После этих слов толпа, выкрикивая слова «автономия», «автономия», стала еще более агрессивной. Она очередной раз атаковала кордон правоохранительных органов с целью прорыва к толпе киргизов. Отряду ОМОН с большими усилиями, при помощи выстрелов в воздух, удалось остановить толпу.
В это время сборище киргизов, услышав выстрелы и почувствовав агрессивность противоположной стороны, стала вооружаться палками, камнями, металлическими прутьями, ломали растущие на краю поля деревья, несмотря на то что в этой толпе находились экстремистски настроенные лица, тем не менее толпа держалась. Прозвучали призывы не поддаваться провокации, не двигаться в сторону узбекской толпы. Некоторые активисты «Ош-Аймагы» призывали собравшихся к спокойствию и отметили, что их цель добиться выделения земельных участков, а не драться с узбекским населением города. Вместе с тем заявили, что если узбеки подойдут к ним и начнут их атаковать, то они получат достойный отпор. Руководители области и аксакалы призывали собравшихся расходиться, чтобы успокоить противоположную сторону. Если часть митингующих согласилась разойтись, то другая часть останавливала первую, обвиняя ее в трусости.
К тому времени на узбекской стороне обстановка все более накалялась и стала взрывоопасной. Одной из причин этого стало появление одной небольшой и неизвестной толпы людей в районе пересечения шоссейной дороги, ведущей в аэропорт г. Ош, с кольцевой. Часть узбеков, увидев людей на шоссе, стали кричать о том, что к ним пришла подмога с Андижанской области, и бросились в их сторону, обходя правый фланг цепи правоохранительных органов. Выстрелами в воздух, с использованием дымовых шашек, прорвавшихся удалось вернуть в основную толпу. После этого разбушевавшаяся толпа инспирировала столкновение с силами общественного порядка. ОМОНовцев толпа забрасывала камнями, бутылками и другими подручными предметами. Пьяные молодчики, пританцовывая, кричали, что [в н]их стреляют холостыми патронами, призывали решительнее атаковать кордон ОМОНовцев. В этой ситуации один из сотрудников был затащен в толпу, к нему была применена физическая сила. Стоящими солдатами сзади кордона ОМОН были сделаны несколько предупредительных выстрелов в воздух. Однако и это не остановило толпу.
В этот критический момент ОМОНовцами был открыт огонь. Увидев лежащих раненых, несколько человек узбекской национальности одного раненого подняли на вытянутых руках вверх и с криками «Кровь за кровь» направились в сторону города. За ними хлынула в город часть толпы, в основном молодежь. Остальная часть с криками начала расходиться. Толпа, устремившаяся в город, совершала погромы, двигаясь к центру, переворачивая и поджигая личный и общественный транспорт.
К этому времени удалось уговорить киргизов уйти с поля. Большая часть толпы пешим ходом шла по улице Касымбекова и по переулку Юбилейный, а затем начала двигаться в сторону Юго-Восточного микрорайона с целью сопровождать студенческую молодежь в студгородок. Но увидев по дороге бесчинства узбекской толпы, она также начала погромы и бесчинства на своем пути.
Узбекская толпа подошла и атаковала студенческие общежития ОГПИ по ул. Ленина. Затем двигалась вверх по ул. Ленина и Свердлова, постепенно следуя по кварталам города. Толпа киргизской молодежи, учиняя погромы, дошла до студгородка, оставив там студентов, обратно направилась в микрорайон ОПХБО.
После начала массовых беспорядков неизвестными лицами в количестве 30–40 человек была совершена попытка нападения на здание Ошского ГОВД, СИЗО № 5, УВД Ошского облисполкома, нападение отражено дежурными нарядами милиции с применением огнестрельного оружия.
К этому времени было задержано 35 активных участников погромов и массовых беспорядков.
Массовые беспорядки начались и в других районах области. 4.06 к 19 часам в с. Кара-Кульджа Советского района прибыли водители рейсовых автобусов, начавшие распространять среди жителей села слухи о происходящих в г. Оше физических расправах узбеков над киргизами. Один из водителей, по фамилии Абдукуров И., был вызван в здание РОВД для профилактической беседы. В это время у здания РОВД собралась толпа и потребовала отпустить Абдукурова.
Часть толпы захватила 4 автобуса местной автобазы и намеревалась выехать в г. Ош для оказания помощи киргизам. Принятыми мерами накалившуюся обстановку на время удалось нормализовать. Однако к 24 часам того же дня в с. Кара-Кульджа стали появляться киргизы, проживающие в Узгенском районе, которые распространяли слухи об избиениях в г. Узгене лиц киргизской национальности. Утром 5.06 с.г. на границе с Узгенским районом собралось большое количество жителей Советского района с намерением напасть на проживающих там узбеков. Настроение толпы активно подогревал Кочкоров К., бывший ответственный работник района. Несмотря на принятые меры, толпа примерно к 17 часам устремилась в г. Узген, совершая на своем пути погромы, поджоги и убийства лиц узбекской национальности. Общее количество прибывших в г. Узген на автомашинах и конным порядком жителей Советского района достигало приблизительно 1 тысячи человек. Первоначальный натиск прибывшей толпы узгенскими узбеками был отражен.
В течение 5–6 июня с.г. хулиганствующие и экстремистские элементы предприняли в с. Кара-Кульджа 8 попыток нападения на здание РОВД с целью захвата оружия, причем в первые ряды людской толпы ими выставлялись женщины. В местном отделении ДОСААФ ими были похищены винтовки. В ночь с 6 на 7 июня вооруженная часть экстремистов из числа киргизской национальности Советского и Узгенского районов совершила в с. Мирза-Аки убийства, изнасилование, грабежи и погромы местных жителей.
Примерно в 12.30 в г. Узген начали прибывать на автомашинах (в основном грузовых и автобусах ПАЗ) группы лиц киргизской национальности, вооруженные ножами, металлическими прутьями и палками, а в ряде случаев — оружием. По показаниям очевидцев, действиями групп руководили конкретные лица. После этого в различных районах города, близлежащих селах начались драки, погромы и грабежи. Местная милиция не смогла взять на себя роль организатора по предотвращению массовых беспорядков. Утром 8 июня организаторы погромов, собрав все киргизское население г. Узгена и с. Мирза-Аки, в том числе раненых и убитых, на угнанных из Узгенской автобазы машинах скрылись. Оставшиеся в г. Узгене киргизы стали подвергаться нападению и преследованию со стороны местных узбеков. Столкновения были пресечены вошедшими в Узгенский район 8.06. частями СА и внутренних войск.
30 мая в с. Гульча из г. Ош прибыли четыре человека (фамилии известны), назвавшие себя членами общества «Ош-Аймагы». Последние во время демонстрации кинофильма обратились к сельчанам с призывом немедленно выехать на помощь киргизам в город Ош, где они «страдают» от узбеков, которых большинство. Принятыми в этот день мерами обстановку удалось локализовать, но поздно вечером и рано утром 5-го июня в с. Гульча и других населенных пунктах Алайского района стали распространяться слухи о насилиях узбеков над киргизами в г. Оше, о зверствах, творимых ими. (Часть лиц, распространявших слухи, установлена.)
К 10 часам утра на площади перед зданием райкома собралась возбужденная толпа около 500 человек, а к 12 часам количество собравшихся превысило 1000 человек. Во время несанкционированного митинга толпа потребовала от руководства района и милиции отправки их в г. Ош и предоставлении им оружия. Руководители района, старожилы села и воины-интернационалисты не смогли облагоразумить толпу.