В повестке первого заседания значились и два выступления — Н. Н. Бурденко и первого заместителя наркома внутренних дел С. Н. Круглова. Председатель Специальной комиссии рассказал, что, будучи в Орле, он узнал от свидетеля, как немцы клали на землю советских граждан, стреляли им из револьвера в затылок и те мгновенно умирали. Эксгумация могил подтвердила это свидетельство, а обнаруженная немецкая газета с протоколом вскрытия тел польских офицеров показала тождество методов расстрела в Орле и Катыни. О том, что создаётся Специальная комиссия под его председательством, Бурденко известили лишь 12 января. Предваряя выступление Круглова, нейрохирург добавил: «Это трудная работа, которая проведена ими (т. е. работниками НКВД. — Сост.) в зимних условиях, и подготовка должна отличаться тщательностью и точностью». Фактически же Специальной комиссии надлежало придать убедительность и авторитетность версии, которая была сфабрикована людьми, руководившими расстрельной операцией в апреле-мае 1940 г.
Выступая перед членами Специальной комиссии, С. Н. Круглов охарактеризовал результаты предварительного следствия, сформулированные в его и Меркулова справке. Он подробно изложил и показания «свидетелей», в первую очередь тех, кого допрашивали ранее немцы и выслушивала международная комиссия экспертов — П. Г. Киселёва, бывшего сторожа на даче НКВД в Катынском лесу, начальника станции в Гнездове С. В. Иванова, дежурного по этой же станции И. В. Саввотеева и др. Было допрошено и много лиц, посетивших Козьи Горы с организованными немецкой администрацией экскурсиями. Они в один голос твердили, что тела прекрасно сохранились и, следовательно, офицеры не могли быть расстреляны весной 1940 г. Не ясно, правда, как несведущие в медицине люди типа уборщицы в какой-то конторе могли судить об этом. Практически каждый из экскурсантов повторял, что верёвки, которыми были связаны руки у польских военнопленных, немецкие. Естественно, с далёкого расстояния люди не могли рассмотреть эти верёвки, да ещё и определить их происхождение. Объяснение может быть одно: сами палачи знали, что они связывали руки пленных верёвками, закупленными в Германии, так же как и то, что расстреливали немецкими пулями калибра 7.65 из «вальтеров».
Круглов рассказал и о некоем обер-лейтенанте Арнесе, командире 537 сапёрного батальона, который якобы в сентябре 1941 г. руководил расстрелом польских офицеров. Однако на Нюрнбергском процессе было доказано, что Аренс (а не Арнес) прибыл в Козьи Горы лишь в ноябре 1941 г., 537-м батальоном он не командовал. Сама же 537-я часть была не сапёрным батальоном, а полком связи при командовании группы армий «Центр».
Митрополит Николай задал Круглову вопрос: «Какое количество военнопленных польских офицеров работало на строительных участках?» Ответ Круглова: «Около 8000 во всех трёх лагерях». Как мы знаем, из Козельского лагеря в УНКВД по Смоленской области были направлены 4421 человек. По всей видимости, НКВД намеревалось приписать немцам и расстрел офицеров из Старобельского лагеря.
Отвечая на вопросы, заместитель наркома внутренних дел заявил, что Комиссии будет достаточно четырёх дней, чтобы «в Смоленске заслушать достаточное число свидетелей, изучить собранные материалы, несколько раз побывать на могиле, посмотреть трупы, заслушать предварительный итог судебно-медицинских экспертов».
Бурденко же в заключение сказал: «Центр тяжести работы нашей комиссии лежит в установлении сроков и методов убийств… Методы убийства тождественны со способами убийств, которые я нашёл в Орле и которые были обнаружены в Смоленске. Кроме того, у меня есть данные об убийстве психических больных в Воронеже в количестве 700 человек. Психические больные были уничтожены в течение 5 часов таким же методом. Все эти способы убийств изобличают немецкие руки, я это со временем докажу».
Вечером 13-го января в Смоленск выехали В. И. Прозоровский, В. М. Смольянинов, П. С. Семеновский и М. Д. Швайкова, 17 января — члены Комиссии.
Второе заседание Специальной комиссии состоялось 18 января уже в Смоленске, на нём присутствовал не только С. Н. Круглов, но и нарком государственной безопасности В. Н. Меркулов. Круглов и председатель Смоленского облисполкома Р. Е. Мельников рассказали о проделанной подготовительной работе: раскопки могил начались 14 января, на них работало 200 бойцов, были установлены 3 палатки для вскрытия трупов, велись поиски других могил в Катынском лесу, в Смоленск доставили всех «свидетелей». Бурденко указал, что необходимо точно определить глубину могил, уточнить число военнопленных польских офицеров, работавших на дорожном строительстве, и установить, содержались ли польские офицеры и солдаты при немцах в тех же лагерях.
18 января в 11 часов 50 минут Специальная комиссия в полном составе выехала в Катынский лес, где ознакомилась с порядком работы по эксгумации. Оказалось, что тела от могилы до палаток экспертов доставляли волоком на брезентах. Всего к этому времени было вскрыто 225 трупов. Посещение членами Комиссии могил в Катынском лесу было заснято на плёнку кинооператором А. Ю. Левитаном.
Возвратившись в Смоленск, члены Комиссии решили увеличить число судебно-медицинских экспертов и санитаров, чтобы можно было производить 400 вскрытий в день. Переноску тел постановили производить либо на санях, либо на носилках, запретив волочить на брезенте. После этого члены Специальной комиссии ознакомились с материалами предварительного следствия: протоколами допросов «свидетелей», заявлениями и «документами», собранными работниками НКВД и НКГБ в связи с катынским делом.
В тот же день в помещении Горсовета члены Комиссии допросили свидетелей П. Г. Киселёва, Б. В. Базилевского, И. Е. Ефимова, С. В. Иванова, И. В. Саввотеева. В 23 часа 30 минут опрос был закончен и началось третье заседание, на котором происходили распределение обязанностей между членами Комиссии и отчёт о работе экспертов. В заключение Бурденко сказал: «Мы должны собрать как можно больше материалов. Материал очень интересный, прямо убийственный для немцев». Обращаясь к В. И. Прозоровскому и П. С. Семеновскому, он подчеркнул, что поражён их работой, в ходе которой добывается «такой интересный материал», который «будет убийственным для немцев». Он предложил увеличить число рабочих и разрывать больше территории, чтобы «сделать великое политическое дело». «Нашли документ у одного офицера, где штемпель отмечен ноябрем 1940 г. Чрезвычайно ценная находка», — сообщил председатель Комиссии.
В день прибытия Комиссии в Смоленск в центральной печати было опубликовано сообщение ТАСС, в котором говорилось о создании Специальной комиссии и указывалось, что она «заканчивает свою работу и в ближайшее время опубликует сообщение о результатах расследования». Тем самым оказывалось определённое давление на членов Специальной комиссии, только приступивших к своей работе.
В этот же день в «Известиях» было опубликовано заявление польского правительства от 15 января 1944 г. о готовности вступить в переговоры при посредничестве США и Великобритании с Советским правительством по всем основным вопросам, разрешение которых должно привести к дружественному и прочному сотрудничеству между Польшей и СССР. Однако ТАСС было уполномочено заявить, что советское правительство не может вступать в переговоры с правительством, с которым прерваны дипломатические отношения. «Советские круги напоминали», что эти отношения были прерваны из-за якобы активного участия польского правительства «во враждебной антисоветской клеветнической кампании немецких оккупантов по поводу „убийств в Катыни“.»