16 марта начинается работа по составлению справок на военнопленных трёх лагерей и заключённых тюрем, по которым в соответствии с решением Политбюро ЦК ВКП(б) от 5 марта 1940 г. «тройка» должна была принимать решение о расстреле военнопленного или заключённого. Справки на офицеров и полицейских должно было представлять Управление по делам о военнопленных, на заключённых — НКВД УССР и БССР. Форма справки поступила к Сопруненко от Кобулова 16 марта (см. № 8). В последнюю графу — «Заключение» следовало вписывать краткую формулу обвинения и статью УК РСФСР (для заключённых тюрем — УК УССР и УК БССР). В связи с этим из лагерей в Москву были отозваны сотрудники УПВ (см. № 9). Составлению справок придавалось огромное значение. Заказывать форму для них в типографиях категорически запрещалось ввиду сугубой секретности проводимых работ (см. № 15). Первые три графы справок заполнялись ещё в лагерях, которые бросили все силы на выполнение этого задания. В одной из шифровок П. К. Сопруненко обращал особое внимание начальника Старобельского лагеря А. Г. Бережкова на необходимость отмечать во второй графе справок адрес семьи военнопленного с указанием названия населённого пункта, уезда, воеводства (см. № 15). 19 марта начальник Осташковского лагеря П. Ф. Борисовец сообщил в УПВ: «Работа начата 19-го. Дела будут доставлены 21-го нарочным». 20 марта П. К. Сопруненко предложил П. Ф. Борисовцу прекратить составление справок на тех военнопленных, в отношении которых были оформлены следственные дела (6050 таких следственных дел, в которых имелись обвинительные заключения, к 1 февраля 1940 г. были переданы на Особое совещание НКВД СССР). На остальных лиц следовало заполнить опросные листы и дополнения к ним, обратив особое внимание на пункт о служебной деятельности. В незаконченные следствием дела необходимо было вложить весь агентурно-оперативный материал на военнопленного и справку утверждённой Б. З. Кобуловым формы. 31 марта П. Ф. Борисовец доложил, что им посланы в Москву 345 дел с агентурным и иным оперативным материалом на тех лиц, по которым ранее следствие проведено не было. В Козельском и Старобельском лагерях справки-заключения составлялись на весь контингент, так как их дела ранее не готовились для передачи на Особое совещание и соответственно обвинительных заключений в отношении них не существовало. С 21 марта в УПВ стали поступать подготовленные в Козельском и Старобельском лагерях справки. В частности, из Старобельска в Москву к 23 марта были направлены материалы на 760 человек (см № 14). 30 марта Сопруненко потребовал присылать справки в первую очередь на высший, затем на старший и средний офицерский состав, в последнюю — на врачей, учителей, агрономов, других гражданских лиц, на которых не имелся компрометирующий материал (см. № 18). Сопруненко пристально следил за тщательностью подготовки присылаемой из лагерей в УПВ документации. 29 марта он направил в Козельск шифровку:
«<В> присланных личных делах пленных большая путаница. Искажены фамилии, имена <в> фотографиях и основных документах. Справки заполняются небрежно, <в> плохой редакции. Предлагаю обеспечить чёткую работу <по> заполнению справок, уточнению всех вопросов на месте. Управлению высылать проверенные, уточнённые учётные дела».
Наряду с оформлением материалов на контингент трёх спецлагерей на местах принимались и другие меры по подготовке к операции. С 16 марта была запрещена переписка всех военнопленных. Начальство ужесточило пропускной режим, усилило охрану лагерей, сосредоточило па соответствующих железнодорожных станциях большое количество подвижного состава и т. д. Представитель центрального аппарата НКВД СССР в Старобельском лагере капитан госбезопасности И. Д. Безруков сообщал в Москву, что в Харькове всё готово, а в Старобельске имеются вагоны (см. № 14).
