Вместо упраздненных управлений экономической контрразведки и контрразведывательного обеспечения стратегических объектов были созданы шесть новых управлений во главе с новыми руководителями. В эти новые управления Путин набрал старых выведенных за штат сотрудников, завершив этим реорганизацию, на которую ушел примерно месяц. Без работы никто из выведенных за штат не остался. Общее число сотрудников ФСБ Путин не сократил.
Путин сделал работу в ФСБ более привлекательной в финансовом отношении. Он добился регулярного финансирования ФСБ и - непосредственно у Ельцина, минуя бюрократическую лестницу, - повышения зарплаты сотрудникам ФСБ, которых теперь уравняли с работниками Службы внешней разведки (СВР) и Федерального агентства правительственной связи (ФАПСИ).
29 марта 1999 г. Путин был назначен секретарем Совета Безопасности РФ с сохранением должности директора ФСБ. Так что с точки зрения карьерного роста работу Путина в ФСБ следовало признать успешной. Что же касается борьбы с преступностью, то здесь возникли проблемы. В период директорства Путина в ФСБ в России были совершены следующие крупные преступления (почти все оставшиеся нераскрытыми):
Убийство на даче под Смоленском президента Ассоциации российских производителей бриллиантов Александра Шкадова (1 августа 1998 г.).
Покушение на мэра Махачкалы Саида Амирова (8 августа 1998 г.).
Взрыв у здания приемной ФСБ на Лубянке (13 августа 1998 г.). По обвинению в организации этого взрыва в 1999 г. был арестован Александр Бирюков из левацкой группы "Новая революционная альтернатива", признанный впоследствии параноидальным шизофреником.
Убийство главного редактора журнала "Юридический Петербург сегодня" Анатолия Левина-Уткина (20 августа 1998 г.).
Убийство во дворе Центральной мечети Махачкалы муфтия Дагестана Саид-Мухаммада Абубакарова и его брата (21 августа 1998 г.).
Убийство в Подмосковье президента Российского общественного фонда инвалидов военной службы Алексея Вуколова (3 сентября 1998 г.).
Очередное покушение в Махачкале на Саида Амирова (4 сентября 1998 г.).
Убийство в Санкт-Петербурге заместителя председателя городского Комитета по потребительскому рынку Евгения Агарева (28 сентября 1998 г.).
Похищение в Грозном (29 сентября 1998 г.) и убийство (3 октября 1998 г.) заместителя представителя правительства РФ в Чечне Акмаля Саидова.
Убийство радиоуправляемой миной президента АО "Петербургская топливная компания", бывшего кандидата на пост губернатора Санкт-Петербурга Дмитрия Филиппова, доверенного лица Геннадия Селезнева (умер 13 октября 1998 г. от ран, полученных 10 октября).
Ранение в Санкт-Петербурге в результате покушения советника и спонсора Селезнева Михаила Ошерова (16 октября 1998 г.).
Убийство в Москве гендиректора ЗАО "Томс-Нефть-Восток" Александра Берлянда (20 октября 1998 г.).
Убийство в Московской области следователя спецпрокуратуры Юрия Кереся (20 октября 1998 г.).
Покушение в Грозном на муфтия Чечни Ахмад-Хаджи Кадырова (26 октября 1998 г.
Убийство заместителя гендиректора АО "Челябэнерго" Николая Щапина (1 ноября 1998 г.).
Убийство начальника транспортной милиции Новороссийска Евгения Федорякина (5 ноября 1998 г.).
Убийство в Москве советника губернатора Кемеровской области Александра Гонтова (18 ноября 1998 г.
Убийство в Санкт-Петербурге Галины Старовойтовой (28 ноября 1998 г.)
Покушение на убийство первого зампрефекта Центрального округа Москвы Петра Бирюкова (28 ноября 1998 г.).
Убийство в Чечне трех англичан и одного новозеландца (иностранные специалисты были похищены 3 октября 1998 г., а их обезглавленные тела обнаружены 10 декабря).
Покушение на адвоката Петра Кучерену (16 декабря 1998 г.).
Взрыв автомобиля у посольства США в Москве (17 января 1999 г.).
Поджог здания УВД в Самаре 10 февраля 1999 г. Во время пожара погибло 57 сотрудников УВД.
Убийство в Москве редактора журнала "Российский адвокат" А. Полякова (4 марта 1999 г.).
Похищение в Грозном полномочного представителя МВД России генерала Геннадия Шпигуна (5 марта 1999 г.).
Погром в синагоге в Новосибирске (в ночь с 8 на 9 марта 1999 г.).
Взрыв на рынке во Владикавказе, более 60-ти человек убито, более 100 ранено (19 марта 1999 г.).
Покушение на первого заместителя главы администрации Омской области Андрея Голушко. Голушко тяжело ранен (22 марта 1999 г.).
Попытка обстрела из гранатомета посольства США в Москве (28 марта 1999 г.). Один из террористов впоследствии дал интервью, в котором рассказал об участии в теракте и был арестован и осужден.
Убийство в Махачкале заместителя генерального прокурора Дагестана Курбана Булатова (31 марта 1999 г.)
Повторный взрыв под стеной здания приемной ФСБ на Лубянке (4 апреля 1999 г.). По обвинению в организации этого взрыва были впоследствии осуждены три девушки из подпольной группы "Новая революционная альтернатива".
Убийство в Санкт-Петербурге главного координатора ЛДПР по Петербургу и Ленинградской области Геннадия Туманова (9 апреля 1999 г.).
Покушение на председателя Республиканского суда Карачаево-Черкессии Ислама Бурлакова (13 апреля 1999 г.).
Попытка взорвать офис Иосифа Кобзона в гостинице "Интурист", ранено 16 человек (26 апреля 1999 г.).
Минирование еврейского театра "Шолом" в Москве (10 мая 1999 г.).
Покушение на заместителя начальника Северо-западного РУБОПа Санкт-Петербурга полковника Николая Аулова и его жену. Оба тяжело ранены выстрелом из снайперской винтовки (26 мая 1999 г.).
Второе покушение на муфтия Чечни Ахмад-Хаджи Кадырова (конец мая 1999 г.).
Убийство атамана реестрового Всевеликого войска Донского Геннадия Недвигина (6 июня 1999 г.).
Убийство мэра г. Дедовска Московской области Валентина Кудинова (22 июня 1999 г.).
Убийство мэра г. Кызыла, лидера тувинского отделения партии ДВР Генриха Эппа (21 июля 1999 г.).
Обстрел из гранатомета дома приемов ЗАО "Логоваз" в Москве (8 августа 1999 г.).
Лишь одну операцию Путин провел успешно: по снятию со своего поста генерального прокурора России Юрия Скуратова. Почему коррумпированный генеральный прокурор России решил бороться с коррупцией в Управлении делами президента и самим Ельциным, сказать трудно. То ли из-за лояльности Коржакову, то ли из-за политических симпатий коммунистам, то ли под давлением Евгения Примакова, являвшегося тогда премьер-министром, крайне негативно относившимся и к Ельцину, и к его окружению, часто называемому "семьей", в том числе и к управделами президента Павлу Бородину. Уж в чем точно нельзя было заподозрить ни Скуратова, ни всех следующих генпрокуроров России, это в искреннем желании бороться с коррупцией в верхних эшелонах власти, что в общем-то генпрокуроры обязаны были делать по должности.