Под предлогом защиты территории от вооруженных исламистов, по решению руководства области, в конце августа были взорваны 2 моста через реки Ягноб и Зеравшан на трассе, соединяющей Душанбе с Ходжентом через Гиссарский, Зеравшанский и Туркестанский хребты. Операцией по взрыву руководили лично начальник областного управления КНБ Эргали Курбанов, военком Мамаджонов и один из заместителей председателя Ленинабадского облисполкома. Тем самым процесс реального отделения Ленинабадской области от юга Таджикистана продолжал углубляться.
В Кулябе во второй половине августа отмечались перестрелки между кулябскими же отрядами.
Обострившаяся в Таджикистане борьба внутри правящих группировок завершилась в конце года победой кулябцев, для которых это была последняя возможность сохранить единую государственность на всей территории Таджикистана при явных попытках ходжентцев или вернуть свои руководящие позиции, или заявить о своей не только экономической, но и политической самостоятельности.
Поэтому сессия Ленинабадского областного Совета, где А. Хамидов предполагал поставить вопрос о восстановлении в республике поста президента и объявлении Ленинабадской области свободной экономической зоной, закончилась полным провалом. Кулябцы, мгновенно отреагировав на ситуацию, выбросили в Ходжент вертолетный десант и силой заставили ходжентцев отказаться от сепаратистских намерений и принять участие в работе Верховного совета Таджикистана.
В результате подобных акций, «по собственному желанию» ушел в отставку премьер-министр Таджикистана А. Абдуллоджанов. На состоявшейся в Душанбе 27 декабря XVIII сессии Верховного Совета новым премьер-министром был утвержден Абдужалил Самадов.
В январе-феврале 1994 года существенно обострилась обстановка в Душанбе, где нормальным явлением стали ночные перестрелки.
С начала кровавых событий в результате терактов было убито более 1 тысячи работников правоохранительных органов, а еще свыше 2,5 тысячи их сотрудников покинуло республику.
В конце февраля 1994 года ситуация как внутри самого Таджикистана, так и на таджикско-афганской границе, вновь осложнилась. С 19 по 22 февраля посты пограничников и 8-я застава Пянджского погранотряда были обстреляны с афганского берега тяжелой артиллерией и реактивными снарядами.
В ответ произошло резкое усиление количества и качества миротворческих сил, численность которых насчитывала примерно 25 тысяч человек, при этом большую часть составляли российские военные.
Численность узбекского батальона, занявшего позиции в тылу Пянджского погранотряда, составляла всего 350 человек, а киргизский батальон в 286 человек занял позиции на Памире (казахский батальон в Таджикистане, по состоянию на начало марта, так и не появился).
На территории республики произошло несколько крупных столкновений, причем в ряде случаев между «правительственными» отрядами. Внутри этих сил начались разногласия не только на региональной, но и на межэтнической основе. Наиболее яростными столкновениями были перестрелки 19 февраля между милиционерами-кулябцами и узбеками-локайцами недалеко от Душанбе, а также в Джиликульском районе между узбеками-кунградами и выходцами из Кулябской области.
На тот момент численность незаконных вооруженных формирований в Республике Таджикистан была следующей:
• вооруженное подполье в Душанбе — 4500 бойцов;
• в бывшей Кулябской области — около 2000;
• в Курган-Тюбе — 3500;
• в Горном Бадахшане — 7000.
В то же время, например, штат МВД республики на начало 1994 года насчитывал всего 20 тысяч человек. О таджикской армии и говорить не приходится, так как на тот момент ее фактически не существовало.
С начала марта отмечалась активизация усилий Москвы с целью побудить правительство Эмомоли Рахмонова к переговорам с оппозицией. Заместитель министра иностранных дел России А. Адамишин посетил Тегеран с целью установления контактов с лидерами Совета исламского сопротивления, а также ДПТ и «Растохеза». В результате была достигнута договоренность о проведении переговоров в Москве. Делегацию от правительства Таджикистана должен был возглавить вице-премьер Моеншо Назаршоев — памирец по происхождению. Однако в ночь с 10 на 11 марта он был убит у себя дома, что послужило поводом для сторонников проведения жесткой линии в обоих лагерях. Переговоры, назначенные на 16 марта, разумеется, вновь оказались сорванными. Тем не менее Москва не ослабила своих усилий по организации переговоров, поскольку к этому времени всем сторонам стало окончательно ясно, что таджикская проблема пока явно не имеет военного решения.
14 марта в ходе короткого визита в Душанбе и встреч с коллегами из среднеазиатских стран СНГ министр иностранных дел России А. Козырев провел безрезультатные переговоры с руководством республики. Гораздо более эффективной оказалась демонстрация силы, как-то — проведенные 24–26 марта на побережье Пянджа учения коалиционных сил СНГ, в которых были задействованы 28 танков, 104 БМП, а также 20 боевых самолетов.
Продолжались переговоры и по линии Душанбе — Москва, причем последняя выдвигала также экономические предложения.
Внутренняя ситуация характеризовалась крайней напряженностью. Сообщалось о продолжавшихся разборках между различного рода местными лидерами, большинство из которых ранее были командирами отрядов Народного фронта, об убийствах журналистов, военнослужащих и представителей оппозиции.
18 июня в Тегеране начался второй раунд переговоров между делегациями правительства Таджикистана и объединенной оппозиции. В результате 9-дневного обсуждения по основному вопросу о прекращении огня, соглашение так и не было подписано, поскольку правительственная делегация не соглашалась на ряд условий, выдвинутых оппозицией, в том числе — освободить всех политических заключенных.
Не добившись политических результатов на переговорах, оппозиция развернула широкомасштабные боевые действия в Таджикистане, охватившие долину Тавильдары, Дарваз, некоторые районы Каратегина и Припянджья. Потерпев ряд неудач и понеся ощутимые потери в живой силе и технике, правительство вынуждено было направить в Тегеран делегацию, которой теперь оставалось только согласиться с условиями оппозиции. Таким образом, соглашение о временном прекращении огня было подписано.
В республике продолжалась предвыборная кампания, сопровождавшаяся силовым давлением на оппонентов и население. В Ходжент был направлен отряд кулябских боевиков численностью до 300 человек во главе с министром внутренних дел, бывшим душанбинским рэкетиром Я. Салимовым; начальники районных управлений внутренних дел Ура-Тюбе и Ганчи были заменены на лояльных Э. Рахмонову лиц; в СМИ развернута кампания по дискредитации основного оппонента Рахмонова — А. Абдуллоджанова, заключено «соглашение» с бывшим председателем Ленинабадского облисполкома А. Хамидовым — родственником А. Абдуллоджанова, которому за поддержку Э. Рахмонова был возвращен пост директора мелькомбината; начата кампания по запугиванию населения вооруженными группами с целью побудить граждан голосовать за Рахмонова. В столице эта акция сопровождалась составлением списков населения с личной подписью каждого жителя.