В результате нападению и частичному разгрому подверглись здания Ташлакского районного комитета Компартии Узбекистана и Ташлакского РОВД. После того как милиции удалось очистить помещение РОВД от погромщиков, толпа в течение 4 часов держала здание в осаде. Получили ранения 15 сотрудников милиции, позже один из них скончался.
В тот же день был принят Указ Президиума Верховного Совета Узбекской ССР о введении 4 июня комендантского часа в ряде районов Ферганской области. В Маргилане продолжались беспорядки. Утром 4 июня собрался митинг у кинотеатра «Увайсий», по требованию толпы выступила первый секретарь горкома партии Х. Ю. Мухитдинова. Ее призывы к спокойствию услышаны не были. Мало того, активисты митинга предъявили ультиматум: выдать турок из здания горкома, отпустить задержанных накануне участников беспорядков и не мешать расправе с турками. Во второй половине дня толпа обыскала Маргиланский горком, но турок оттуда уже успели эвакуировать.
Обстановка в Фергане 4 июня была крайне напряженной: с утра в центре города собирались возбужденные толпы молодых людей, вооруженных палками и арматурой, которые били машины и киоски. Милиции нигде в городе не было видно, так же, как и на следующий день. Толпа окружила здание обкома, пыталась прорвать оцепление, бросала камни. Небольшой группе удалось проникнуть в здание. Днем толпа в 200–300 человек поджигала турецкие дома около аэропорта. К вечеру обстановка еще более накалилась; в городе и в близлежащих кишлаках начались погромы.
В этот же день в кишлаке Сурхтепа колхоза им. Фрунзе Ахунбабаевского района местная молодежь нападала на турок, выгоняла их и поджигала дома.
5.06.1989.К утру 5 июня группировка внутренних войск в зоне конфликта была доведена до 6 тысяч человек, а в течение дня — до 8,5 тысячи военнослужащих (сюда стоит добавить и 1,5 тысячи курсантов школ милиции). Центр беспорядков переместился в Фергану: в центре города на площади Ленина и у Ферганского обкома продолжались стихийные митинги. Толпе удалось прорваться в здание обкома, к счастью, турки оттуда уже были эвакуированы. В городе и в окрестностях продолжались погромы и поджоги домов, принадлежавших туркам. 5 июня группы молодежи собирались также в Кувасае, но их попытки начать столкновение были пресечены милицией. К исходу 5 июня обстановка в Фергане и других населенных пунктах области в целом стала разряжаться и стабилизироваться. Ферганская агломерация в основном была взята под контроль подразделениями милиции и внутренних войск.
6.06.1989.Это был день относительного затишья, в эти сутки в области практически не было массовых беспорядков, столкновений и погромов. Днем или к вечеру в Фергане появились патрули внутренних войск. На основных дорогах, ведущих в Фергану, появились многочисленные армейские и милицейские контрольно-пропускные пункты. Начался массовый досмотр проходящего автотранспорта. Только в этот день информация о массовых беспорядках появилась в газетах и на телевидении.
7.06.1989.В этот день центр событий перенесся в западную часть области, в Коканд, где оставалось еще более 1,5 тысячи турок-месхетинцев. Многие из них в предшествующие дни пытались выехать из города, но их задерживали и отправляли обратно выставленные на окраинах посты милиции. После полудня в город на грузовиках, автобусах и тракторных прицепах двинулось более 5 тысяч сельских жителей (главным образом, молодежи) из близлежащих районов (Риштанского, Узбекистанского, Фрунзенского, а также Ташлакского и Ферганского, Папского района Наманганской области). Толпа захватила кирпичный завод и на некоторое время — Кокандский городской отдел внутренних дел, который вскоре был отбит обратно курсантами и спецназом МВД. Из следственного изолятора были освобождены силой 68 заключенных (по другим данным — они были отпущены властями по требованию толпы).
Пока внимание нападавших было сосредоточено на городском отделе внутренних дел (ГОВД), местным властям удалось собрать на автобазе и в санатории всех оставшихся в городе турок, поэтому жертв среди них (по официальным данным) не было. Рассыпавшиеся по городу погромщики громили и жгли дома, причем не только турок, но и местных узбеков. Толпа, ломившаяся в ГОВД, требовала выдачи ранее задержанных, а также якобы перевезенных туда турок.
В этот же день в Кировском районе (он расположен к западу от Коканда) были отмечены грабежи покинутых домов (вероятно, турок), в нескольких населенных пунктах района были захвачены отделения милиции, у сотрудников отобрано табельное оружие. В город было вскоре переброшено, в том числе на вертолетах, подкрепление из солдат и офицеров внутренних войск. Именно благодаря им удалось отбить у толпы здание ГОВД. Причем для отражения нападения солдаты широко применяли оружие на поражение.
8.06.1989.Утром в Коканде вновь вспыхнули беспорядки. Ими были охвачены также поселки Дангара (центр Фрунзенского района в 8 км к северу от Коканда), Яйпан (центр Узбекистанского района, в 20 км к югу от Коканда), Горский (Кировский район, в 15 км южнее его центра — поселка Бешарык). В первой половине дня в Коканде погромщикам продолжало прибывать подкрепление из близлежащих сельских районов. С утра толпа скопилась в центре города, в прилегающих к зданию горкома компартии Октябрьском сквере и Октябрьском парке. Собравшиеся (несколько тысяч человек) выдвинулись на площадь перед горкомом. Толпу сдерживало оцепление милиции и ВВ. Требования собравшихся были достаточно «стандартными»: выдать турок, выдать милиционеров, стрелявших 7 июня на поражение у здания ГОВД, отпустить задержанных накануне.
После полудня толпа у горкома была рассеяна: по официальной версии — предупредительными выстрелами в воздух; по более распространенной версии, но открыто не поддерживаемой властями, — огнем на поражение. В это же время толпа пыталась вновь осадить ГОВД, но была быстро отбита. Митингующим удалось захватить железнодорожный вокзал, а на путях — состав с горючим. Из одной цистерны было слито топливо, его грозили поджечь и взорвать цистерны, если не будут выполнены требования. Также были заняты Новококандский химзавод, масложировой комбинат и другие предприятия (всего 12 объектов). Все они через короткое время, в том числе и железнодорожный вокзал с составами, были отбиты маневренными группами и спецназом ВВ. На окраинах города продолжались грабежи и поджоги домов, принадлежавших туркам, попутно было сожжено и несколько домов местных сотрудников милиции. Была совершена попытка нападения на автобазу, где накануне укрыли турок, но она была пресечена. Большинство турок вывезли из города накануне, оставшихся 60 человек эвакуировали несколькими вертолетными рейсами.
Днем стихийный митинг собрался в Риштане (районный центр, расположенный между Ферганой и Кокандом). В нем участвовало, по разным оценкам, от 2 до 3 тысяч человек.
8 июня в Яйпане толпа осадила здание РОВД, пытаясь захватить оружие и отпустить задержанных. Одновременно было совершено нападение на здание районной прокуратуры. Толпа была рассеяна только после вмешательства внутренних войск, срочно переброшенных сюда вертолетами. Как и в других случаях, солдаты были вынуждены применять оружие на поражение. Днем и вечером по области передвигались на захваченных машинах группы погромщиков.