В соответствии с обращением правительства Азербайджана и указанием Председателя Совета Министров СССР от 12.01.90 г. № 68-НР принято решение об увеличении группировки ВВ. Одновременно МВД СССР просило правительство республики обеспечить прибывающие войска транспортом. Однако это не было сделано. Переброска от места прибытия (аэродрома) осуществлялась малочисленным транспортом местного гарнизона или пешим порядком. За сутки в Баку передислоцировано 1804 военнослужащих ВВ (всего стало 3696).
Критического накала события достигли 13 января. Во второй половине дня на несанкционированный митинг, организованный НФА на площади Ленина, собралось свыше 150 тысяч человек. Помимо призывов к расправе с армянами, в толпе распространялись листки с адресами армянских семей, не выехавших из Баку. Ситуацию резко обострили разнесшиеся слухи об убийстве армянами двух азербайджанцев. После окончания митинга большие группы агрессивно настроенных лиц (от 1 до 5 тысяч чел.), в основном из числа молодежи и беженцев из Армении, направились в различные районы Баку, учиняя массовые беспорядки, убийства и избиения граждан армянской национальности, погромы жилищ и уничтожение имущества.
С 13 по 18 января (по данным следствия) разгромлено 587 квартир, погибло 56 человек, 156 получили телесные повреждения (из них 48 — тяжкие). В 43 случаях смерть наступила от множественных черепно-мозговых травм, 12 тел были полностью или частично сожжены. В числе погибших: 42 чел. — армян, 2 азербайджанца, 1 русский, 11 — национальность не установлена; 30 из них — в возрасте старше 60 лет, 21 женщина.
Многие погромы и насилия совершались с особой жестокостью. 14 января группа лиц в количестве 25–30 человек в вечернее время ворвалась в квартиру престарелых супругов Торосян, где находились еще две их родственницы преклонного возраста. Преступники жестоко избили всех, отобрали 3,5 тысячи рублей, насильно вывезли указанных граждан и их соседку Арутюнову за пределы города, облили бензином и подожгли.
Органами МВД принимались меры к пресечению бесчинств… Всего в эти дни было предотвращено свыше ста погромов. Задержан 41 преступник. Вывезено и спасено около 2 тысяч армян. За этот период из Азербайджана эвакуировано более 20 тысяч армян, в том числе из Баку — 18 тысяч. До 16 тысяч человек отправлены через Каспийское море паромами, остальные — воздушным путем.
Эффективной работе внутренних войск (их численность в Баку к 15 января была доведена до 6,8 тысячи человек) серьезно препятствовало организованное НФА блокирование мест их дислокации. Для воспрепятствования выводу войск применялись баррикады, завалы, преграды из грузовиков и автобусов, живые заслоны из женщин и детей. Блокировалось и прибытие транспортных средств и боевой техники по железной дороге (искусственно создавались пробки на станциях, имели место попытки повреждения путей). Привлекавшийся для перевозок военнослужащих водительский состав из числа местного населения запугивался боевиками и уклонялся от работы…
14 января в селах Азад, Камо и Чайкенд Ханларского района произошел бой между группировками азербайджанцев и армян с использованием бронетехники, минометов и гранатометов. 4 человека получили ранения. При обстрелах людей с вертолетов без опознавательных знаков убито 2 и ранено 5 азербайджанцев. Теми же преступниками поврежден вертолет ВВ, ранен находившийся на борту офицер, захвачены в заложники четверо военнослужащих… В Сальянском районе совершено нападение на передвижную радиостанцию СА, ранен офицер, у военнослужащих отобрано оружие…
15 января Указом Президиума Верховного Совета СССР введено чрезвычайное положение на территории НКАО и некоторых других районов Азербайджана, а также в Армении. Во исполнение Указа продолжалось наращивание контингента внутренних войск и усиление опергрупп МВД в Баку, Ханларском и Шаумяновском районах (всего в республику дополнительно прибыло 14 тысяч человек, в том числе 890 курсантов школ милиции).
В то же время противодействие силам охраны правопорядка все более и более возрастало. С использованием женщин и детей на всей территории республики осуществлялось блокирование движения колонн с военнослужащими и боевой техникой, В ряде случаев войска стали вынужденно применять силу. При прохождении 6 танков через с. Чаджимеликляр ими были сбиты 4 грузовые автомашины, перегородившие дорогу. Двое местных жителей (азербайджанцы) получили телесные повреждения. В ответ НФА взвинтил истерию антиармейских и антимилицейских настроений…
К 18–19 января стало очевидно, что действия НФА отчетливо приобрели антиконституционный характер. Резко обострилась противозаконная направленность митингов. Все громче звучали требования об отставке правительства и партийного руководства, открыто высказывались угрозы расправы с работниками ЦК, Совета Министров, Президиума ВС республики. Раздавались призывы к разгону партийных кадров и уничтожению партийных билетов, пикетированию зданий административных органов. Всего с 1 по 19 января в республике проведено 186 митингов с участием более 2,5 млн человек, в том числе в Баку — 18 митингов (1,5 млн чел.).
В Баку стали появляться вооруженные группы. Для координации действий пикетчиков использовались радиофицированные такси и центральная диспетчерская служба. В блокаде применялись свыше 140 большегрузных автомашин с песком и щебнем. Участие водителей поощрялось руководителями автотранспортных и других предприятий.
18 января власть в Баку и, по меньшей мере, в 7 районах республики (Гянджа, Ханлар, Ленкорань, Астара, Джалилабад, Ильичевск, Ордубад) фактически перешла в руки НФА. Было объявлено о создании Совета Обороны, который установил в столице республики комендантский час, заблокировал завалами и техникой въезды в город (в 24 местах), ввел патрулирование боевиков на улицах и площадях. Забастовка парализовала работу большинства предприятий и городского транспорта. Средства массовой информации полностью контролировались Народным фронтом, он начал выпускать свои издания, вести радио— и телепередачи… Во всех районах, прилегающих к НКАО, и вдоль государственной границы действовали вооруженные отряды численностью в 100–150 человек.
19 января на многотысячном митинге перед зданием ЦК КП Азербайджана демонстрировался макет виселицы, звучали требования об отставке партийного руководства и призывы к взятию власти Народным фронтом.
В результате взрыва самодельного устройства в энергоблоке было выведено из строя республиканское телевидение.
В этих критических условиях 19 января Президиум Верховного Совета СССР принял Указ «О введении чрезвычайного положения в городе Баку». Перед частями Советской Армии и внутренних войск была поставлена задача овладеть положением в городе и обеспечить надежный контроль за обстановкой.
В Баку находились в блокаде 3,6 тысячи военнослужащих СА и около 12 тысяч из состава ВВ. На подступах к городу сосредоточились подразделения СА численностью 6,4 тысячи человек, в соответствии с задачей им предстояло в 00 часов войти в Баку, преодолев заграждения, завалы, баррикады, и к 03 часам 20 января занять установленные места несения службы.
Работники МВД в связи с этим проводили по пикетам и баррикадам разъяснительную работу, призывая людей разойтись по домам и соблюдать режим чрезвычайного положения. Но принятые меры не дали желаемых результатов.