Главное транспортное управление НКВД СССР во главе с его начальником комиссаром госбезопасности III ранга С. Р. Мильштейном разработало подробнейший план доставки военнопленных из лагерей к местам их казни. На протяжении полутора месяцев Мильштейн ежедневно, а иногда и два раза в день, направлял Берии и Меркулову сводки, фиксируя малейшие отклонения от плана перевозок, количества отправляемого порожняка, загружавшихся и разгружавшихся вагонов и т. д. (см. № 27).
Незадолго до начала операции в Старобельск выехали капитан госбезопасности М. Е. Ефимов, возглавлявший ранее оперативную бригаду центрального аппарата НКВД СССР в этом лагере, и В. Д. Миронов, работник 5-го отдела (ИНО) ГУГБ НКВД СССР, отвечавший за агентуру. В Козельский лагерь вновь прибыл майор госбезопасности В. М. Зарубин, в Осташковский — ст. лейтенант ГБ Д. К. Холичев.
В лагерях находились и представители Главного управления конвойных войск (ГУКВ) — И. А. Степанов (Козельск), А. А. Рыбаков (Старобельск), М. С. Кривенко (Осташков), ответственные работники Комендантского отдела АХУ, ГЭУ, ГТУ и др. подразделений НКВД СССР.
Тщательно готовился и расстрел узников тюрем западных областей УССР и БССР. 22 марта Л. П. Берия подписал приказ № 00350 «О разгрузке тюрем НКВД УССР и БССР» (см. № 13). Он был нацелен на то, чтобы централизовать расстрел заключённых, свести к минимуму число лиц, задействованных в операции. Для этого было решено сосредоточить заключённых, подлежащих расстрелу, в тюрьмах Киева, Харькова, Херсона и Минска, предварительно отправив из них заключённых в лагеря ГУЛАГа. Всю операцию по переводу заключённых из Львовской, Ровенской, Волынской, Тарнопольской, Драгобыческой, Станиславской, Брестской, Вилейской, Пинской и Барановической областей в Киев, Минск, Харьков и Херсон следовало провести в 10-дневный срок. Для оказания помощи республиканским НКВД в Киев был направлен начальник Главного тюремного управления НКВД СССР майор госбезопасности П. Н. Зуев, в Минск — начальник отдела ГТУ НКВД СССР капитан госбезопасности А. А. Чечев. Перевозку заключённых украинских и белорусских тюрем должен был обеспечить нарком путей сообщения Л. М. Каганович (см. № 12).
Как и в лагерях военнопленных, в республиканских органах НКВД усиленно занимались подготовкой следственных дел и справок на заключённых. Начальники тюремных отделов составляли справки на заключённых, вносили уточнения в следственные дела и передавали их в 1-е спецотделы республиканских НКВД. Там заполнялась последняя графа справки — заключение. По мере готовности дел и справок они пересылались в 1-й спецотдел НКВД СССР, где и готовились списки-предписания на расстрел, которые затем штамповались «тройкой», или, как она называлась во внутренней переписке органов НКВД, Комиссией.
В ходе операции контингент заключённых тюрем продолжал пополняться. 4 апреля Л. П. Берия приказал И. А. Серову и Л. Ф. Цанаве арестовать в западных областях Украины и Белоруссии всех проводящих контрреволюционную работу унтер-офицеров бывшей польской армии, которые играли руководящую роль в подпольном движении. Остальных унтер-офицеров следовало взять на оперативный учёт, обеспечив агентурным наблюдением за ними (см. № 22). В Киев и Минск свозились и заключённые — в недавнем прошлом граждане Польши, находившиеся в тюрьмах других регионов страны. Их также ждал расстрел (см. №№ 33, 83).
Распоряжения приступить к операции поступили в Старобельский, Козельский и Осташковский лагеря в последних числах марта — 1 апреля. 28 марта П. К. Сопруненко отправил А. Г. Бережкову и М. М. Киршину телеграмму-молнию с распоряжением выехать в Ворошиловград и связаться с ним по ВЧ. Начальнику же Козельского лагеря В. Н. Королеву он приказал связаться с ним по телефону ночью 1 апреля.