В сложившихся условиях, при отсутствии содействия независимому расследованию истинных обстоятельств Катынского дела со стороны высшего политического руководства России, руководства Росархива и руководителей российских архивов единственным легальным методом поиска документов по Катыни остается самостоятельный поиск их исследователями в открытых фондах общедоступных российских архивов.
Однако при проведении этой работы приходится учитывать то обстоятельство, что архивы СССР, Польши и других стран неоднократно подвергались политическим кампаниям по дополнительному засекречиванию и изъятию документов, имевших какое-либо отношение к Катынскому делу. Поэтому при поиске в архивах документов по Катыни мы вынуждены руководствоваться принципом: «Отсутствие информации само по себе является информацией». Параллельно с поиском конкретных документов по теме приходится также выявлять подозрительные «лакуны» в массивах рассекреченных документов.
К примеру, по неизвестной причине в фонде Главного управления аэродромного строительства НКВД в ГАРФе отсутствуют объяснительные записки от начальников трех лагерных отделений Вяземлага — Смоленского, Купринского и Краснинского асфальто-бетонных районов — об обстоятельствах эвакуации летом 1941 года личного состава и техники. По всем остальным девяти АБР Вяземлага такие записки есть, а по трем указанным — нет! С учетом точного совпадения мест дислокации Смоленского, Купринского и Краснинского АБР с указанными в материалах комиссии Бурденко местами дислокации «лагерей особого назначения» № 1-ОН, № 2-ОН, № 3-ОН изъятие объяснительных записок начальников этих АБР из общего массива документов Вяземлага следует признать косвенным доказательством факта содержания «катынского» польского контингента в этих трех АБР.
Аналогичная «лакуна» выявлена в Российском государственном военном архиве в фонде 136-го отдельного батальона конвойных войск НКВД. Из массива рассекреченных документов батальона изъят архивный том с проектами приказов по данной воинской части за период с 15 марта по 12 июня 1941 год. Предположительной причиной изъятия именно этого тома (так называемой «книги проектов приказов») является перевод бойцов 2-й роты 136-го батальона с внешней охраны Козельского лагеря НКВД для военнопленных на внешнюю охрану Катынского исправительно-трудового лагеря Вяземлага («лагеря № 2-ОН», по терминологии комиссии Бурденко). Изъяты также многие оперативные приказы по 136-му отдельному батальону за 1940–1941 годы, причем именно за те периоды, когда батальон занимался конвоированием польских военнопленных или внешней охраной Катынского лагеря.
Депутатом Государственной думы РФ В. И. Илюхиным выявлен факт изъятия в 1964 году из хранящихся в Информационном центре УМВД по Пензенской области архивных фондов Вяземского исправительно-трудового лагеря НКВД всех документов, касающихся заключенных, содержавшихся в 1940–1941 годах в Смоленском, Купринском и Краснинском асфальто-бетонных районах Вяземлага. Документы были вывезены из Пензы в Москву, где их следы затерялись. По некоторым данным, вывезенные в 1964 году из Пензы документы о польском контингенте Вяземлага периода 1940–1941 годов были помещены на спецхранение в Центральный государственный архив народного хозяйства СССР (ныне — Российский государственный архив экономики), откуда они были вторично изъяты в 1996 году и направлены на спецхранение в Архив президента Российской Федерации.
Доктором исторических наук Ю. Н. Жуковым в АПРФ при просмотре подборки документов, подготовленных в 1992 году для «дела КПСС» в Конституционном Суде, была обнаружена ксерокопия подлинного письма Берии в ЦК ВКП(б) с предложением о расстреле 3196 польских преступников. К сожалению, Ю. Н. Жукову не удалось тогда получить копию этого важнейшего документа.
Одной из самых интересных документальных находок, сделанных участниками проекта «Правда о Катыни», является обнаружение независимым исследователем Г. Спаськовым в Российском государственном военном архиве двух рассекреченных оперативных сводок за 1941 год 55-го полка войск НКВД по охране особо важных объектов. Из содержания этих сводок частично прояснилась судьба примерно 6000 военнопленных полицейских из Осташковского лагеря. Выяснилось, что в январе — феврале 1941 года их перебросили в район Беломоро-Балтийского канала (предположительно в Маткоженский исправительно-трудовой лагерь НКВД на строительство Маткоженской ГЭС), а в первых числах июля 1941 года, уже после начала войны, стали небольшими партиями конвоировать через Пудож в направлении Архангельска.
Также весьма интересной находкой следует признать циркуляр НКВД СССР № 245сс от 18 сентября 1941 года «О порядке освобождения польских граждан». Данный циркуляр доказывает, что амнистия 12 августа 1941 года не была всеобщей, и существовал контингент польских граждан, вообще не подлежавший освобождению, — осужденные по «бытовым» статьям УК польские уголовники, родственники находившихся на нелегальном положении членов ОУН, провокаторы в польской компартии и комсомоле. Весьма ограниченно (лишь при наличии персонального заключения ГУГБ НКВД СССР о целесообразности освобождения) освобождались по амнистии от 12 августа 1941 года осужденные за шпионаж и подследственные по статьям о шпионаже. Кроме того, в этом циркуляре есть ссылки на три директивных письма НКВД от 19 августа 1941 года, имевших прямое отношение к «катынским» полякам, — № 429 «О порядке освобождения польских военнопленных» и №№ 430, 431 «О порядке освобождения польских граждан». С учетом свидетельства А. Богатикова, можно предположить, что одним из этих подзаконных актов НКВД могло быть отсрочено до 1945 года освобождение осужденных польских полицейских из Осташковского лагеря.
Доктор исторических наук Н. К. Петрова выявила в Государственном архиве РФ в фонде Совинформбюро поразительный документ — показания военнопленного немецкого унтер-офицера, участника расстрела польских офицеров в Катыни. В этих показаниях впервые называется номер немецкой части, непосредственно занимавшейся расстрелами в Катыни. Копия этого документа будет вывешена на сайте «Правды о Катыни», и документ будет введен в свободный научный оборот.
Собственное журналистское расследование истинных обстоятельств Катынского дела начала также редакция журнала «Международная жизнь». Поводом к этому расследованию послужила находка в Архиве внешней политики РФ неизвестных архивных документов 1945–1946 годов, связанных с заявлением польского гражданина, работавшего осенью 1941 года шофером в немецкой айнзатцкоманде, расстреливавшей поляков, русских и евреев в населенных пунктах вблизи Смоленска. Будучи в Германии после окончания войны, этот польский гражданин опознал двух офицеров-эсэсовцев из своей айнзатцкоманды и написал письмо в советское представительство с просьбой об их аресте. Данное обращение вызвало обширную переписку между внешнеполитическими ведомствами СССР и ПНР. В итоге советская сторона посоветовала автору письма обратиться в польскую дипломатическую миссию, поскольку в тот период расследованием Катынского дела занималась польская сторона и соответствующие документы хранились в Польше.
К настоящему времени на основании выявленных рассекреченных документов ГАРФ составлены списки советских вольнонаемных работников трех «лагерей особого назначения» под Смоленском, а на основании аналогичных документов РГВА — списки военнослужащих 2-й роты 136-го отдельного батальона конвойных войск НКВД, осуществлявших внешнюю охрану Катынского лагеря. В перспективе планируется провести изучение архивных личных дел указанных советских граждан и опрос их родственников с целью возможного получения информации о деталях Катынского дела.