Однако после начала турецкого наступления она в мае 1918 года распалась на отдельные государства, которые практически сразу предъявили друг другу территориальные претензии.
Так, правительство Азербайджанской Демократической Республики при поддержке Турции декларировало свою территорию в рамках Бакинской и Елизаветпольской губерний несуществующей Российской империи, то есть с включением Карабаха и Зангезура. Ясно, что армяне Карабаха и Зангезура категорически отказались признать власть Азербайджана. Собственно говоря, именно к тому времени относится начало армяно-азербайджанского конфликта XX века.
22 июля 1918 года в Шуше был созван Первый съезд армян Карабаха, который провозгласил Нагорный Карабах независимой административно-политической единицей и избрал Народное правительство. Народное правительство Нагорного Карабаха состояло из пяти комиссариатов: иностранных и внутренних дел, военных дел, путей сообщения, финансов, земледелия и юстиции.
Одновременно была создана и армия. Вот что вспоминал об этом один из карабахских солдат того времени Зарэ Мелик-Шахназаров [7] :
«Всего в годы военных действий в Карабахе наша армия насчитывала до 17 тысяч человек. В основном это были пехотные подразделения. Конница была немногочисленна, командовал ею кавалерийский офицер по фамилии Чикнаверян. В армии существовали и другие подразделения. Санитарные части состояли из женщин. Кроме того, был еще и женский боевой батальон.
Что касается вооружения, то армия в последующем имела до 15 тысяч винтовок Мосина — «трехлинеек» и иных систем; револьверов, пистолетов системы «Маузер», немецких. Было всего 6 русских станковых пулеметов «Максим».
Главой правительства был Егише Ишханян, секретарем — Меликсет Есаян. Правительство издавало свою газету «Вестник Карабаха». В сентябре, на Втором съезде, оно было переименовано в Армянский Национальный совет Карабаха.
24 июля была принята Декларация Народного правительства Карабаха, в которой излагались задачи новообразованной государственной власти.
Весной 1918 года острой проблемой стал антагонизм между оседлым армянским населением и кочевниками-мусульманами. Прежняя государственная власть, регулировавшая их взаимоотношения, исчезла. Армяне, в страхе перед нападениями со стороны кочевников, стремились вооруженной силой воспрепятствовать их проходу в горы. В 1917–1918 годах им это удалось. Однако для кочевников лишение горных пастбищ означало угрозу голодной гибели, и в армянах они видели в буквальном смысле слова смертельных врагов. Этот фактор сыграл громадную роль в дальнейших событиях.
Между тем азербайджанские мусаватисты попытались включить Нагорный Карабах в пределы Азербайджана с помощью вторгшихся в Закавказье после Брестского мира турецких войск. Командующий турецкими войсками Нури-паша предъявил Национальному совету ультиматум, однако Второй съезд армян Карабаха, созванный 6 сентября 1918 года, отверг это требование турецкого командования и правительства Азербайджана. 15 сентября 1918 года турецкие войска взяли Баку, куда и переместилось из Гянджи мусаватистское правительство Азербайджанской Демократической Республики (до того в Баку правительство было советским). Немедленно вслед за этим из Баку на Карабах была выдвинута турецкая дивизия. Народному правительству Карабаха вновь был предъявлен ультиматум с требованием разоружения, пропуска турецких и азербайджанских войск в Шушу и признания власти Азербайджана.
Для обсуждения ультиматума 17 сентября 1918 года был созван Третий съезд армян Карабаха, на котором эти требования были решительно отвергнуты. Съезд в то же время постановил пойти на соглашение с турками, но турки, недовольные затяжкой времени, выдвинулись вперед и заняли Шушу, разоружив армянские части и произведя (вопреки обещаниям амнистии) массовые аресты среди местной интеллигенции. В горных районах, однако, армяне, сформировав четыре самостоятельных вооруженных отряда (Дизакский, Хаченский, Варандинский, Джерабердский), успешно сопротивлялись попыткам турок проникнуть в горы. Так, в Варанде армяне под командованием Сократ-бея Мелик-Шахназарова разгромили отряд в 300 турок, захватив в числе прочего 2 пушки и 2 пулемета. Такое положение сохранилось до конца октября.
31 октября Турция капитулировала перед Антантой. Вскоре после этого Баку был занят английскими войсками, переброшенными из Ирана под командованием генерала Томсона, который был назначен губернатором Азербайджана.
Однако в Карабахе еще долго сохранялись остатки турецких войск, частично слившихся с армией Азербайджана. В конце ноября на Карабах, против турок и азербайджанцев, двинулся со своим отрядом обосновавшийся тогда в Зангезуре армянский генерал Андраник, который разгромил, по азербайджанским данным, до 150 мусульманских селений в Зангезуре и Карабахе; беженцы из них хлынули в Агдам. Армяне Карабаха находились в состоянии эйфории, ожидая неизбежного объединения с Арменией (Араратской республикой), что Андраник и провозгласил своей целью. Однако, не дойдя до Шуши, Андраник вернулся обратно по требованию англичан, особым приказом предписав карабахцам «немедленно приостановить боевые действия против татар и турок». О распоряжавшейся в Шуше английской миссии (майоры Монк-Мэссон и Гиббон) азербайджанцы жаловались, что она целиком находится под влиянием армян. Армянский Национальный совет Карабаха был восстановлен и вновь взял в свои руки управление регионом. Карабахцы почувствовали себя свободнее, хотя обстановка была далека от нормальной; в районе оставались азербайджанские и частично турецкие войска, грабежи, разбои и взаимные армяно-мусульманские столкновения продолжались, при этом там, где армяне оказывались в силе, они, в свою очередь, совершали набеги на мусульманские селения, сопровождавшиеся угонами скота, а в некоторых случаях — и убийствами. Ситуацию осложняло огромное количество беженцев, которых, по оценке генерала Томсона, скопилось во всем Карабахе до 40 тысяч — 30 тысяч армян и 10 тысяч мусульман [8] .
В Карабахе царило общее мнение, что, поскольку армяне сражались против турок, а мусаватисты были фактически турецкими ставленниками, то со стороны победоносных союзников для армян последует соответствующая награда, а для Азербайджанской Республики — наказание. Однако вскоре, к большому разочарованию армян, выяснилось, что англичане поддерживают претензии Азербайджана на Карабах (из-за нефтяных интересов, как считали армяне). Заявив, что судьба спорных территорий должна быть решена на Парижской мирной конференции, английское командование на деле оказывало Азербайджану всевозможную поддержку в карабахском вопросе. Почувствовав это, Баку в начале 1919 года объявил мобилизацию и занял гарнизонами Шушу, Ханкенди, Аскеран и Карягино [9] .
15 января 1919 года английское командование до окончательного решения спорных вопросов на Парижской мирной конференции утвердило генерал-губернатором Карабаха (с Зангезуром) назначенного азербайджанским правительством Хосровбека Султанова, которого армяне считали ярым армянофобом и одним из ответственных за армянскую резню в Баку.