Согласно полученным данным, с раннего утра, группа молодых людей в селе Журкун Уч-Добоинского сельсовета начала останавливать автомашины, следовавшие в г. Ош, избивать водителей узбекской национальности. Затем, погрузив раненых в кузова, на захваченных автомашинах направились в сторону с. Суфи-Курган. Здесь собравшиеся также потребовали от администрации совхоза транспорт для выезда в г. Ош.
Возбужденная толпа людей захватила еще 8 автомашин совхоза, на которых отправилась в с. Гульча. В связи с прибытием в Гульчу этой группы обстановка там еще более накалилась. Усилились требования предоставить оружие, затем толпа направилась к зданию РОВД, где предприняла попытку его захвата. Не добившись своих целей, хулиганствующие и экстремистские элементы стали учинять погромы и поджоги домов узбеков. 6 июня группы экстремистски настроенных лиц на захваченных автомашинах направились в г. Ош, громя по дороге дома жителей-узбеков, совершая убийства и издевательства над людьми.
К полудню экстремистские элементы Алайского района на машинах и конным порядком достигли прилегающего к г. Ош района Фуркат, где также совершали избиения и издевательства над лицами узбекской национальности. Прибывшие к месту беспорядков силы СА и внутренних войск пресекли действия бесчинствующей толпы и рассеяли ее.
5-6-7 июня под влиянием событий в г. Ош произошли волнения в Наукатском районе, сопровождающиеся убийством трех узбеков-пасечников Арапанского района. Часть киргизского населения Наукатского района приняла активное участие в Ошских событиях, предпринимала попытки с жителями ближайших к г. Ошу киргизских сел прорваться в г. Ош. Отдельные из них были вооружены гладкоствольным и нарезным оружием. Зверское убийство узбеков-пасечников в районе Науката всколыхнуло Араванский район. В результате происшедших здесь столкновений с обеих сторон имелись раненые.
К 18.00 8.06.90 г. у здания райкома партии собралось свыше 1000 лиц узбекской национальности, выдвинувших ряд требований политического и социально-экономического характера. Настроение собравшихся подогревали экстремистски настроенные лица, призывавшие к расправе с проживающими в районе киргизами. Усилиями представителей СА, внутренних войск МВД СССР столкновения удалось предотвратить.
Взрывоопасным оказалось положение в Кара-Суйском районе. Так, ранним утром 6 июня с.г. на 3-м километре памирского автотракта собралось свыше 800 человек киргизской национальности, имевших при себе огнестрельное и холодное оружие. Толпа, подогреваемая подстрекателями, распространившими слухи о зверствах узбеков в г. Оше, принялась громить в колхозе им. Калинина дома узбекского населения, бесчинства сопровождались убийствами и насилием.
Резкое обострение обстановки произошло и в г. Кара-Суу. 7.06.90 г. на центральной площади города населению были показаны два трупа убитых в г. Оше узбеков, это привело к новой волне беспорядков, столкновениям противоборствующих сторон и человеческим жертвам.
К 7 июня с.г. напряженность в межнациональных отношениях охватила практически всю область и территорию близлежащих районов Андижанской области. Так, в этот день на границе Ошской и Андижанской областей в районе местности «Дустлик» собралось около 15 тысяч лиц узбекской национальности, намеревавшихся прорваться в г. Ош. Принятыми мерами столкновения удалось предотвратить.
Очаг конфронтации отмечался на границе сел Маданият Пахта-Абадского и Бурганды Ленинского районов, где после похорон в с. Маданият погибших в Кара-Суйском районе женщин-узбечек, раздались призывы к отмщению со стороны собравшихся свыше 1000 лиц узбекской национальности. Только благодаря своевременному прибытию войск СА назревающие массовые беспорядки были предотвращены.
В Токтогульском районе местными жителями был блокирован участок дороги Ош-Фрунзе, забрасывались камнями проходящие машины, имелись факты избиения шоферов некиргизской национальности.
Напряженность в межнациональных отношениях возникла в гг. Джалал-Абаде, Майли-Сае, Таш-Кумыре, Сузакском и Базар-Курганском районах.
Поступающие в УКГБ по Ошской области оперативные данные свидетельствуют о том, что после происшедших трагических событий Ошскую область активно стали посещать лица из Узбекистана, в том числе имеющие причастность к «Бирлику». Ими осуществлялись видео-фотосъемки погрома жилых домов, людских трупов, проводилась звукозапись пострадавших и очевидцев насилия. Добытый кино-, фото— и звукоматериал использовался ими среди узбекского населения в г. Оше и на территории Узбекистана, подстрекал их на активные выступления, для оказания помощи узбекскому населению Ошской области. Ими же инспирируются акции по организации торговой блокады, невыходу на работу, отказу от примирения с киргизским населением, которые сопровождаются угрозами расправой в случае неподчинения их требованиям.
Анализ имеющихся в УКГБ по Ошской области материалов свидетельствует о том, что происшедшие 4–8 июня в г. Оше — Узгенском, Алайском, Советском, Кара-Суйском и Наукатском районах трагические события с многочисленными жертвами и разрушениями явились результатом запущенности работы с населением, особенно с молодежью, серьезных просчетов в безотлагательном решении вопросов землепользования, что породило опасную ситуацию и напряженность в межнациональных отношениях.
Вызревающая в г. Оше конфликтная ситуация на почве земельных притязаний между представителями двух народов руководством города и области не была должным образом оценена и локализована. Это послужило поводом для развязывания массовых беспорядков.
Стихийный характер развернувшихся 5 июня с.г. хулиганских столкновений на Узгенском рынке между лицами киргизской и узбекской национальностей перешел в организованные массовые межнациональные столкновения, в которых приняли участие большие группы жителей близлежащего Советсткого района. Провокационным слухам поддалась значительная часть населения, включая и ряд должностных лиц.
К числу первопричин, предопределивших основной очаг трагических событий в г. Узгене, по предварительным данным, относятся: разделение проживающего в нем населения по имущественному и материальному положению, в частности появление (преимущественно из числа узбеков) зажиточных групп, что породило негативное отношение к ним малоимущей части киргизского населения, в основном проживающего в сельской местности Советского района. Сложилось среди узбекского населения недовольство тем, что подавляющее большинство руководящих кадров составляют лица киргизской национальности, существующие пережитки земляческой и местнической психологии проявились в возникшем конфликте. Имеющиеся серьезные социально-экономические проблемы, как в г. Оше, так и районах, оказали дестабилизирующее влияние на политическую и оперативную обстановку.
Управление КГБ по Ошской области на основе поступающих материалов, начиная с 1990 года, неоднократно (№ 252 от 21.10.90 г.; № 922 от 5.02.90 г.; № 1184 от 13.02.90 г.; № 2034 от 29.03.90 г.; № 2118 от 3.04.90 г.; № 2586 от 20.04.90 г.; № 3256 от 18.05.90 г.; № 3418 от 25.05.90 г. и т. д.) письменно информировало обком партии о вызревании негативных процессов и их возможных последствиях, предлагались конструктивные меры по нормализации обстановки, снятию нараставшего напряжения в молодежной среде. Однако по данному вопросу не было принято ни одного конкретного решения.