Стрельцы регулярно являлись в Кремль, ежедневно по два полка. Их кормили, Софья собственноручно обносила их чарками и хвалила, завоевывая популярность. И от них последовало новое требование — созвать Земский Собор. Состоялся он сразу, 23 мая, поэтому, конечно, представлена была не вся страна, а только Москва. И Собор возвел на трон обоих царевичей. Иван становился «первым царем», а Петр — «вторым». А 29 мая, уже без всякого Собора, стрельцы предъявили еще одно требование. Что за недееспособностью братьев, правительницей при них нужно сделать Софью. 25 июня состоялась коронация Ивана и Петра, для чего были изготовлены «шапка Мономаха второго разряда» (для Петра) и трон с сиденьем, разделенным на две части. А сзади находилась скамеечка, где должна была сидеть регентша Софья, подсказывая царям ответы на торжествах и приемах.
Обнаглевшие горлопаны, верховодившие стрельцами, чувствовали себя полными хозяевами. Бесчинствовали и своевольничали. Еще двоих героев войны, генерала Кравкова и полковника Барсукова, схватили, били и мучили на «правеже» за мнимые долги, дома разграбили. Заслуженного полковника Янова, вспомнив его строгость, вызвали с границы в Москву и казнили. Но по мере угасания «революционного» взрыва большинство стрельцов стало браться за ум. Понимали, что Москва — это еще не вся Россия, а их полки — не вся армия. Правда, страна оказалась парализованной. Сперва не понимала, что происходит в Москве, а потом последовали указы Софьи и Боярской Думы, оправдывающие бунт. Но ведь если продолжать беспредел, провинция могла вмешаться…
Значительная часть стрельцов оказалась вовлечена лишь в общую струю бунта, в убийствах не участвовала. И считала, что уже хватит. «Законную» власть восстановили, деньги обещаны, чего ж еще надо? Пора к нормальной службе возвращаться. Но самая забубенная вольница вошла во вкус грабить и диктовать волю властям. И на волне этих настроений Хованский попытался продолжить «революцию» — под новыми идеологическими лозунгами. В роли стрелецкого лидера он казался всемогущим, и под его крыло отовсюду стекались проповедники раскола. Предвкушали сокрушение и гибель «никониан». Под предводительством Никиты Пустосвята толпа староверов и примкнувших к ним стрельцов вторглась в Успенский собор, прервала богослужение, изгнала патриарха. И Хованский подбил стрельцов потребовать диспут между представителями старообрядческой и реформированной церквей.
Он состоялся 5 июля в Грановитой палате. Официальную церковь представляли патриарх и холмогорский архиепископ Афанасий, раскольников — Никита Пустосвят с несколькими сторонниками. Пришли Софья, ее тетка Татьяна Михайловна, царица Наталья, царевна Марья Алексеевна. (Кстати, никого не удивило, что на церковном соборе присутствует столько женщин. В России это было уже обычным). Стороны друг друга не слушали. Патриарх и Афанасий начали объяснять греческие тексты. А Никита и иже с ним объявили, что пришли не толковать о грамматике греческой, а утверждать истинную веру. Спор разгорелся, вышел «за рамки». Старообрядцы стали хватать иерархов за бороды. По некоторым версиям, полетели и заготовленные камни. И «болельщики» из числа стрельцов в азарте уже были готовы поддержать «свою команду». Спасла положение Софья. Встала и крикнула: «Нас и все царство на шестерых чернецов не променяйте!» Тут-то и выяснилось, что большинство стрельцов к староверчеству совершенно равнодушно. Они сразу одумались и с криками: «Вы, бунтовщики, возмутили всем царством!» взялись бить и выгонять раскольников. Которые, выйдя на площадь, все равно объявили себя победителями в диспуте. Но Софья уже поняла истинный расклад сил, пригласила выборных от полков, опять обносила вином, рассыпала деньги и обещания. Убедилась, что настоящей поддержки раскольники не имеют, и велела схватить их. Пустосвята обезглавили, остальных сослали по монастырям. И ни один полк за них не вступился.
