Усиливалась оппозиция и левых эсеров. 24 июня ЦК левых эсеров принял решение о проведении террористических актов против германских дипломатов с тем, чтобы спровоцировать «революционную войну» против Германии. На своем III съезде (28 июня – 1 июля) левые эсеры приняли решение «всеми доступными средствами выпрямить линию советской политики». Во исполнение этих решений 6 июля левый эсер В.Г. Блюмкин убил посла Германии в России графа В. Мирбаха. Одновременно начался мятеж, во главе которого стоял левоэсеровский отряд ВЧК во главе с Д.И. Поповым. Мятеж начался в разгар V Всероссийского съезда Советов, в котором участвовало 773 большевика, 353 левых эсера, 17 максималистов, 4 анархиста, 1 представитель партии «Паолей Цион», 1 представитель «Дашнакцутюн», 1 правый эсер и 10 беспартийных. Захват власти левыми эсерами во время съезда Советов привел бы к государственному перевороту.
В первые же часы после убийства Мирбаха отряд Попова задержал Ф.Э. Дзержинского. 7 июля мятежники обстреляли Кремль. Однако в тот же день мятеж был подавлен. 13 активных руководителей мятежа были расстреляны. Попов был заочно приговорен к расстрелу. Трое руководителей партии (Камков, Прошьян, Карелин) были заочно приговорены к тюремному заключению. Двое из руководителей мятежа (Спиридонова и Саблин) были осуждены, но уже 29 ноября 1918 года были амнистированы «за прежние заслуги перед революцией».
Тем временем 8 июля подняли мятеж левые эсеры в Петрограде (он был быстро подавлен). 10 июля поднял мятеж командующий Восточным фронтом левый эсер М.А. Муравьев. Он отдал приказ повернуть войска на Германию. Этот мятеж также был разгромлен, а Муравьев был убит в перестрелке.
19 июля 1918 года ЦК принял решение по левым эсерам, в котором говорилось: «Работа с левыми эсерами признается возможной при условии, что товарищи левые эсеры отмежевываются от авантюристического акта своего ЦК, причем дают подписку (каждый от себя лично), что, осуждая этот поступок, считают необходимым работать в направлении беззаветной защиты Советской власти от всяких покушений, с чьей бы стороны они ни исходили».
Однако заговоры, мятежи и война на невидимом фронте не прекращались.
30 августа был убит руководитель Петроградской ЧК М.С. Урицкий. В тот же день правая эсерка Ф. Каплан стреляла в В.И. Ленина и тяжело ранила его. В ответ на покушение на Ленина 5 сентября 1918 года Совнарком принял постановление о «красном терроре». Дзержинский объяснял: «Красный террор был не чем иным, как выражением непреклонной воли беднейшего крестьянства и пролетариата уничтожить всякие попытки восстания против нас».
Позже в приказе №174 от 12 июля 1919 года Ф.Э. Дзержинский писал: «В самом тылу нашей армии происходят взрывы мостов, складов, кража и сокрытие столь необходимого армии оружия… во многих местах замечается усиление бандитизма, ограблений, хищения грузов». Приказ предписывал превратить все чрезвычайные комиссии «в боевые лагеря, готовые в любое время разрушить планы белогвардейских заговорщиков. Все явные и скрытые враги Советской России должны быть на учете ЧК и при малейшей попытке повредить революции должны быть наказаны суровой рукой». Приказ предупреждал: «Никакой пощады изобличенным в белогвардейских заговорах не будет».
Поддерживая суровые меры борьбы против контрреволюции, Ленин говорил: «Я рассуждаю трезво и категорически: что лучше – посадить в тюрьму несколько десятков или сотен подстрекателей, виновных или невиновных, сознательных или несознательных, или потерять тысячи красноармейцев и рабочих? – Первое лучше. И пусть меня обвинят в каких угодно смертных грехах и нарушениях свободы – я признаю себя виновным, а интересы рабочих и крестьян выиграют». (Правда, когда член коллегии ВЧК Мартин Лацис в журнале «Красный террор» написал: «Не ищите в деле обвинительных улик о том, восстал ли подозреваемый против Советов оружием или словом», Ленин решительно осудил Лациса.)
Несмотря на свое стремление отмежеваться от методов правления буржуазии, сама логика революции и Гражданской войны заставляла советских руководителей идти по тому же пути, по которому шла любая власть в ходе буржуазных революций и гражданских войн в капиталистических странах. Так, в ходе Гражданской войны в США (1861-1865 гг.) создание тайных заговорщических организаций в тылу своих противников и их подрывная деятельность (одной из жертв которой пал президент США Авраам Линкольн) заставляли правительства Севера и Юга принимать меры, которые шли вразрез с правовыми и конституционными нормами американских штатов. Хотя А. Линкольн вошел в историю США как символ борьбы за демократию, именно его правительство разрешило, чтобы лиц, «подозреваемых в нелояльности и шпионаже, арестовывать и содержать в военных тюрьмах без суда в течение неопределенного времени». Десятки тысяч людей были арестованы и заключены в тюрьмы. Аналогичные действия предприняло и правительство Конфедерации.
В то же время усиление в стране охоты за тайными врагами неизбежно порождает обстановку массовой паранойи. По словам персонажа из рассказа Марка Твена, на Севере в годы Гражданской войны «конца не было слухам о шпионах мятежников, – говорили, что они проникают всюду, чтобы взрывать форты, поджигать наши гостиницы, засылать в наши города отравленную одежду и прочее в том же духе». Следствием распространения аналогичных настроений в Советской России стали аресты невиновных людей, случайно заподозренных в подрывной деятельности. По этой причине сбившиеся с пути председатель ВЦИК М.И. Калинин и председатель ЦИК Украины, бывший депутат Госдумы от большевиков Г.И. Петровский были чуть не расстреляны бойцами С.М. Буденного по подозрению, что они – шпионы белых. Да и сам С.М. Буденный, встретив задержанных вождей советской власти, решил по их «внешнему виду», что они или меньшевики, или эсеры. Подобных историй в Гражданскую войну было немало, и не все они кончались так же благополучно.
После многочисленных заговоров и мятежей, измен и предательств членов небольшевистских партий подозрения вызывали все представители свергнутых классов, все члены небольшевистских партий, а также и коммунисты, которые могли стать соучастниками белых. Огульное проведение красного террора не пощадило ни царя, ни членов царской семьи, расстрелянных в Екатеринбурге и в ряде других городов, ни вождей красного казачества Миронова и Думенко, ни многих бывших царских офицеров, ни красных комиссаров, ложно обвиненных в измене делу пролетарской революции.
Хотя небольшевистские социалистические партии не были запрещены, их представительство на Всероссийских съездах Советов неуклонно сокращалось. На VI Всероссийском съезде Советов (6-9 ноября 1918 года) из 1296 делегатов лишь 32 представляли другие партии, а беспартийных было 4. На VII Всероссийском съезде Советов (5-9 декабря 1919 года) из 1011 делегатов коммунистов было 970, беспартийных – 35, революционных коммунистов – 3, боротьбистов – 1, от партии Паолей-Цион – 1, анархистов-коммунистов – 1. На VIII съезде (22-29 декабря 1920 года) из 2537 делегатов коммунистов было 2284, «сочувствующих коммунистам» – 67, беспартийных – 98, меньшевиков – 8, бундовцев – 8, левых эсеров – 2. Хотя небольшевистские социалистические партии оставались в стране, многие из их членов вступали в ряды РКП(б).