Осложнил обстановку в стране и мятеж казака Василия Уса. Хотя взбунтовался-то он не против царя, а против донских атаманский властей. Самовольно набрал удальцов и пошел в Москву наниматься на службу. Они остановились у Тулы и послали царю челобитную. Правительству дополнительные военные силы не требовались, и казакам ответили, чтобы они возвращались на Дон. Но Ус остался на месте, «самоснабжаясь» за счет населения, в лагере шли гулянки, и атаман объявлял, что принимает в свое «войско» всех желающих. К нему стекались бродяги, вольница, помещичьи крестьяне. А с Дона, узнав о веселом житье-бытье под Тулой, подтягивались другие добровольцы. Ширились грабежи. Правительство более решительно потребовало от казаков выдать беглых и идти по домам. Ус опять проигнорировал. Тогда из Москвы выступил отряд Юрия Барятинского. Драться против своих донцы не были настроены — они же «в службу» стремились. И ушли обратно. Но и беглых с собой увели.
А переговоры с поляками затягивались. Паны ерепенились и вели себя так, будто не Россия разбила их в пух и прах, а могучая Речь Посполитая угрожала Москве. Мало того, нарушив соглашение, отряд полковника Чернавского совершил нападение на Витебск. Россия отреагировала. Полки под командованием Черкасского, Прозоровского и Воротынского опять двинулись на запад. Единым духом взяли Шклов и Копысь, подступили к Могилеву. С Украины части Брюховецкого и стародубского воеводы Волконского выступили на Пропойск и Гомель. А царь потребовал прервать переговоры и перенести их в Москву. Ордин-Нащокин возмущался, жаловался Алексею Михайловичу, что ему всю дипломатию срывают.
Но демонстрация помогла, поляки сбавили тон. Впрочем, ненадолго — получалось так, что позиция послов напрямую зависит от общей политической ситуации. Королю же в это время удалось помириться с мятежником Любомирским, а на Левобережье вновь напали Дорошенко и хан. И польская делегация опять задрала носы, ставила ультиматумы, угрожая уехать из Андрусова и продолжить войну. Правда, старых границ паны больше не упоминали, но хотели получить Киев, Динабург, Запорожье и все города Левобережья, захваченные Дорошенко. А король стал перебрасывать войска в Белоруссию, его отряды совершали рейды к Витебску, Полоцку, вторглись на русскую территорию, двинувшись к Великим Лукам и Пскову. Но татар и Дорошенко на Украине разбили. Драгуны Косагова и казаки Брюховецкого в ответ совершили успешный поход на Правобережье. Разгромили и литовцев на Псковщине и в великолукской земле. И переговоры покатились по следующему кругу…
Осенью приехали в Москву и восточные патриархи. Макарий Антиохийский, хотя и был раньше рьяным соратником Никона, теперь быстро смекнул, откуда светит максимальная выгода, — и поддержал царя. Его сторону принял и Паисий Александрийский. И в декабре открылся собор, на который съехалось русское духовенство и ряд греческих митрополитов, епископов, архимандритов. Никон вел себя вызывающе. Сперва вообще колебался, являться ему на суд, отказывался ехать в Москву. Потом все же прибыл. Но полномочий прежнего «друга» Макария (возлагавшего на него патриаршью митру!) и Паисия не признавал, обзывал их «бродягами турецкими». Грамоты патриархов Константинопольского и Иерусалимского тоже не признавал — он, дескать, их «руки не знает», так, может, и подложные? Снова катил бочки на государя и своих недругов, утверждал, что его престол выше царского.
Алексей Михайлович, напротив, проявил чрезвычайную корректность. Никону как подсудимому требовалось стоять, он этим возмутился — тогда и царь тоже встал и простоял все долгое заседание. Разбирались с обвинениями, которые Никон излил в письме в Константинополь, с незаконным заточением им коломенского епископа Павла, с «анафемами» за любую мелочь, с патриаршими поборами, когда он был у власти. Никон грубо огрызался. Митрополиту Питириму отрезал: «Чтоб тебе обезуметь», бояр величал «еретиками». А когда стали вычитывать его вины и наказания, которые следуют за них по правилам Вселенских Соборов, он взял на вооружение обычный довод старообрядцев: «Греческие правила не прямые — печатали их еретики». Собор обвинил его в том, что Никон возвысил церковь над государством, произносил хулы на царя, самовольно оставил престол, допускал жестокость, вмешивался не в свои дела. По некоторым пунктам, особенно о хуле на царя, приговор мог быть очень суровым. Но Алексей Михайлович этого не желал. Ограничились тем, что лишили Никона сана патриарха и сослали в Ферапонтов монастырь на Кубенском озере.
Собор внес ясность в спор о приоритете светской и духовной власти, указав, что в ведении патриарха должны находиться только церковные вопросы. Был упразднен институт светских архиерейских чиновников. А новым патриархом избрали митрополита Тверского Иоасафа. Но чтобы низложение Никона не было воспринято превратно, собор одновременно утвердил церковные реформы. Из монастыря привезли Аввакума, Лазаря, Епифания и Федора, еще раз предложили покаяться. Не тут-то было! Когда их ввели на собор, они архиереям и иконам не поклонились, патриархов заклеймили «еретиками-латынянами». И всю церковь объявили «еретической», храмы называли «храминами», иконы — «идолами», священнослужителей — «жрецами». Их отлучили от церкви, они в ответ провозгласили архиереям анафему. За оскорбление церкви и собора их направили в Земскую избу для предания светскому суду. Присудили к отсечению правой руки и лишению языка. Но царь смягчил наказание. Рук не рубили, а языки только чуть надрезали и сослали в Пустозерскую обитель на Печору. Что дало возможность расколоучителям демонстрировать «чудо»: как у них руки и языки «отросли».
В то время как в Москве разрешился церковный конфликт, в Андрусово продолжался дипломатический. Ордин-Нащокин проявлял вершины изворотливости, устраивал «тайные» встречи с поляками, силясь разобщить их. Все было тщетно. И он откровенно запаниковал. По своим полонофильским симпатиям он вообще очень уважительно относился к панам и попал под влияние исходившей от них информации. Воспринимал за чистую монету их угрозы продолжить войну, впечатлялся сведениями о подготовке нового похода Дорошенко и хана. А силы и возможности России недооценивал. И писал царю, что надо соглашаться на все требования, поскольку «польские и литовские войска безстрашны войну весть и мир становить как им надобен, в силе». Государю пришлось одернуть Ордина-Нащокина, временно запретить ему встречи с поляками, в Москву для доклада вызвали его помощника Богданова. Обсудив с ним ситуацию, государь и бояре решили кроме Полоцка и Витебска сделать еще одну уступку — отдать Динабург. Но чуть-чуть поспешили…
Потому что Дорошенко и татары, битые на Левобережье, туда не пошли. А напали вдруг на Польшу. Разгромили войско полковника Маховского, пограбили. В Варшаве это вызвало жуткий переполох. Хан, союз с которым поляки мнили своим главным козырем, превратился из «друга» во врага! И сенат направил послам инструкцию срочно заключать перемирие, уступив на время Киев и Динабург. После чего договор удалось быстро согласовать. 30 января 1667 г. было подписано Андрусовское перемирие на 13 с половиной лет. Россия закрепила возвращение своих западных районов — Смоленска, Себежа, Велижа, Дорогобужа, Белой, Невеля, Красного, воссоединение с Левобережной Украиной. Киев с прилегающим районом Правобережья отходил к русским на 2 года, а Запорожье объявлялось совместным владением России и Речи Посполитой, которое они будут использовать «на общую их службу от наступающих басурманских сил».