Устройством поселений часто занимались «слободчики» из деловитых крестьян. Выбирали места для деревень, подавали челобитную уездному воеводе, и он присылал чиновника для отмежевания земли. Правительство доверяло слободчикам управление деревнями, и если не было жалоб на нарушение законов, в их дела не вмешивалось. Одним из них стал Ерофей Хабаров. Устюжский крестьянин, он в 1628 г. поехал в Мангазею в надежде разбогатеть на пушном промысле. Не получилось. Но через несколько лет он снова ушел в Сибирь, обосновался у устья р. Киренги, нанял работников, в 1640-х у него уже было 26 десятин пашни, собственные кузницы, мельницы, соляные варницы, он занялся торговлей, извозом, ростовщичеством.
В 1649 г. в Якутск прибыл из Москвы новый воевода Дмитрий Францбеков. Точнее — Ференцбах, он был из ливонских немцев, служил в Посольском приказе и в 1630-х стал первым русским резидентом (постоянным послом) в Швеции. Прижился в нашей стране, «обрусел», перейдя в православие. Он был энергичным и инициативным администратором, и к нему-то и обратился Хабаров с проектом освоения Приамурья. Увы, Францбеков оказался еще и энергичным «махинатором». Впрочем, он ведь был назначен еще правительством Морозова, вот и привез в Якутию те же методы хищничества. Хабарова он поддержал, но предприятию был придан частный характер. Воевода вошел в долю с Хабаровым и под видом личных средств вложил казенные, задержав жалованье служилым. Кроме того, снабдил экспедицию хлебом, который попросту отобрал у приказчиков купца Гусельникова. Хабаров сформировал отряд в 70 человек и выступил на Амур. Поднявшись по Лене, заложил г. Олекминск, потом двинулся по Олекме, перебрался на р. Урку и достиг Амура, где основал Даурский городок.
А на Колыме в 1650 г. казак Мотора получил полномочия быть официальным приказчиком на Анадыри и предпринял второй поход через горы. Его догнала и присоединилась группа Стадухина и Бугра, решивших вместо нового плавания попробовать пеший вариант. Вместе стало 39 человек, и дошли благополучно — этот путь оказался намного удобнее и безопаснее морского. Обнаружили острожек Дежнева, однако отношения сразу испортились. Стадухин был человеком властолюбивым, жестким. Напал на поселения уже объясаченных юкагиров и пограбил их, нарушив наладившиеся контакты. Возник и спор за власть. Дежнев признал Мотору начальником, но Стадухин, будучи пятидесятником, подчиняться рядовому казаку не желал, да и к Дежневу, бывшему подчиненному, относился свысока. Встал отдельным лагерем. Его люди схватили вдруг Мотору, и Стадухин угрожал ему расправой, требуя, чтобы тот письменно отрекся от своих прав начальника.
Мотора для вида подписал требуемую бумагу, но, улучив момент, убежал к Дежневу и стал переманивать к себе казаков из лагеря Стадухина. Едва не дошло до войны. И Дежнев с Моторой, чтобы избежать междоусобицы, решили со своими сторонниками уйти на р. Пенжину. Ан не получилось. Сбились с пути, проплутали три недели и вынуждены были вернуться. А в это время из-за бесчинств и притеснений Стадухина восстали юкагиры, убили 9 сборщиков ясака. И обоим отрядам пришлось объединить силы. Вместе предприняли поход на «острожек», где укрепились оноулы. При штурме погибли 4 казака, нескольких ранило, но острожек захватили и юкагиров замирили, взяв у них вождя в аманаты.
