Поэтому нет ничего удивительного, что армянские части вскоре смогли взять инициативу в свои руки. Им удалось блокировать наземные коммуникации между населенными пунктами, населенными преимущественно азербайджанцами и расположенными в глубине региона, и приступить к их последовательному захвату. Существенным фактором военного противоборства явилась потеря нейтралитета командованием группировки ВВ МВД СССР в Карабахе — обе стороны предприняли значительные усилия для втягивания военных в конфликт. Сначала это были офицеры и прапорщики «титульной» национальности, а потом пошло давление и подкуп на остальных. А советские части, фактически брошенные на произвол судьбы, были просто вынуждены принимать одну из сторон конфликта. Часто выбор офицеров-славян был в пользу православной Армении, хотя некоторая часть все-таки поддалась на уговоры азербайджанских эмиссаров.
В итоге как армянские, так и азербайджанские формирования пополнялись бронетехникой и оружием, хотя о массовом характере говорить не приходится. Самым важным фактором стало появление настоящих военных профессионалов, которые перевели боевые действия на качественно новый уровень.
Вскоре резко проявилась и разница в подготовке как солдат, так и офицеров противостоящих сторон. В Советской армии среди армян насчитывались тысячи офицеров, причем как высшего, так и среднего звена, имевших боевую выучку, а количество офицеров-азербайджанцев исчислялось буквально единицами. Кроме того, типичный азербайджанский призывник в Советской армии чаще всего осваивал профессию повара или строителя, в то время как армянский — какую-то боевую специальность. Связано это было не столько с дискриминацией, а сколько с национальными традициями азербайджанцев, у которых военная служба была не в чести.
Используя преимущество в технике, 28 октября армянские подразделения начали наступление на азербайджанские населенные пункты Ходжавендского (Мартунинского) района. На втором этапе операции (с 16 ноября) боевые действия были перенесены и в Гадрутский район. В итоге к 24 ноября последние достаточно крупные населенные пункты Карабаха, населенные азербайджанцами, — Шуша и Ходжалы — были практически блокированы и снабжались исключительно по воздуху гражданскими вертолетами. Почти все азербайджанское население было вынуждено покинуть территорию Карабаха; армянские силы заняли более 30 населенных пунктов.
Чувствуя за собой значительное превосходство в живой силе и технике, азербайджанская сторона оказала весьма существенное давление на руководство МВД СССР, в результате чего было принято решение о полном выводе группировки своих сил с территории Карабаха. Азербайджанское руководство планировало решить карабахскую проблему одним броском сразу после вывода советских частей.
Что так и получится, подозревали многие военные. Характерно, например, высказывание одного из генералов ВВ Ю.В. Шаталина: «Анализируя ситуацию, порой обращаюсь к афганскому опыту. Разумеется, он весьма специфичен. Но именно благодаря Афганистану я заранее предвидел, чем закончится пребывание внутренних войск в Карабахе. Ничем. Первые три месяца афганский народ встречал нас с цветами. И в Нагорном Карабахе нас встречали с надеждой и пониманием. Но вот теплое отношение к «шурави» исчезло, как только мы начали наносить бомбо-штурмовые удары, проводить рейды в поисках душманских отрядов. И это вместо того, чтобы предоставить афганцам возможность самим решать судьбу своей революции, определять путь, по которому идти. Вмешались, и от нас отвернулся народ. У нас не стало поддержки людей. Все повторяется и в Нагорном Карабахе».
Вывод войск осуществлялся с середины декабря, причем армянская сторона, рассчитывавшая получить всю технику и вооружение вэвэшников, оказала на них мощное психологическое и иное давление. Так, в результате подкупа, угроз физической расправы штатная техника и вооружение 81-го оперативного полка ВВ (а это около 10 единиц БТТ, более 1 тысячи стволов стрелкового оружия) перешли под контроль армянской стороны. Правда, не стоит преувеличивать боевую ценность этих трофеев, так как на вооружении внутренних войск на тот момент состояли устаревшие образцы бронетехники, да и ценность стрелкового оружия в условиях конфликта измеряется прежде всего в наличии достаточного количества боеприпасов.
Ликвидация СССР в декабре 1991 года явилась ключевым фактором, воздействовавшим на дальнейший ход боевых действий. Провозглашение независимости Армении и Азербайджана окончательно трансформировало внутренний этнополитический кризис в межгосударственный вооруженный конфликт, что, в свою очередь, предопределило расширение масштабов и увеличение военно-технических параметров конфронтации.
Вывод внутренних войск СССР из Карабаха привел к кратковременному восстановлению баланса сил противоборствующих сторон в зоне конфликта. Так, 30–31 декабря в результате контрнаступления азербайджанцам удалось восстановить контроль над пригородом Степанакерта (Кяркиджахан) и приступить к массированным обстрелам столицы непризнанной республики. При этом широко применялись реактивные системы залпового огня БМ-13, БМ-21 «Град», противотанковые пушки Т-12 «Рапира», а также градобойная артиллерия и ракеты, размещенные на высотах к югу и западу от города.
Видя невозможность с ходу взять Степанакерт, азербайджанцы сосредоточились на обстрелах столицы непризнанной республики. Расположенный на открытом пологом склоне горы, город был со всех сторон окружен азербайджанскими населенными пунктами. Однако наибольшую опасность для карабахцев представлял расположенный прямо над Степанакертом, в южной стороне, на горе город Шуша. Понимая стратегическое положение города, в начале февраля в Шушу для обстрела Степанакерта азербайджанцами были переброшены две установки РСЗО БМ-21 «Град».
Попутно отметим, что к тому времени у армян тоже были две установки БМ-21 «Град», но, как показали дальнейшие события, ракет у них было меньше. Видимо, в этом случае против армян сыграло то обстоятельство, что боезапас приходилось доставлять на вертолетах из Армении.
В начале 1992 года азербайджанцы имели преимущество. Степанакерт лежал перед Шушой как на ладони и представлял собой легкую мишень для артиллерии. Однако стрельба из установок «Град» велась без конкретного плана на уничтожение стратегических объектов. Мало того, обстрелы производились без согласования того, когда и как стрелять. Вот, например, свидетельство азербайджанского офицера Азая Керимова: «Любой мог проснуться утром с похмелья после ночной попойки, сесть в «Град» и стрелять, стрелять, стрелять по Степанакерту без цели, без каких-либо координат».
Естественно, что количество погибших мирных жителей от таких обстрелов исчислялось десятками, если не сотнями. Многие горожане жили в панельных многоэтажках, которые были легкой мишенью для азербайджанской артиллерии.
Все ночи жители города проводили в подвалах своих домов. Сначала освещение было газовым, когда же подача газа прекратилась, стали жить при свечах. Утром люди выбирались наружу, чтобы сходить за водой к роднику в нескольких километрах от города. Продовольствие и медикаменты были на исходе. Журналист Вадим Быркин вспоминает: «Единственное, что я помню, — это холод. Когда вы проводите ночь в бомбоубежище, в подвале, и когда печка гаснет под утро, становится ужасно холодно. Утром, когда вы поднимаетесь наверх, вы не знаете, уцелел ваш дом или нет».