В походах Алексей Михайлович в значительной мере вышел из-под влияния Никона. Он успел оценить людей совершенно другого склада — тех, кто окружал его на войне. Полководцев Трубецкого и Долгорукова, лихих командиров Хитрово, Стрешнева, Матвеева, Урусова. А когда вернулся в столицу и непосредственно занялся государственными делами, вдруг выяснилось, что казна… пуста. Поскольку в дополнение к военным тратам Никон без счета черпал средства на строительство своей резиденции, храмов и монастырей. И финансовая проблема встала настолько остро, что правительству пришлось прибегать к чрезвычайным мерам — кроме серебряных рублей, ввести в обращение медные. По сути, это означало инфляцию. А финансы Алексей Михайлович взял под личный контроль, что привело к первой размолвке с патриархом. Царь распорядился выдавать деньги только с его разрешения. Никон же привык их расходовать неограниченно, затребовал в приказе Большой Казны очередные суммы для строительства Нового Иерусалима и получил отказ. Тогда он явился к государю и учинил скандал — вплоть до заявления, что «отряхает прах со своих ног» и во дворец больше не придет. Алексей Михайлович был человеком набожным, а по натуре не конфликтным, он вообще не любил ссор. Поэтому пошел на уступки патриарху, и согласие восстановилось. Но трещинка между ними осталась.
Остались и финансовые трудности, диктуя необходимость скорейшего заключения мира. Да, в общем-то, и смысла продолжать войну не было. Все земли Речи Посполитой, на которые претендовала Россия, она уже заняла. Захваты в Лифляндии тоже казались достаточными, чтобы выторговать выгодные условия, и Боярская Дума постановила: «Промышлять всякими мерами, чтобы привести шведов к миру». Но выйти из войны было отнюдь не просто. Ситуация в Восточной Европе менялась, как в калейдоскопе. Польша, всего год назад молившая о покровительстве, изгнала шведов. Ян Казимир возвратился в свою столицу. Радзивилл был объявлен изменником, великим гетманом Литовским стал Гонсевский, а польным гетманом — Сапега. И тон поляков на переговорах резко изменился. Об уступке Белоруссии, Украины, даже Смоленска они и слышать не желали. Упрямо требовали признать границу по старому, Поляновскому договору, а Алексея Михайловича удовлетворить обещаниями, что его изберут королем после смерти Яна Казимира. Дескать, тогда он и получит власть над польскими владениями, в том числе над Украиной и Белоруссией. Чего ж еще надо?
Разумеется, подобные увертки обмануть московских дипломатов не могли. А паны и шляхта, воодушевившись победами над шведами, призывали точно так же изгнать и русских. Возникла реальная угроза войны на два фронта. И приоритет при таком раскладе смещался на польское направление. Уже в конце 1656 г., сразу по окончании похода в Лифляндию, с северного театра были отозваны Трубецкой и Долгоруков. Сильный корпус сосредотачивался в Полоцке, откуда, по обстановке, можно было действовать как против шведов, так и против поляков. Но и Карл X с потерей лифляндских городов не смирился и вознамерился взять реванш. В Прибалтику были переброшены дополнительные силы. И в начале 1657 г. шведы выступили на Россию. Расчет был на внезапность. Двигались форсированными маршами, обходили стороной крепости, нацеливаясь прямо на Псков. Русское командование на этом участке возглавлял Лев Измайлов. Разведка сработала четко, о приближении противника узнали. Своевременно дали сигнал тревоги, Измайлов стал собирать ратников. А Псков встретил шведов запертыми воротами и изготовившимися к бою пушками. Атаки были отбиты. Вести осаду в условиях зимы было бы безумием, на помощь псковичам могли подойти части из Новгорода, Полоцка, Лифляндии. И, понеся потери от морозов, шведы ушли обратно.
После этого Карл X перенес усилия на другое направление. Сумел подстегнуть Бранденбург к активизации союза и весной вместе с армиями курфюрста и трансильванского князя Ракоци опять развернул наступление на поляков, побил их в нескольких сражениях и занял значительную территорию, дойдя до Бреста. Ну а в Москве при обсуждении планов на 1657 г. было решено ограничиться на западе обороной. Считалось важнее удержать приобретения и искать пути к миру. А наступательную операцию планировалось провести только на юге — перебросить туда часть высвободившихся войск и вместе с Хмельницким нанести удар по крымцам, отбить у них охоту к набегам на Украину.