И все-таки даже и после совместных боев противоречия между отрядами не сгладились. Опять жили разными лагерями. К тому же люди Дежнева и Моторы из-за неудачного похода на Пенжину и последующей войны не смогли заготовить достаточно припасов, зима стала для них голодной. Хорошо кормили только аманата, отдавая ему пойманную рыбу, — восстановить добрые отношения с местными было важнее. Стадухин помочь и не подумал. Мало того, когда несколько казаков во главе с Захаровым отправились по окрестностям охотиться и выменивать, у юкагиров продовольствие, пятидесятник со своими подчиненными напал на них, избил и отобрал все, что им удалось добыть. И тут уж даже самые миролюбивые взялись за топоры и пищали. Ситуация была на грани кровопролития. Но действия Стадухина вызвали возмущение в его собственном лагере. Бугор со своей пиратской ватагой перешел к Моторе и Дежневу. Претендент на лидерство остался в меньшинстве и вынужден был уступить — удалиться прочь. Стадухинцы ушли на р. Пенжину. Правда, закрепиться там не смогли, против них вооружились коряки, начались нападения. И группа двинулась дальше, на р. Гижигу. Здесь построила суда, вышла в Охотское море и добралась до Толуйской губы, где соорудила острожек.
Полярное мореходство в этот период достигло расцвета. Где-то около 1650 г. сын боярской Василий Власьев и целовальник Кирилл Колкин предприняли плавание на Чукотку, установили контакты с «чухоцкими мужиками». Голландский географ Витсен сообщал, что русские многократно плавали от Мангазеи вокруг Таймыра и далее до Лены. Морское сообщение между Леной и Колымой стало регулярным — садись на попутное судно и плыви. И исследователь М. И. Белов насчитал за 50 лет 177 одиночных и групповых плаваний в Ледовитом океане у берегов Сибири — но это только те плавания, которые зафиксировались в дошедших до нас документах. А обычные «каботажные» рейсы, когда не случилось ничего особенного, никто не считал нужным описывать.
В Якутске же назрело некое подобие «соляного бунта». Юрий Селиверстов собрал 15 человек для нового похода на Анадырь. Подал челобитную Францбекову, и тот опять снарядил экспедицию как бы частную. Но под видом личных средств дал «в долг» казенные 3 тыс. руб. Тем самым опустошив казначейство и оставив служилых без жалованья. Народ возмутился и выразил это своеобразным способом. Некий Никита Малахов стал всем рассказывать, будто во сне ему явился св. Алексий, Божий человек, и велел не пускать Францбекова в церковь, «пока не прекратит воровства». И в день св. Алексия прихожане дружно зашикали на воеводу и прогнали из храма. Он, понятно, осерчал, быстро докопался, откуда ветер дует, и арестовал Никиту. Но тот прилюдно «обличил неправды» воеводы, жалоба пошла в Москву.
А в столице купец Василий Гусельников уже получил письмо от своих приказчиков, которых обобрал воевода. И обратился непосредственно к царю. Поднялся скандал. Даже шведский резидент Родес сообщал в Стокгольм о ходивших слухах, что Францбеков «ограбил всю Сибирь» и сбежал в Китай. Кстати, Родес доносил и о том, что русские достигли земель, близких к Америке. Ни от Дежнева, ни от Стадухина еще никто не возвращался, но в Москве об этом откуда-то узнали. Вероятно, информация распространялась по цепочке сибирскими племенами и дошла до воевод. А вот насчет побега в Китай Родес ошибся. Францбекова сняли, было назначено расследование, с него взыскали огромную сумму, конфисковали имущество, и карьера казнокрада на сем кончилась.
Ну а пока в Якутске и Москве разыгрывалась эта история, в дальние края отправлялись новые отряды. В 1651 г. Иван Баранов с группой «охочих людей» прошел с Колымы на Гижигу, к Охотскому морю. Есть сведения, что примерно в это время десятник Иван Меркурьев Рубец достиг Камчатки. А по следам Хабарова пошли 27 человек во главе с Иваном Нагибой. Но с хабаровцами они каким-то образом разминулись. Построили судно и совершили сквозное плавание по Амуру, причем с непрерывными боями — местные жители встречали враждебно. Из устья реки вышли в море, но судно было раздавлено льдами у Шантарских островов. Экспедиции удалось спастись, и она сухим путем вернулась в Якутск, собрав большой ясак у тунгусов. Впрочем, ясак был неудивительным — современников удивило другое. Что отряд после всех передряг сумел вернуться в полном составе, не потеряв ни одного человека.