Планы Хованского провалились. Теперь он мог держаться только до тех пор, пока двор и правительство оставались в заложниках у стрельцов. Ходили слухи, будто он намерен истребить царский род и самому стать царем. Иван Милославский, на всякой случай удравший в деревню, писал в Москву, что Хованский хочет потребовать в жены царевну Екатерину, младшую сестру Софьи, и получить, таким образом, право на престол. Что очень сомнительно. Стрельцы никогда не поддержали бы переворот против законной династии. Возможно, имела место пьяная «тараруйская» болтовня. Но правительница и не стала этого уточнять. Усыпив бдительность стрельцов, она 19 августа отправилась со всей родней в Донской монастырь на храмовый праздник. А оттуда, прежде чем возвращаться в Москву, завернула в Коломенское. А оттуда выехала вовсе и не в Москву, а в объезд, в Троице-Сергиев монастырь.
И разослала тайные приказы собирать войска, Петру Урусову — в Переславле-Залесском, Алексею Шеину — в Коломне, Владимиру Долгорукову — в Серпухове. Москва бралась в кольцо. В Троицу были вызваны верные части — Сухарев полк, солдаты и рейтары. А Хованскому направили похвальную грамоту и приглашение прибыть к правительнице. На именины, в день Св. Софии. Старый воевода поколебался, но поехал, уверенный в своем всесилии. Некоторые авторы сообщают, что его поманили как раз возможностью брака с Екатериной Алексеевной. Но в с. Пушкино его ждал отряд боярина Михаила Лыкова. 17 сентября Хованского с сыном и сопровождающими стрельцами схватили и без каких-либо церемоний всем отрубили головы.
Младший сын Хованского, служивший стольником у Петра, узнал о казни, сбежал в Москву и сообщил стрельцам. Те забушевали, захватили арсеналы, укрепились, чуть не убили присланного к патриарху стольника Зиновьева. Грозили пойти и разорить Троицу. Но единого командования не было. Стало известно, что у Троице-Сергиева монастыря собралось 30 тыс. войска, что другие дороги в Москву перекрыты полками. Тут-то стрельцы оробели. Призадумались о последствиях того, что натворили. И покорились. Попросили патриарха заступиться за них, сами выдали зачинщиков. Послали выборных, отдававших себя на милость государей — каждые двое несли перед собой плаху, а третий — топор. Софья изъявила готовность к прощению, если стрельцы разоружатся и покаются в своих винах.
30 человек были казнены, младшие Хованские сосланы, направленный в Москву боярин Головин собрал награбленное имущество, вернув владельцам или их наследникам. Наконец, стрельцы догадались, что еще нужно правительнице. Подали челобитную, чтобы им позволили сломать свой «триумфальный» столб на Красной площади и вернуть похвальные грамоты за мятеж. Только после этого двор вернулся в Москву. Стрельцы встречали его, падая ниц. Голицын произвел новое следствие, казнив еще некоторых участников бунта (или тех, кто слишком много знал). 12 стрелецких полков были высланы на пограничную службу, а вместо них начали формировать 5 новых… За всеми этими передрягами прошло почти незамеченным очень важное событие. Турция повела себя весьма благородно, воспользоваться российской смутой не пожелала, и летом ратифицировала соглашение о мире. И именно Константинопольским договором 1682 г. (а отнюдь не Переяславской радой 1654 г.) завершилась полоса войн за воссоединение России с Левобережной Украиной.
От имени царей Ивана и Петра были направлены посольства в Стокгольм, Варшаву, Вену, Копенгаген, Стамбул, Исфахан — известить об их восшествии на престол и о том, что они подтверждают все прежние договоры. Хотя власть братьев сразу стала номинальной. Пока бушевала хованщина, Софья держала в почете и задабривала перепуганных Наталью и Петра — чтобы повстанцы не обрели в их лице нового знамени. А когда такая надобность отпала, их отбросили. Доходило до грубостей и угроз, что их вообще «прогонят от двора». И Наталья с сыном от греха подальше окончательно перебрались в Преображенское.