С 28 июня начались вооруженные столкновения между отрядами исламистов и кулябцев, приобретавшие все более кровопролитный и криминализованный характер. 1 июля из-за обострения ситуации на юге правительство приняло постановление об охране особо важных объектов в республике. Так как собственных надежных частей не было, то обратились за помощью к России. Практически мгновенно из Москвы последовал приказ командованию 201-й мсд: оказать содействие официальному Душанбе. Российские военные взяли под охрану Нурекскую ГЭС, Яванский электромеханический комбинат, Вахшский азотно-туковый завод, ряд объектов военного назначения, а также часть участков автодорог на горных перевалах вдоль границы Кулябской и Курган-Тюбинской областей.
Одновременно на южной границе были отмечены регулярные и все более масштабные попытки перехода таджико-афганской границы с целью покупки оружия. Обратно с таджиками возвращались афганские инструкторы и наркотики.
О масштабах этой деятельности свидетельствует тот факт, что за период с мая 1992-го и до начала 1993 года российскими (а других просто не было) пограничниками было задержано свыше 1000 нарушителей, в том числе и афганцев, у которых было изъято около 500 единиц стрелкового оружия.
26–27 июля в г. Хороге состоялась встреча представителей официальных властей, партий, политических движений, в которой приняли участие представители Кулябской, Курган-Тюбинской областей, Гармского района, а также ИПВТ, ДПТ (Ш. Юсуф), движения «Растохез» (Т. Абдуджаббор). От руководства Республики участвовал исполняющий обязанности председателя Верховного Совета Акбаршо Искандаров. На встрече были выработаны условия перемирия между противоборствующими сторонами.
В соответствии с ними, 28 июля с 10 часов объявлялось прекращение огня на всей территории Таджикистана. Документом предусматривалось освобождение заложников, снятие вооруженных постов с шоссейных дорог, освобождение занятых зданий и объектов, расформирование вооруженных групп, сдача оружия и т. п. Соглашение вступило в силу 27-го, однако механизмы его реализации сразу вызвали серьезные сомнения. Непосредственно после подписания военный лидер кулябцев С. Сафаров заявил, что пока незаконное, по его мнению, правительство не уйдет в отставку, его люди оружия не сдадут. Аналогично поступил и Ш. Юсуф, указавший на то, что все иностранные вооруженные формирования, включая и пограничные войска, должны немедленно покинуть территорию республики.
В итоге в тот же день возобновились боевые действия в Куйбышевском районе Курган-Тюбинской области. В местной печати была развернута кампания с целью дискредитации частей 201-й мсд, выступавших в качестве разъединительных сил. По сведениям Кулябского облисполкома, число беженцев в результате столкновений в июне-июле составило 132 тысячи человек.
В течение 9–11 августа президиум Верховного Совета Таджикистана попытался собрать парламентариев на сессию, где среди прочего предполагалось принять закон, ограничивающий власть президента Набиева. Однако сессию удалось открыть лишь днем 11 августа, а уже на следующий день депутат Дустиев предложил вообще упразднить должность президента.
24 августа исламскими боевиками Р. Нуруллобековым и Д. Махмудовым был убит генеральный прокурор Таджикистана Нурулла Хувайдуллоев. Убийство вызвало бурную реакцию общественности: на родине погибшего прокурора и в г. Кулябе прошли массовые митинги, на которых резко осуждалось правительство национального примирения. В Пангазе были закрыты практически все мечети, прекращена деятельность духовенства.
Криминализация ситуации нарастала и в Душанбе. Около 15:00 31 августа группа молодых людей из организации «Молодежь города Душанбе» вместе с беженцами из Курган-Тюбинской и Кулябской областей блокировали выходы из президентского дворца и потребовали встречи с президентом, который, предупрежденный КНБ, успел укрыться в расположении частей российской 201-й мсд. Не найдя президента, захватившие резиденцию стали брать заложников. Таким образом, к вечеру 1 сентября в резиденции находились 32 заложника — это были, в основном, выходцы из Ленинабадской и Кулябской областей.
В ответ в Ленинабадской области было объявлено о создании «Национальной гвардии» численностью в 2 тысячи человек.
2 сентября все члены кабинета министров подписали заявление с требованием отставки президента. Из Ленинабадской области прибыло письмо от областных депутатов с согласием присоединиться к тем, кто выражает недоверие президенту. Эти события послужили началом агонии власти Р. Набиева, потерявшего поддержку ленинабадских кланов, которые в целях сохранения своих позиций готовы были произвести смену политических фигур. К 20 часам члены кабинета подписали совместное заявление о недоверии президенту. Тут же было принято решение 4 сентября в 14:00 открыть сессию Верховного Совета. Аппарат президента через постпредство Таджикистана в Москве распространил заявление, в котором обвинил исламистов в обострении обстановки и попытке расчленения республики.
В Курган-Тюбе, чуть более недели находившемся в руках кулябцев, начался новый виток войны. В этот день перед зданием облисполкома собрались сторонники президента. Во время выступления С. Сафарова вооруженные отряды ИПВТ и ДПТ взяли митингующих в кольцо и открыли огонь. Одновременно при поддержке бронетехники им удалось захватить ключевые места в городе, снайперы заняли позиции на крышах высоких зданий. В городе началась резня, в том числе и в окраинном городском квартале — поселке Ургут, где жили узбеки — выходцы из-под Самарканда. Тысячи людей хлынули под защиту 191-го мотострелкового полка российской армии, дислоцированного в поселке имени Ломоносова.
3 сентября аппарат президента распространил комментарий, где исламистов обвинили в попытке государственного переворота. Лидер ДПТ Ш. Юсуф впервые за историю конфликта отмежевался от действий исламистов.
К 7 сентября беженцы из поселка Ломоносова были на машинах вывезены в Куляб. В это же время в Курган-Тюбе исламисты объявили призыв в «полк национальной самообороны» численностью в 1380 человек. Полк разворачивался по штату стрелкового полка Советской Армии, сам призыв осуществлялся централизованно, согласно специальностям. Военкоматами в полк были переданы свыше 1000 автоматов.
Мировые средства массовой информации запестрели сообщениями о практически полном разрушении инфраструктуры Вахшской долины, отсутствии власти, сотнях трупов на дорогах, невиданной жестокости, проявляемой обеими сторонами. Отмечалось также, что в боевых действиях в рядах исламистов участвовали наемники: как из других республик СНГ (России, Прибалтики, с Кавказа), так и отряды афганцев и инструкторы-арабы.
Характер действий в эти дни свидетельствовал, что боевые операции со стороны кулябцев, пытавшихся перекрыть пути подвоза подкреплений и боеприпасов исламистам, разрабатывались людьми с военным образованием.
В республике развернулась антирусская кампания, в ходе которой все жертвы обеих воюющих сторон стали списывать на русскоязычное население. А за голову генерала М. Ашурова — нового командира 201-й мсд — была даже объявлена награда в 5 млн рублей.
7 сентября в 14:00 президент Р. Набиев тайно направился в аэропорт, чтобы вылететь в Ходжент. Однако там он был опознан и блокирован толпой, состоявшей, в основном, из криминальных элементов. Через некоторое время к аэропорту прибыли 4 танка, 1 БТР и 1 БМП 201-й мсд, а также 4 БТРа МВД Таджикистана, взявшие под охрану аэропорт. Целью военных было недопущение физической расправы над президентом. Примерно в 16:30, после встречи с членами Президиума Верховного Совета, президент подписал заявление об отставке.