На основании постановления от 5 марта 1940 г. Сопруненко формировал в апреле — мае 1940 г. из военнопленных команды по 90–260 человек, на которых оформлял списки-предписания (с единой нумерацией для всех трех лагерей) с приказами начальникам лагерей отправлять их в УНКВД Смоленской, Калининской и Харьковской областей (т. 6/42. Л. д. 112–113; т. 7/43. Л. д. 104–107; т. 11. Л. д. 1 —361 и др.).
С 1 апреля по 19 мая 1940 г. на основании составленных П. К. Сопруненко и его заместителем И. И. Хохловым списков из лагерей военнопленных железнодорожным транспортом под охраной конвоиров 236-го полка конвойных войск НКВД СССР (т. 1/50. Л. д. 9–370) во внутренние тюрьмы НКВД и на станцию Гнездово под Смоленском, в Катынский лес отправлялись команды военнопленных.
Расстрелы осуществлялись во внутренних тюрьмах УНКВД в специально оборудованных помещениях вечером и по ночам, поодиночке, в Катынском лесу — днем, партиями. Расстрелами и захоронениями поляков занимались сотрудники комендантской службы, тюремные надзиратели и водители УНКВД названных областей. Вся непосредственная работа по отправке военнопленных на расстрел контролировалась Управлением по делам военнопленных НКВД СССР и лично П. К. Сопруненко и И. И. Хохловым, которые требовали неукоснительного соблюдения секретности и точности при отправке военнопленных в соответствии со списками-предписаниями, а также систематических докладов о ходе разгрузки лагерей (т. 11/47. Л. д. 118–122; т. 8. Л. д. 332; т. 7. Л. д. 227, 237; т. 7/43. Л. д. 103–107; т. 10/46. Л. д. 261–263; т. 20. Л. д. 39–40, 71–73, 117–118, 119). П. К. Сопруненко, в свою очередь, еженедельно составлял для отчета перед руководством НКВД СССР о проведении операции сводки о наличии военнопленных в лагерях НКВД и справки о прохождении дел (т. 10/46. Л. д. 243–335). После завершения операции по указанию П. К. Сопруненко и СВ. Нехорошева значительная часть документации о военнопленных для сокрытия факта расстрела была сожжена (т. 7/43. Л. д. 109,151–152). Поскольку в лагеря продолжала поступать корреспонденция и запросы от родственников расстрелянных поляков, было предписано возвращать их «за ненахождением адресата» (т. 13/49. Л. д. 250; т. 10/46. Л. д. 152).
Согласно записке КГБ при СМ СССР за подписью председателя КГБ А. Н. Шелепина от 3 марта 1959 г., всего было расстреляно 21857 человек «лиц бывшей буржуазной Польши», в том числе в Катынском лесу (военнопленных из Козельского лагеря) — 4421 человек, из Старобельского лагеря — 3820 человек, из Осташковского лагеря — 6311 человек (как место расстрела указывались лагеря). 7305 человек были расстреляны в «лагерях и тюрьмах Западной Украины и Западной Белоруссии» (т. 115. Л. д. 17–19).
Допрошенный в качестве свидетеля А. Н. Шелепин подтвердил подлинность записки и фактов, изложенных в ней.
Эти данные не совпадают с отчетными данными лагерей в сторону повышения численности расстрелянных.
При подсчете общего количества расстрелянных во исполнение постановления Политбюро ЦК ВКП(б) от 5 марта 1940 г. наиболее точными следует считать итоговые данные А. Н. Шелепина.
П. К. Сопруненко, допрошенный в качестве свидетеля с применением видеозаписи, подтвердил, что он был лично ознакомлен с постановлением Политбюро ЦК ВКП(б) о расстреле польских военнопленных. Претворяя это решение в жизнь, он руководил всей отправкой польских военнопленных в распоряжение УНКВД Харьковской, Смоленской и Калининской областей. Расстрелянных захоронили на территории дачных участков УНКВД указанных областей (т. 14. Л. д. 210–236).