Но стали обостряться противоречия на самой Украине. В Киеве умер митрополит Косов. И среди духовенства разгорелась борьба за избрание его преемника, углубившая разделение на «промосковскую» и «антимосковскую» партии. А Хмельницкий вновь увлекся самостийной дипломатией. Повел переговоры со шведами и Ракоци и… заключил с ними союз и договор о разделе Речи Посполитой. Польская корона при этом должна была достаться Ракоци, а Богдан выделял ему в помощь 12 тыс. казаков. Юридически это могло квалифицироваться только как измена — царь находился в состоянии войны с Карлом X, а гетман вступал с ним в альянс и давал войска! Русская дипломатия и разведка свой хлеб ели не зря, о договоре узнали сразу. Но Алексей Михайлович ссориться с Хмельницким не хотел и послал к нему Федора Бутурлина, который передал лишь выговор в очень мягкой форме.
Богдан отвечал, что вовсе не желает изменять Москве, но что сам царь «учинил над ним и над всем Войском Запорожским свое немилосердие: помирился с поляками и хотел их отдать в руки полякам». Чего, конечно, и в помине не было — но Украина жила слухами и сплетнями, распускавшимися и недоброхотами русских, и самими поляками. Однако в ходе переговоров доверие было восстановлено. Хмельницкий, в свою очередь, представил доказательства польского коварства: в то самое время как паны заговаривали зубы нашим послам, Ян Казимир обратился к турецкому султану с предложением союза против Москвы. Казаки перехватили гонцов, везших эту грамоту, и Богдан передал ее Бутурлину для царя. А связи, которые он установил со шведами, Алексей Михайлович разрешил продолжать — но использовать их для того, чтобы склонять Карла к миру. Ордин-Нащокин тоже получил инструкцию установить контакты с Делагарди.
Шла подготовка к наступлению на татар. Предполагалось ударить с двух сторон, с Украины и Дона. В помощь украинцам было отправлено 10 тыс. русских ратников, а на Дон был послан князь Семен Пожарский с войсками. Но Хмельницкий уже тяжело болел. Капризничал, под предлогом хворобы отказывался принимать царских послов. Узнав об этом, поляки прислали к нему очередных эмиссаров, склоняя к разрыву с Россией. Что ж, Богдан отрезал им однозначно: «Я одной ногою стою в могиле и на закате дней моих не прогневлю небо нарушением обета царю Московскому». Возглавить поход он уже не смог, поставил наказным (т. е. назначенным) гетманом миргородского полковника Лесницкого, вручив ему знаки власти, булаву и бунчук. Самого же Богдана теперь волновало другое. Он мечтал сделать гетманство наследственным. После смерти старшего сына Тимофея он всю любовь перенес на младшего, 16-летнего Юрия. В отцовской слепоте не замечая, что он нисколько не похож на брата, труслив и бездарен. Богдан уговорил полковников, чтобы те признали сына его преемником, просил о том же Алексея Михайловича. И царь не возражал — мол, как сами решите, так и будет.
Но старшина соглашалась с гетманом только для вида. Административная система «полков», благодаря которой Хмельницкий организовал войско, имела и обратную сторону. Полковники стали «удельными князьями» в своих владениях. Каждый содержал контингенты воинов-профессионалов, целиком зависевших от командира и преданных персонально ему. Старшина основательно поживилась землями и имуществом магнатов, угнездилась в их замках и сама чувствовала себя новыми магнатами. Многие справедливо опасались, что под властью царя вести «панский» образ жизни и быть полновластными хозяевами над подданными им не очень-то позволят. И составили «шляхетскую» партию. Ее лидером стал генеральный писарь Иван Выговский. Поляк-перебежчик, сумевший втереться в доверие к Хмельницкому и женившийся на его дочери. В период болезни Богдана он все решительнее прибирал к рукам власть в гетманской ставке.