На первом заседании правительства, проводимом под его председательством, Путин сообщил, что отставка Степашина обусловлена не "негативной оценкой действий премьера и правительства, а желанием президента в преддверии выборов в Госдуму, выборов президента, а также в связи с обострением ситуации на Кавказе изменить внутриполитическую конфигурацию в стране". Под "обострением ситуации на Кавказе" имелось прежде всего в виду вторжение из Чечни в Дагестан партизанских отрядов Шамиля Басаева, с которыми российские войска в Дагестане вели затяжные бои.
Необходимость изменения "внутриполитической конфигурации" объясняли существовавшим внутри правительства противостоянием между Степашиным и первым вице-премьером Николаем Аксененко, поддерживаемым Березовским. В правительстве Путина влияние Аксененко, который играл роль главного представителя президентской "семьи" в кабинете, должно было сойти на нет, тем более, что выдвижение Путина поддержали Волошин, российский олигарх Роман Абрамович, Чубайс, Юмашев и дочь Ельцина Татьяна Дьяченко, формально являвшаяся советником Ельцина. Но главным, конечно же, было то, что Путина поддержал Ельцин.
Новое правительство должно было обеспечить не только спокойное проведение президентских выборов, но и предстоящих в декабре 1999 г. выборов в парламент страны. Степашин не хотел противостоять объединению двух центральных партий парламента - "Отечества", созданного Юрием Лужковым еще в январе, и "Всей России", созданной в апреле Минтимером Шаймиевым. Объединение этих двух партий представляло для Кремля серьезную угрозу. Между тем Степашин отказался участвовать в создании конкурирующей им силы, и в Кремле пришли к выводу, что Степашин заключил с Лужковым и Примаковым (считавшимся фаворитом президентской гонки и очевидным кандидатом на кресло Ельцина) негласное соглашение о сдаче позиций Примакову. Это и предопределило решение об отставке Степашина с поста премьер-министра.
Очередная смена правительства была рискованным для Ельцина шагом прежде всего потому, что Путина в стране никто не знал. Его карьерный рост был слишком стремителен для того, чтобы лицо его примелькалось. Он был неизвестен и неузнаваем. В день назначения Путин заявил о намерении обеспечить преемственность политики нового кабинета по отношению к прежнему курсу правительства как в экономической политике, так и во внутриполитической, прежде всего в вопросах, касающихся Чечни и Дагестана. Тем не менее в связи с приходом к власти Путина журналистами и общественностью высказывались опасения серьезного ужесточения политики федерального центра в этом регионе и внутренней политики вообще, вплоть до введения в стране чрезвычайного положения и отмены президентских выборов, особенно если Кремль не будет уверен в победе на выборах преемника Ельцина Путина.
Так или иначе, в Путине видели "твердую руку", которая должна была завоевать симпатии российских избирателей. Эту роль прочили еще Степашину, которого умышленно сравнивали с Аугусто Пиночетом, но он оказался, по мнению Кремля, слишком "слабым". В частности, Степашин, будучи одним из инициаторов первой чеченской войны и однажды уже в Чечне обжегшись, без энтузиазма относился к идее второй чеченской войны, принципиальное решение о начале которой было принято уже в марте 1999 г., когда Путин был руководителем ФСБ. Вводить в стране чрезвычайное положение Степашин тоже готов не был. Иными словами, войти в историю российским Пиночетом Степашин, в отличие от Путина, не хотел.
14 сентября 1999 г., вскоре после взрыва второго жилого дома в Москве, Путин выступил на заседании Государственной думы, посвященном вопросу борьбы с терроризмом. Основные тезисы Путина:
восстановление подчинения местных силовых органов федеральным;
недопустимость репрессий по национальному признаку;
Чечня - террористический лагерь;
критическая характеристика хасавюртовских соглашений;
временный карантин по периметру Чечни;
Чечня остается субъектом РФ;
требование от чеченских властей выдачи преступников;
безжалостное уничтожение бандитов в случае перехода ими границы;
особый экономический режим по отношению к Чечне;
формирование чеченского (пророссийского) правительства в изгнании;
необходимость закона о борьбе с терроризмом;
политики, использующие сложившуюся ситуацию для предвыборных целей, - не лучше террористов .
Однако день начала большой войны был предопределен событиями 22-23 сентября в Рязани. После рязанского провала ФСБ отказалась от дальнейших попыток взрывать жилые дома в России. Рязанский теракт был последним в сентябрьской цепи. Начинать военные действия надо было немедленно, до того, как российское общественное мнение, опирающееся на тогда еще независимые СМИ, узнает о рязанских "учениях" и, сопоставив факты, придет к выводу о том, что теракты в России организуют спецслужбы для начала второй чеченской войны.
23 сентября начальник Московского УКГБ Александр Царенко заявил, что московские взрывы были организованы чеченцами и что виновные уже арестованы (позднее оба московских ингуша, которых А. Царенко имел в виду под "чеченцами", были освобождены ввиду их полной непричастности к терактам). В тот же день российская авиация нанесла ракетно-бомбовые удары по аэропорту Грозного, нефтеперерабатывающему заводу и жилым кварталам в северных пригородах чеченской столицы. Путин, отвечая на вопросы журналистов, сказал: "Что касается удара по аэропорту Грозного, то прокомментировать его не могу. Я знаю, что есть общая установка, что бандиты будут преследоваться там, где они находятся. Я просто совершенно не в курсе, но если они оказались в аэропорту, то, значит - в аэропорту. Мне трудно добавить к тому, что уже было сказано". Видимо, Путину как премьер-министру известно то, чего не знает еще население страны: террористы, пытавшиеся взорвать дом в Рязани, отсиживаются в грозненском аэропорту.
24 сентября, выступая в столице Казахстана Астане, Путин заявил, что авиаудары наносятся "исключительно по базам боевиков и это будет продолжаться, где бы террористы ни находились. […] Если найдем их в туалете, замочим и в сортире". В тот же день Патрушев сообщил, что попытки подрыва дома в Рязани не было, были "учения". Но война шла уже полным ходом. 1 октября российская бронетехника пересекла административную границу Чечни и углубилась на пять километров.
К исходу первых двух месяцев второй чеченской войны становится очевидно, что военные действия были развязаны российским правительством для начала реализации стратегического решения: перехода страны с пути реформаторского (ельцинского) на путь военно-чекистско-бюрократический (путинский). Путинские античеченские, прочекистские, написанные языком военного коменданта указы для России 1999 г. выглядели дико не только по существу, но и по форме. Так, 6 декабря жителям Грозного был предъявлен "ультиматум Путина" - требование российского военного командования в Чечне к жителям Грозного покинуть город до 11 декабря через "коридоры безопасности". "Лица, оставшиеся в городе, - говорилось в ультиматуме, - будут считаться террористами и бандитами. Их будут уничтожать артиллерия и авиация. […] Все те, кто не покинул город, будут уничтожены" .