8 октября 1998 г. Скуратов возбудил уголовное дело по фактам коррупции в Управлении делами президента. Совместно со швейцарскими коллегами российские следователи выявили ряд злоупотреблений при подписании и осуществлении контрактов по реставрации Кремля и обновлении салона самолета президента, в том числе счета с многомиллионными вкладами на имя Павла Бородина, его дочери и зятя. Расследования Скуратова буквально пошатнули трон Ельцина. Все чаще и чаще в Думе звучало слово "импичмент".
Однако спустя шесть месяцев после начала расследования было возбуждено уголовное дело в отношении самого Скуратова, который обвинялся в поступках, несовместимых с его должностью и званием. Дело в том, что в распоряжении ФСБ в марте 1999 г. оказались видеозаписи, на которых "человек, похожий" на Скуратова в абсолютно голом виде занимался любовью с двумя столь же голыми "девушками по вызову". В ночь с 1 на 2 апреля 1999 г. заместитель прокурора города Москвы возбудил в отношении Скуратова уголовное дело. Поспешность в возбуждении уголовного дела объяснялась просто - швейцарские следователи быстро продвигались в расследовании незаконной деятельности швейцарских фирм, осуществлявших работы по выполнению контрактов с Кремлем, и необходимо было как можно быстрее прекратить это расследование. Сделать это можно было лишь сменив генерального прокурора, отставку которого по закону должна была утвердить верхняя палата российского парламента - Совет Федерации. Процедура была сложная и долгая.
В отличие от российских коллег швейцарские следователи довели расследование до конца. Итогом его явился получивший широкий международный резонанс арест в США Павла Бородина, прибывшего туда на процедуру инаугурации президента Джоржа Буша, с последующей его экстрадицией в Швейцарию. В ходе следствия и судебного разбирательства была вскрыта коррупционная схема, используемая Бородиным и его швейцарскими подельниками. Бородин по решению швейцарского суда был оштрафован на примерно 375 тысяч долларов, но вины своей не признал и от уплаты наложенного на него штрафа отказался. Отказалась вносить штраф за Бородина и Россия. Деньги, являвшиеся залогом для освобождения Бородина из швейцарской тюрьмы, были внесены одним из его швейцарских партнеров. В конце концов дело закончилось фарсом.
Практически совпали по времени атаки на генерального прокурора Скуратова и свидетеля швейцарской прокуратуры Филиппа Туровера, информация которого использовалась швейцарскими и российскими следователями. После отставки Скуратова в отношении швейцарского подданного Туровера прокуратурой Москвы было возбуждено уголовное дело. Вот что пишет в своих воспоминаниях "Вариант дракона" Скуратов: "Туровер нам помог более чем ФСБ, МВД и СВР вместе взятые. Все показания его, увы, подтвердились. Не зафиксировано ни одного случая лжесвидетельства с его стороны. Наши спецслужбы, защищая "кремлевских", начали разрабатывать Туровера и дискредитировать его". Он обвинялся в обмане, подстрекательстве, даче взятки и краже. В связи с возбуждением уголовного дела Туровер был объявлен во всероссийский розыск, а затем и в розыск по линии Интерпола. Правда, обвинения российской стороны против Туровера не подтвердились и со временем дело было закрыто.
В операции по дискредитации и снятию Скуратова самая главная роль была отведена Путину. Именно его агенты сняли и оплатили квартиру, в которую приехал Скуратов для встречи с девушками. Именно его агенты произвели запись развлечений генерального прокурора. Именно в распоряжении Путина оказалась пленка, на которой "человек, похожий на генерального прокурора", как писала, в соответствии с законом российская пресса, не имевшая права утверждать, что на пленках запечатлен именно Скуратов, находился в компании двух проституток. И именно Путин публично озвучил требование президента Ельцина к Скуратову добровольно уйти в отставку во избежание скандала.
