составления проектов освобождения крепостных. В основу проектов были положены следующие принципы: 1) считать всю землю в дворянских имениях помещичьей и предоставлять крестьянам в собственность за выкуп только усадьбы, а земельные наделы давать лишь в пользование за установленные законом повинности; 2) сохранить полицейскую власть помещиков над крестьянами; 3) обеспечить исправное поступление в казну податей и других денежных сборов с крестьян. Фактически правительство передавало отмену крепостного права в руки помещиков, сохраняя за ними их земельную собственность и власть над крестьянами.
В 1859 году в Литве (как и в ряде других западных российских губерний) произошли крестьянские выступления против откупщиков. Крестьяне громили питейные лавки, избивали продавцов вина, местных чиновников.
Новые волнения в Литве вспыхнули после объявления о крестьянской реформе 19 февраля 1861 года. Как говорится в «Истории Литовской ССР», «крестьяне считали, что в результате отмены крепостного права они сразу же приобретали личную свободу, а провозглашаемые перемены в землепользовании толковали по-своему как безусловное и безвозмездное получение земли, которой пользовались. Они отказывались отбывать помещикам повинности, особенно барщину». Наибольшие волнения (всего их было 145) произошли в Вильнюсском и Швенческом уездах Вильнюсской губернии и Каунасском, Расейнском, Паневежеском и Зарасайском уездах Ковненской губернии.
В следующем, 1862 году крестьяне выступали против создания сословного крестьянского управления и института мировых посредников, а также против взыскания натуральных повинностей и введения уставных грамот.
В городах же в 1861 году были проведены сотни политических манифестаций под религиознопатриотическими лозунгами национального возрождения и защиты католической религии. Эти манифестации проводились одновременно с подобными манифестациями в Польше. Особенно мощной была манифестация 12 августа 1861 года по случаю 300-летия Люблинской унии. В загородном лесу под Вильнюсом состоялось собрание 20 тысяч человек, в ходе которого звучали религиозные гимны, произносили патриотические речи, пели песни на польском и литовском языках. Массовое шествие, состоявшееся в этот же день в Каунасе, пробилось через кордон полиции и казаков и прошло по мосту через Неман, где соединилось с таким же шествием на польском берегу.
Очередное шествие в Вильнюсе 18 августа 1861 года, в котором приняло участие 5 тысяч человек, закончилось столкновением с полицией. В ответ 3 сентября 1861 года было введено военное положение в Вильнюсе и Виленском уезде (отменено 14 октября 1862 года), почти во всей Ковненской губернии. Манифестации прекратились, но подспудно началась подготовка к восстанию.
После манифестаций 1861 года в Литве стали создаваться кружки «красных», в которых велась идейная подготовка к восстанию. В кружках участвовали литовские интеллигенты, студенты. Летом 1862 года был образован Комитет движения «красных», во главе которого стал адъютант командующего войсками Виленского военного округа Людвик Звеждовский. Затем он был реорганизован в Литовский провинциальный комитет, который возглавил Константин Калиновский. Комитет установил связи с Центральным национальным комитетом в Польше. Интересы Польши в Литовском провинциальном комитете представлял Н. Дюлоран.
Параллельно развивалось движение «белых», в котором участвовали главным образом помещики. Во главе «белых» стоял помещик Якуб Гейштор. «Белые» Литвы были организационно связаны с аналогичной «белой» организацией в Польше. Как сказано в «Истории Литовской ССР», «возможное восстание ими рассматривалось как средство для выдвижения «польского вопроса» на международную дипломатическую арену». Они полагали, что «польский вопрос» может решить коалиция западных держав.
22 января 1863 года Центральный комитет провозгласил себя Временным национальным правительством Польши и в своем манифесте объявил о начале восстания в пределах Речи Посполитой для установления ее независимости. Одновременно провозглашалось: равноправие всех сословий, отмена феодальных повинностей, передача крестьянам собственности помещиков с последующим вознаграждением последних за счет государства, наделением безземельных, принявших участие в восстании, участками земли. Как сказано в «Истории Литовской ССР», «о национальных правах-литовского и белорусского народов в этих документах ничего не говорилось».
Выступление «красных» в Польше было неожиданностью для их соратников в Литве, но они также решили начать восстание. 1 февраля 1863 года Комитет движения «красных» опубликовал манифест и аграрные декреты в духе документов варшавского Центрального комитета. В «Истории Литовской ССР» говорится, что была также принята «Повстанческая инструкция», которая обязывала командиров повстанческих отрядов «истреблять царскую полицию, предавать суду наиболее ярых угнетателей крестьянства».
Однако вскоре возникли разногласия между польским и литовским руководством восстания. Как сказано в «Истории Литовской ССР», «равноправие Литвы с Польшей отстаивали руководители Литовского провинциального комитета. По этому вопросу велись… малоуспешные переговоры с Центральным национальным комитетом. Видный организатор восстания в Ковненской губернии — литовский революционный демократ Антанас Мацкявичюс — добивался для своего народа и гражданских прав, и национального равноправия. Спор Литовского провинциального комитета с Центральным национальным комитетом и Временным национальным правительством шел, по существу, о характере восстания, т. е. должно ли оно в Литве и Белоруссии ограничиться польскими национально-освободительными целями или следует расширить его на социальной основе до восстания народных масс с широким привлечением литовского крестьянства».
Внешнеполитические враги России решили вновь воспользоваться восстанием в Польше и Литве для нанесения сокрушительного удара по империи. 17 апреля 1863 года Великобритания, Франция и Австрия направили ноты правительству России с требованием «изменить политику в польском вопросе». К этому демаршу присоединились Испания, Португалия, Италия, Швеция, Нидерланды, Дания, Турция и папа римский. 27 июня 1863 года эти страны направили еще более резкие ноты в адрес России.