Аналогичные показания дал бывший начальник УНКВД по Калининской области Д. С. Токарев, который, кроме того, пояснил, что в Калинин для организации расстрелов приезжали комендант НКВД СССР В. М. Блохин, начальник штаба конвойных войск НКВД комбриг М. С. Кривенко и начальник транспортного управления НКВД СССР СР. Мильштейн. К участию в расстрелах привлекались сотрудники комендантской службы, надзиратели внутренней тюрьмы и водители УНКВД Калининской области. Военнопленных расстреливали в подвальном помещении внутренней тюрьмы УНКВД Калининской области ночью, по одному, выстрелом в затылок из немецкого пистолета «Вальтер». Трупы захоронили на дачном участке УНКВД в поселке Медное Калининской области (т. 21. Л. д. 148–167).
Свидетель М. В. Сыромятников, служивший старшим по корпусу внутренней тюрьмы УНКВД Харьковской области, показал, что в мае 1940 г. в тюрьму привезли большое количество польских военнопленных, которых расстреливали по ночам, а затем вывозили хоронить в район дач УНКВД (т. 4. Л. д.
84–92; т. 22. Л. д. 38–45; т. 24. Л. д. 38–45). Работавший надзирателем в тюрьме УНКВД по Смоленской области К. Е. Бороденков также показал, что из разговоров с сослуживцами И. А. Гвоздовским, И. И. Стельмахом, И. М. Сильченковым, И. И. Грибовым в 1940 г. ему стало известно, что они расстреливали польских военнопленных и захоронили их в лесу в Козьих горах (в Катынском лесу) (т. 16. Л. д. 13–14).
Аналогичные показания о расстрелах весной 1940 г. польских военнопленных дали свидетели И. И. Титков (т. 16. Л. д. 5–7, 62–76), И. Ноздрев (т. 14. Л. д. 103–107; т. 16. Л. д. 43–61), П. Ф. Климов (т. 16. Л. д. 35–38), И. И. Дворниченко (т. 1. Л. д. 61–62; т. 19. Л. д. 28–33) и другие.
Проведенными в 1991 г. эксгумациями на территориях дачных поселков УКГБ по Калининской (Тверской) области (Медное), Харьковской области (д. Пятихатки) и Смоленской области (Катынский лес) подтверждается, что там имеются массовые захоронения польских военнопленных, убитых выстрелом в затылок (т. 31, 102).
Расхождения в цифрах в постановлении Политбюро и записке А. Н. Шелепина в сторону снижения с 11000 человек до 7305 человек, видимо, объясняются тем, что почти одновременно с подготовкой на Политбюро «Вопроса НКВД СССР» Л. П. Берия подписал приказ об отправке из тюрем Западной Белоруссии и Западной Украины после осуждения особым совещанием НКВД «перебежчиков» (то есть беженцев с занятых немцами польских территорий или перемещавшихся в зоне новой границы, или пытавшихся пробраться на территорию Венгрии, Румынии и Литвы местных жителей) в Севвостлаг НКВД (г. Владивосток). Согласно циркуляра временно исполняющего обязанности начальника конвойных войск НКВД Кривенко от 2 марта 1940 г., предполагалось сформировать 6–8 эшелонов численностью по 1000–1500 человек — отправить таким образом «для отбытия срока наказания» через ГУЛАГ 6–12 тыс. человек.
Вслед за постановлениями Политбюро ЦКВКП(б) В. П. Меркулов 7 марта 1940 г. издал приказ № 00308, предписывавший организовать при помощи оперативных «троек» массовый вывоз (депортацию) семей всех обозначенных в записке Л. П. Берии категорий лиц, содержавшихся в Козельском, Старобельском и Осташковском лагерях, а также поляков из тюрем и лагерей Западной Украины и Западной Белоруссии (т. 116).
Массовое умерщвление польских граждан держалось в строгой тайне. Однако после нападения Германии на СССР международная ситуация изменилась, были восстановлены советско-польские отношения и по соглашению 30 июля 1941 г. предполагалось создать на территории СССР польскую армию. В СССР было объявлено об амнистировании польских граждан. Немедленно встал вопрос о местонахождении польских офицеров. Польское правительство в изгнании генерала Вл. Сикорского настойчиво пыталось вести их поиск. В Москву были переданы списки на 8300 офицеров и 7 тыс. других польских граждан с просьбой освободить их.