После отказа Скуратова запись сексуальных развлечений "человека, похожего на генпрокурора", была продемонстрирована по государственному телеканалу РТР. Видеозапись руководителю РТР Михаилу Швыдкову предоставил лично "человек, похожий на директора ФСБ" Путина. Несколько позже пленка была также продемонстрирована по каналу ОРТ в программе Сергея Доренко.
7 апреля 1999 г. директор ФСБ Путин сообщил в своем выступлении на телевидении, что предварительная оценка экспертов ФСБ и МВД признала видеозапись сексуальных развлечений генпрокурора подлинной и вновь высказался за добровольную отставку Скуратова. Он также заявил, что "мероприятие", зафиксированное на видеопленке, оплачивалось "лицами, проходящими по уголовным делам", расследуемым генпрокуратурой, и потребовал "объединить" материалы двух уголовных дел: дела по ст. 285 УК РФ ("злоупотребление служебным положением") против Скуратова и дела по ст. 137 ("вмешательство в частную жизнь") - против лиц, незаконно следивших за генпрокурором. В конечном итоге лица, сделавшие скандальную видеозапись, остались официально неизвестными, а идентичность Скуратова и "человека, похожего на генерального прокурора", не была установлена юридически. Тем не менее Скуратов был вынужден уйти в отставку. Его сменил Владимир Устинов.
В ноябре 1998 г. большой резонанс получил скандал, связанный с именами Бориса Березовского и Александра Литвиненко. 17 ноября группа офицеров ФСБ, возглавляемая подполковников ФСБ Литвиненко, хотя в этой группе формально он не был самым старшим - старшим был полковник Александр Гусак - выступила на пресс-конференции в крупнейшем новостном агентстве России "Интерфакс", транслируемой всеми каналами российского телевидения на всю страну, с заявлением, что руководство ФСБ отдало им приказ убить Исполнительного секретаря СНГ Бориса Березовского. За несколько дней до этого, 13 ноября в газете "КоммерсантЪ" было опубликовано открытое письмо Березовского Путину, в котором Березовский сообщил о существовании внутри спецслужбы заговора партийной (коммунистической) номенклатуры, покрывающей преступников из ФСБ. Хотя эпизод с подстрекательством относился ко времени руководства предшественника Путина, Ковалева, новый директор ФСБ отреагировал на заявление Березовского крайне жестко. Он заявил, что его служба не участвует в политических играх и, напротив, защищает в рамках закона конституционный строй и безопасность личности, общества и государства. Путин осудил вмешательство любых политических сил (намекая на Березовского) в работу ФСБ, которая, по его словам, должна направляться только президентом. Любые попытки подобного вмешательства директор ФСБ расценил как дестабилизирующие обстановку в стране.
Скандал поставил под угрозу репутацию Путина и его ведомства. Свою обеспокоенность сложившейся ситуацией на встрече с Путиным высказал президент, рекомендовавший Путину разобраться с сутью выдвинутых группой Литвиненко против руководства ФСБ обвинениями. Путин на это декларировал, что "в случае подтверждения сведений о преступной деятельности наших сотрудников, независимо от званий и должностей, мы безжалостно избавляемся от них и передаем материалы в прокуратуру".
Однако общественное мнение страны и пресса, склонные приписывать российскому олигарху Березовскому контроль над высшими чиновниками государства, стали подозревать, что все происходящее является сговором между Путиным и Березовским с целью отдать контроль над ФСБ Березовскому и его людям, одним из которых считался Литвиненко. Такие настроения общественности для Путина представляли угрозу. Было известно об открытом конфликте Березовского с премьер-министром Примаковым, в кабинет министров которого входил Путин; генпрокуратура пыталась возбудить против Березовского уголовные дела по обвинению в экономических преступлениях; и ассоциирование Путина с Березовским, конечно же, шло Путину во вред. Тем более, что Березовский стал терять влияние внутри ельцинского окружения, и информация об этом не дойти до Путина не могла, так как и он входил в это окружение и был близко знаком со всеми остальными туда входящими.